Вступая вместе с передовыми частями армии в освобожденные города и военно-морские базы, оперативные группы немедленно выходили на связь с оставленной ранее или заброшенной в период войны агентурой. Накопленная зафронтовыми разведчиками информация сразу давала нить к разоблачению вражеских агентов, имевших задание на оседание или не успевших уйти с отступающими частями.

Положительные результаты в розыске агентов противника давало использование специальных поисковых и опознавательных групп, привлечение перевербованных агентов, а также процедура фильтрации в лагерях военнопленных.

В результате агентурно-оперативных мероприятий, проведенных оперативными группами ОКР «Смерш» ЧФ в городах Причерноморья и Приазовья, по разным причинам были арестованы 190 человек, из которых 9 оказались агентами немецкой и румынской разведок [447] .

Военным контрразведчикам удалось захватить некоторые документы противника. Так, в Аккермане [448] в их руки попали документы местной жандармерии и начальника гарнизона. Ознакомление с этими документами показало, что они представляют оперативный интерес, и в дальнейшем их использовали для розыска вражеской агентуры.

Контрразведчики по поручениям командования проводили расследования причин провалов военно-морских операций. Так, 6 октября 1943 г., при возвращении из набеговой операции по обстрелу немецких военных объектов в Ялте и Феодосии (операция «Верп») немецкой авиацией, были потоплены три крупных боевых корабля Черноморского флота: лидер «Харьков» [449] , эскадренные миноносцы «Беспощадный» [450] и «Способный» [451] . Наши людские потери составили 780 матросов, старшин и офицеров. Среди погибших был и оперуполномоченный ОКР «Смерш» ЧФ старший лейтенант С.П. Виноградов.

9 октября 1943 г. немецкая газета «Линцманштадтер Цайтунг», экземпляр которой оказался у черноморских контрразведчиков, опубликовала статью под заголовком «Три последних русских эсминца — жертва немецких пикирующих бомбардировщиков», где со свойственным немецкой пропаганде пафосом описала гибель советских кораблей. Из статьи в газете: «Выдающийся успех немецких пикирующих бомбардировщиков на Черном море, потопивших, как уже сообщалось ранее, три русских эсминца, является для советских военно-морских сил в районе Черного моря чувствительным ослаблением, уменьшившим и без того уже малую способность действия противника на Черном море. […] Русские потеряли самые быстроходные военные корабли на Черном море, а также их последний лидер» [452] .

При расследовании причин этой трагедии представители ОКР «Смерш» ЧФ изучили сотни документов, опросили десятки спасшихся моряков, а также лиц из числа командного состава флота. Использовались и материалы, полученные агентурным путем. Следствие вскрыло крупные недостатки в организации операции. В частности, серьезные нарекания вызвали вопросы авиационного прикрытия действий кораблей и взаимодействия органов управления эскадры флота. С учетом результатов расследования и мнения флотских контрразведчиков Ставка запретила использовать крупные корабли без ее разрешения. Кроме того, наркому ВМФ Н.Г. Кузнецову было предложено «провести необходимые мероприятия, обеспечивающие устранение в кратчайший срок недочетов в организации службы на надводных кораблях, улучшение противовоздушной обороны их, усиление воздушного прикрытия при проведении ими боевых операций и повышение бдительности при несении службы личным составом флота». Были приняты меры и к непосредственным виновникам случившейся трагедии [453] .

Зафронтовая работа контрразведки Черноморского флота велась в течение всей Великой Отечественной войны, однако в начальный ее период, так же как и на Балтике, она не могла в полной мере решать контрразведывательные задачи. В 1941 г. в тыл противника было заброшено 19 спешно обученных агентов, а в 1942 г. — всего 9, с преимущественно диверсионными целями.

Лишь начиная с 1943 г. в тыл противника стали забрасываться специально подготовленные агенты, причем исключительно с контрразведывательными задачами.

В январе 1943 г., в период подготовки десантной операции в Новороссийск, Особым отделом ЧФ были созданы две оперативные группы (6 оперработников и 12 краснофлотцев), которые со вторым эшелоном десантников высадились на побережье Цемесской бухты [454] . Перед группами были поставлены задачи по ведению агентурной работы, а также по захвату работников и документов немецких разведывательных и контрразведывательных органов, изменников Родины и пособников.

В ходе проведенных оперативных мероприятий контрразведчикам удалось задержать и арестовать 16 человек, служивших у немецких оккупационных властей, а также захватить некоторые документы полиции и комендатуры [455] .

В целях совершенствования специальной подготовки лиц, направлявшихся в тыл противника, при ОКР «Смерш» ЧФ была создана школа зафронтовых разведчиков, которая находилась в непосредственном подчинении начальника Отдела контрразведки НКВМФ «Смерш» Черноморского флота. В положении «О школе подготовки зафронтовой агентуры Отдела контрразведки НКВМФ “Смерш” Черноморского флота» (март 1944 г.) были определены основные цели и задачи ее создания:

«1. Спецшкола Отдела контрразведки НКВМФ “Смерш” Черноморского флота имеет своей целью подготовку квалифицированных агентов-контрразведчиков для работы в тылу противника, беззаветно преданных нашей Родине и [полных] непримиримой ненависти к врагу, способных в условиях установленного режима на оккупированной территории выполнить задание контрразведывательного характера.