По Лоррисскому договору от января 1243 года Раймунд VII Тулузский должен был полностью признать свое поражение и поражение всей Окситании. Он был прощен, но на очень суровых условиях: в частности, ему пришлось дать письменное обязательство покарать виновников убийства в Авиньонне, прекратить всякие сношения с императором и осадить все крепости, где укрываются катары. Граф Тулузский подписал это обязательство.

В мае 1243 года армия в десять тысяч человек, поразительно большая для того времени и с учетом гористого рельефа местности, под командованием сенешаля Каркассонского и теоретически под духовным водительством Петра Амьеля, архиепископа Нарбоннского, заняла исходные позиции вокруг Монсегюра. Началась долгая осада, растянувшаяся на год.

Армия не торопилась и оборудовала для себя квартиры, которые образовали нечто вроде эллипса, окружавшего почти всю гору, кроме ее восточной стороны, где очень глубокое ущелье, проделанное текущей с массива Таб горной рекой, делало склоны слишком крутыми для использования. Лагеря отдельных частей неравномерно распределились на разных уровнях, и разница по высоте между лагерями юго-восточного и противоположного склоне могла достигать четырехсот-пятисот метров. Перед позициями всех отрядов были вертикальные горные стены, позволявшие осажденным не опасаться никакого приступа и в то же время дававшие им возможность для неожиданных атак. Наверху, на поге, вся крепость и катарская деревня были обнесены по краю пропастей прочным деревянным палисадом, имевшим проход, которым в течение всей осады будут пользоваться самые опытные из осажденных для сношения с внешним миром. Ведь фронт королевских войск никогда не был непроходимым, и в той разнородной, сильно пересеченной и вообще не поддававшейся изучению местности иначе быть не могло.

На поге бесспорным господином был Бертран из эн-Марти, катарский епископ, наследовавший Гиллаберту из Кастра. Но был и Пьер-Рожер де Мирпуа, не принадлежавший к катарам, но руководивший всеми оборонительными операциями. Гарнизон состоял из рыцарей и воинов, а последние взяли с собой семьи. Вероятно, во время осады население пога Монсегюр составляло человек пятьсот, куда входили полсотни совершенных женщин, столько же мужчин и почти двести верующих.

Поначалу осада представлялась совершенно бесполезной. Она началась в мае 1243 году, и за полгода осаждающие ничуть не продвинулись. На наименее крутых склонах произошло несколько столкновений, не принесших никакого результата: природа местности позволяла горстке людей успешно противостоять силам, имевшим огромное численное превосходство. Через полгода осаждающие получили подкрепление в лице Дуранда, епископа Альбигойского, и группы стратегов, имевших опыт в использовании боевых машин. Но, с другой стороны, и осажденный гарнизон пополнился ценным бойцом — Бертраном де ла Беккалариа, который тоже был знатоком машин, происходил из Капденака и поставил свои знания на службу делу катаров. В общем, обе стороны оказались в равном положении. Но осаждающие, убедившись, что штурм возможен лишь в случае, если он будет подготовлен специалистами и людьми, которым знакомы все тайны гор, призвали на помощь баскских наемников.

В ноябре 1243 года группе этих басков удалось закрепиться на южном склоне, на сто пятьдесят метров ниже крепости. Эта позиция была не слишком удобной, но она позволяла проводить другие операции, тем более что утвердиться здесь баски сумели прочно. В боевое положение поставили требюше, из которого, хотя и снизу, несколько каменных ядер удалось забросить в восточный барбакан замка. Кстати, на этом направлении осаждающие в дальнейшем и сосредоточили все усилия. Однажды ночью в конце декабря группа легко вооруженных добровольцев направилась в южные скалы, под отрог, которым пог заканчивался с восточной стороны. Их вел проводник, знавший тайные тропы, — по всей вероятности, катар-ренегат. Они взобрались на гребень и перебили охрану барбакана. Баски, ожидавшие на защищенных позициях, в свою очередь вступили в бой, ворвались в барбакан и, несмотря на ожесточенное сопротивление его защитников, сумели захватить его. Рассказывают, что, когда наступил день, добровольцы из ночной экспедиции затрепетали от ужаса при виде бездны, над которой они карабкались, не замечая опасности, которой подвергаются. Добавляют, что они уверяли товарищей: мол, никогда бы не пошли на такой риск, если бы знали о трудности похода или могли увидеть пропасть.

Взятие восточного барбакана переломило ход сражения и значительно сократило длительность осады. Действительно, на этой позиции, позволявшей наблюдать за противником почти на уровне крепости, люди епископа Альбигойского начали собирать огромный камнемет, и это в двадцати четырех метрах от стен замка. Этот камнемет позволил метать за укрепления каменные ядра весом от шестидесяти до восьмидесяти фунтов, наносившие большой ущерб как крышам, так и стенам. Ситуация, которая до тех пор была благоприятной скорей для осажденных, готовых годами сдерживать королевские силы, изменилась в пользу осаждающих.

Пьер-Рожер де Мирпуа, командир гарнизона Монсегюра, не питал иллюзий по поводу будущего. Ему удалось убедить епископа Бертрана из эн-Марти вывезти катарскую казну. Благодаря пособничеству нескольких часовых из королевской армии, которых просто-напросто подкупили, появилась возможность переправить большое количество золота и серебра в укрепленную пещеру в высокогорной долине Арьежа, а потом — в замок Юссон в Доннезане. Там хранители казны попытались нанять отборный отряд, чтобы он напал на крестоносцев, смял их ряды и по восточному гребню прорвался в Монсегюр, уничтожив камнемет или обратив его против осаждающих. Договорились с одним каталонским вождем, в большей или меньшей мере бандитом с большой дороги, неким Корбарио, который взялся осуществить эти операции. Попытка провалилась — прежде всего потому, что люди Корбарио темной ночью заблудились в ущелье Лассе, не сумев занять нужную позицию. И камнемет епископа Альбигойского продолжал наносить значительный урон крепости.

В первый день марта 1244 года осажденные, хорошо подготовившись, предприняли вылазку. Их отбросили. Пьер-Рожер де Мирпуа понял, что долго так продолжаться не может. Не то чтобы не хватало провизии или возможностей для связи с внешним миром. Ночью отряды воинов прорывали блокаду, установленную королевской армией, и под руководством надежных людей добирались до крепости. Другие приносили сообщения епископу Бертрану из эн-Марти. Таким образом можно было получать оружие и даже провизию. Но тревогу стала вызывать проблема воды: цистерны загрязнились, потому что в них упало множество крыс. Впрочем, полагали, что это не случайность, а измена и что для этого специально подкупили кого-то в гарнизоне. Следовательно, нужно было срочно принимать решения, чтобы избежать самого худшего.