Однако процесс практической реорганизации разведдеятельности в сфере активных мероприятий шел медленно. Наконец в 1959 году в разведке было создано специальное подразделение (отдел «Д»), который должен был играть роль организатора и координатора всей работы внешней разведки в области разработки и реализации активных мероприятий. Руководителем отдела был назначен И.И. Агаянц. По своему опыту, диапазону знаний, государственному мышлению и способности выдвигать новаторские идеи И.И. Агаянц оказался в «нужное время в нужном месте». По существу, с учетом новых задач начинать приходилось с нулевого цикла, но в скором времени его руками был создан важный орган разведки, призванный помочь решению многих задач советской внешней политики.

У И.И. Агаянца был ярко выраженный дар подбирать и умело расставлять кадры, ставить перед ними задачи с учетом деловых и личных качеств, способностей и возможностей того или иного работника. Другим даром было умение наладить взаимодействие, организовать оптимальное решение задачи. Работая в отделе «Д», он контактировал с сотрудниками аппарата ЦК КПСС и широким кругом представителей внешнеполитических ведомств. Все они относились к Ивану Ивановичу с большим уважением.

Большинство из подготовленных отделом «акций влияния» дали весомые результаты. Можно без преувеличения сказать, что новый этап деятельности разведки в области «акций влияния», других активных мероприятий неразрывно связан с именем И.И. Агаянца. Именно при нем родилась наиболее результативная форма активных мероприятий — комплексные акции, которые обрели упреждающий, наступательный и долгосрочный характер.

В конце 1965 года работа И.И. Агаянца как начальника отдела «Д» получила следующую оценку: «Полковник Агаянц И.И. в разведке работает более 30 лет, с 1940 года — на руководящих должностях, трижды находился в долгосрочных командировках в капиталистических странах, причем дважды в качестве резидента КГБ. Завербовал нескольких ценных агентов, которые по настоящее время являются источниками получения весьма важной документальной информации.

С 1959 года работает начальником отдела «Д». Благодаря правильной организации работы отделом успешно проведен ряд активных мероприятий, направленных на разоблачение планов США и оказание влияния на позиции правительств, генштабов и разведок противника по политическим, экономическим и военным вопросам. Принимал участие в выполнении заданий инстанций по срыву агрессивных планов США против Кубы, а также Конго и Лаоса…

И.И. Агаянц обладает обширными знаниями, исключительно инициативен и трудолюбив, в коллективе пользуется большим авторитетом как один из наиболее квалифицированных и заслуженных сотрудников разведки.

В настоящее время И.И. Агаянц занимает должность, которая по перечню должностей не подлежит замещению генералами. Однако, учитывая заслуги и многолетнюю деятельность И.И. Агаянца в органах разведки, а также то, что он многие годы занимал должности, подлежащие замещению генералами, считаем возможным в порядке исключения представить его к присвоению звания генерал-майора». 16 декабря 1965 года Совет Министров СССР принял постановление о присвоении И.И. Агаянцу звания генерала. Нет сомнений в том, что это звание он заслужил много раньше. «Паркетным генералом» он никогда не был.

Иван Иванович был глубоко убежден в важности разведывательной деятельности для нашего государства. Его преданность делу была поистине безмерной, как и его добросовестность и трудолюбие. Он говорил: «Если бы можно было объективно и беспристрастно взвесить и сравнить достижения нашей разведки и других, недружественных нам разведок, то предстала бы захватывающая дух общая картина удивительных и выдающихся успехов, коллективного подвига советских разведчиков».

В 1954–1959 годах Иван Иванович работал начальником кафедры специальных дисциплин разведывательной школы № 101 (теперь — Академия внешней разведки). Он был, как всегда, «движущей силой» в коллективе преподавателей школы. Именно при Иване Ивановиче вышел в свет первый учебник политической разведки, который стал основным пособием для слушателей. Он принял деятельное участие в совершенствовании городских практических занятий будущих разведчиков и добился включения в состав кафедры группы преподавателей по наружному наблюдению. Он знал, что умение заметить наружное наблюдение и при необходимости уйти от него нужно разведчику, как воздух.

Он высоко ставил объективность и беспристрастность в оценках людей. Благотворное воздействие Ивана Ивановича на подчиненных было огромным. Без лишних слов и пышных фраз он умел внушить ясное понимание важности дела, которому они служат. Он стремился развивать у них самостоятельность, давая одновременно и ориентиры, и простор для собственных идей. И.И. Агаянц верил в способность оперработников успешно решать проблемы без подсказок и вмешательства «сверху», поскольку учитывал качества исполнителя и особенности поставленной задачи.

Его резолюции на оперативных документах всегда были четкими, ясными и исчерпывающими. Он утверждал, что оперативные письма и другие документы должны быть, во-первых, конкретными, в них не может быть места двусмысленности, они обязаны отвечать на поставленные резидентурами вопросы, а во-вторых, должны содержать продуманные указания и рекомендации Центра. В этих документах, считал он, обязательно должна присутствовать и мысль готовящего их оперработника, чтобы он видел в них не только выполнение резолюций руководства, но и свои собственные идеи.

Важное значение придавал И.И. Агаянц планированию работы. Его планы были конкретными и, главное, реальными. Всегда было понятно, кто, когда, где, как и что будет делать и какой ожидается результат. Он умел без нажима, но неукоснительно контролировать планы на предмет их исполнения точно и в срок. Обсуждение любого вопроса он строил так, чтобы оперативные работники могли сами корректировать, дополнять или изменять свои же предложения.

На собраниях и совещаниях И.И. Агаянц никогда не произносил громких фраз, выступал по-деловому. Обычно он не читал по бумажке во время выступлений, но держал в руке заранее подготовленные заметки, время от времени заглядывая в них. Эрудированный и начитанный, Иван Иванович хорошо знал историю и нередко оперировал примерами из нее, подтверждающими то или иное положение. У него под рукой всегда находилось множество книг по актуальным политическим и экономическим вопросам, проблемам международных отношений.