Соседями истребителей по аэродрому долгие годы были летчики Дальней авиации: вместе с 61 паи в Барановичах базировался 203-й гвардейский тяжелый бомбардировочный авиаполк, вооруженный самолетами Ту-22 (до этого — Ту-16). Такое соседство продолжалось до начала 90-х гг., когда после распада СССР части Дальней авиации были выведены в Россию. Здесь же находился и 558-й авиаремонтный завод.

В 1991 г. перед личным составом полка была поставлена задача по переучиванию на истребители-перехватчики Су-27П. На них перевооружились две эскадрильи полка, ранее эксплуатировавшие МиГ-23МЛД, еще одна некоторое время по-прежнему продолжала летать на МиГ-25.

Образование независимой Республики Беларусь и формирование ее собственных Военно-воздушных сил, начатое в 1992 г., оказало значительное влияние на дальнейшую историю истребительного полка в Барановичах. 31 декабря 1992 г. офицерский состав гарнизона принял Присягу на верность Республике Беларусь. А еще через год полк бьш переформирован в истребительную авиационную базу, сохранившую свой исторический номер.

В соответствии с планами Командования ВВС РБ по оптимизации численности авиационной техники в начале 1993 г. командование 61 пап получило указание организовать подготовку к началу эксплуатации истребителей МиГ-29. Первые такие машины прибыли в Барановичи уже осенью. Ожидалось, что к имевшимся двум эскадрильям Су-27 до конца года добавится еще около двух десятков МиГ-29. Ранее эти самолеты принадлежали 927 пап (аэродром Осовцы) и 787 иап (аэродром Россь, куда полк прибыл в мае с германского аэродрома Финов и где бьш расформирован). Передача техники завершилась в 1994 г., когда закончился процесс комплектования новой эскадрильи личным составом.

Все доставшиеся Республике Беларусь от Советского Союза одноместные истребители МиГ-29 были представлены модификацией «9.13». Сформированная в Барановичах эскадрилья получила в свое распоряжение шести- и семилетние самолеты нескольких заводских серий, имевших различный налет и уровень исправности. В ТЭЧ авиабазы закипела работа по приемке техники, ее осмотру и подготовке к полетам. Приказом заместителя командира авиабазы по ИТС, часть самолетов сменила бортовые номера, а те, что сохранили прежние (с которыми поступили в Барановичи), получили новое цветовое оформление — все цифры теперь имели написание красной краской в белой окантовке.

Стоит заметить, что Беларусь стала второй страной бывшего СССР, которая, как и Россия, на долгое время сохранила на своих летательных аппаратах опознавательные знаки советского образца — красные звезды.

Уже в 1994 г. барановичская эскадрилья МиГ-29 провела свое первое летно-тактическое учение с контрольными пусками управляемых ракет Р-73 по мишеням М-6, по результатам которого была получена оценка «зачет», и летчики приступили к несению боевого дежурства в составе двух экипажей. Всего за тот год на авиабазе удалось провести 55 летных смен, в процессе которых были выполнены 91 стрельба из пушки, 45 пусков НАР и 22 пуска управляемых ракет. В том же году авиабазу возглавил полковник Валерьян Самойло, командовавший ей до 1999 г.

Период с середины 1990-х до начала 2000-х гг. стал временем испытания для ВВС Республики Беларусь. Как и в России, здесь очень сильно ощущалась нехватка авиационного топлива, ГСМ и запчастей для авиационной техники. Если в 1995 г. план летной подготовки по общему налету с учетом корректировки удалось выполнить на 88% (основной причиной невыполнения плана как раз и явилась недопоставка авиатоплива — при плане 11 580 тонн была получена всего 6151 тонна), то дальше ситуация только ухудшалась. В 1996 г. этот показатель составил 34%, в 1998-м — 26%, в 2000 г. — лишь 19%. Худшим же стал 2001 г., когда летчики провели в небе всего 413 часов из 2880 запланированных. В 1995—1996 гг. авиабазу покинули 36 высококвалифицированных летчиков (от 3-го класса до летчика-снайпера).

23 мая 1996 года при выполнении учебного полета погиб начальник воздушноогневой и тактической подготовки 61 иаб подполковник Владимир Карват. На самолете Су-27П с бортовым №29 отказала гидросистема, возник пожар в районе левого двигателя. Уводя самолет от населенных пунктов, летчик погиб. Указом Президента Республики Беларусь от 21 ноября 1996 г. за мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга, подполковнику Карвату, впервые в истории страны, присвоено звание Героя Беларуси (посмертно).

Выполнение плана боевой подготовки реализовывалось дифференцировано, в зависимости от уровня натренированности конкретного летчика. Так, в 1995 г. средний налет на одного подготовленного летчика составил 28 часов, на молодого — 25 часов, а в 2001 г. не превышал и 10 часов...

Несмотря на трудности со снабжением, летчики 61 иаб в 1997—2000 гг. принимали участие в совместных с ВВС Российской Федерации учениях и тренировках с посадками на аэродромах Бежецк и Лодейное Поле.

В декабре 2001 г. ВВС и Войска ПВО Беларуси объединились в один вид вооруженных сил — Военно-воздушные силы и войска ПВО Республики Беларусь, и с 2002 г. 61-я истребительная авиационная база вошла в состав войск Западного оперативно-тактического командования ВВС и войск ПВО РБ. После всех сокращений 1990-х гг. она имела двухэскадрильный состав. Первая эскадрилья состояла из 20 самолетов Су-27, вторая — из 14 истребителей МиГ-29. Возглавлял авиабазу полковник Олег Третьяков. Под его командованием летчики из Барановичей приняли участие в комплексных учениях Вооруженных сил РБ «Березина-2002», «Чистое небо — 2003», двухсторонних командно-штабных тренировок объединенной системы ПВО стран-участниц СНГ.

18 июня 2004 г. в соответствии с Указом Президента Республики Беларусь личному составу 61-й истребительной авиабазы было вручено новое Боевое Знамя и Грамота Президента РБ. Кроме того, именно в этом году на вооружение авиабазы начали поступать первые модернизированные на 558 АРЗ истребители МиГ-29БМ («белорусский модернизированный», тип «9.11»), а затем и прошедшие аналогичное усовершенствование двухместные Су-27УБМ1. Эти самолеты получили принципиально новые качества многофункциональных боевых машин, современное оборудование и высокоточные средства поражения. Доработка истребителей осуществлялась на барановичском заводе с 2003 г.