Неизвестно на каких основаниях, но Блюмкин давно уже подозревал секретаря издательского отдела Реввоенсовета Монголии, беспартийного советского инструктора Нестерова в том, что он является «скрытым белогвардейцем» и «агентом японофильской правой части Монголии». И требовал убрать его из Улан-Батора, а еще лучше арестовать.

Блюмкин в итоге добился своего — 15 октября 1927 года ОГПУ прислало санкцию на арест Нестерова и его отправку в СССР. Арест нужно было согласовать с монгольской стороной. Ночью вместе с назначенным в марте 1927 года начальником штаба Монгольской Народно-Революционной армии Яковом Шеко Блюмкин отправился на квартиру к главкому армии Чойбалсану и рассказал ему о полученных из Москвы инструкциях.

Но Чойбалсан заявил, что единолично он не может решить такой деликатный вопрос, и предложил подождать до понедельника (дело происходило в ночь с субботы на воскресенье). Тогда, мол, нужно будет поставить в известность председателя Реввоенсовета, в подчинении которого находился Нестеров, и только он может санкционировать арест. После этого Блюмкин и Шеко распрощались с Чойбалсаном и… пошли арестовывать Нестерова. К понедельнику его уже не было в Улан-Баторе — он был отправлен самолетом в СССР.

Возмущенный Чойбалсан жаловался в рапорте на имя председателя ЦК Монгольской Народно-Революционной партии (МНРП) Дамбе-Дорчжи:

«В понедельник утром в 9 часов 30 минут в военном министерстве мне доложили, что инструктор Нестеров арестован и увезен в СССР… Выяснилось, что, несмотря на мои указания о том, что на арест инструктора Нестерова следует получить разрешение у предреввоенсовета, они насильно произвели арест и отправили <Нестерова> на самолете утром и лишь после того поставили предреввоенсовета в известность…»

Этот инцидент монголы расценили как покушение на свой суверенитет. 18 октября поступком Блюмкина и Шеко бурно возмущались на специально созванном заседании ЦК МНРП. Было принято постановление о снятии их со своих постов и выдворении из страны. Затем Блюмкина и Шеко пригласили на заседание правительства. Однако, выслушав аргументы виновников происшествия, министры не успокоились, напротив, распалялись все больше и больше. Раздавались возгласы: «Долой советский инструктаж! Пригласим китайцев!», «Вы скоро и нас всех арестуете и вышлете в Москву!», «Требуем обыска на квартире Блюмкина! Он создал свою внутреннюю охрану!».

Дело приняло весьма серьезный оборот. В отношениях между Москвой и Улан-Батором возник крупный дипломатический скандал. Блюмкина отстранили от дел и запретили даже входить в здание ГВО. Монголы арестовали двух советских инструкторов, которые принимали участие в проведении операции по вывозу Нестерова в СССР. Под угрозой оказалось пребывание в Монголии вообще всех советских инструкторов.

Советский полпред Андрей Юров-Охтин сообщал в секретной шифровке начальнику Иностранного отдела ОГПУ Трилиссеру о поведении Блюмкина:

«Его поведение в связи с арестом усугубило неблагоприятность обстановки настолько, что я не был в состоянии спасти его. Свое самолюбие он ставит выше, чем ликвидацию конфликта в пользу его и Вашего ведомства. Вызванный на допрос к монголам, он вместо спокойствия, выдержки и признания своей ошибки вступил с ними в дипломатические переговоры. Затем я предложил ему подать 24-го числа рапорт монгольскому правительству, имея в виду определить и значительно смягчить предстоящее решение правительства и тем самым твердо сохранить должность главного инструктора. Он этого предложения не выполнил, ссылаясь на то, что ему для этого нужно получить специальные директивы Москвы… Таким образом, вопрос о дальнейшей работе тов. Блюмкина в Монголии приходится считать окончательно отпавшим, и на эту тему дальше беседовать не стоит».

В конце октября 1927 года монгольская делегация прибыла в Москву на празднование десятилетия Октябрьской революции. Однако с собой делегация везла не только подарки и поздравления, но и официальное постановление ЦК МНРП по делу Блюмкина и Шеко. Документ был передан в Исполком Коминтерна, а 1 ноября его получили Сталин, Бухарин и Трилиссер.

В ноябре Блюмкина отозвали из Монголии.

В Москву Блюмкин ехал в скверном настроении. «Мне было жалко, что большая работа, проделанная мною в Монголии и за ее пределами в течение года и являющаяся частью огромной работы, рассчитанной на три года, что она была сорвана, поставлена под удар из-за ареста Нестерова», — писал он. Но не только это было причиной переживаний. Блюмкин понимал — вряд ли его на Лубянке ждет торжественная встреча. И еще — до Монголии доходили печальные известия о судьбе московской оппозиции. Она была практически разгромлена.