Теперь Глушко разрабатывал на его основе метан-кислородную версию РД-33МК, а Сергей Павлович поручил Дмитрию Ильичу Козлову переработать вначале вторую ступень Р-7 под установку двигателей РД-33КК. При этом ступень удлинялась, увеличивался объём баков с учётом большего секундного расхода компонентов топлива. Двигатель был выполнен с качающейся в кардановом подвесе камерой сгорания и выдвижным сопловым насадком, компенсирующим падение атмосферного давления на высотах более 10 километров.

Вместо «морковок» 1-й ступени предлагалось пристроить первые ступени от Р-9 — обычные цилиндрические блоки с двигателями РД-111.

После окончания проектирования, у Козлова должна была получиться ракета-носитель «Р-7.2», или же «Союз-2» с грузоподъёмностью от 10 до 15 тонн, в зависимости от третьей ступени. Открытое наименование «Союз» присвоили трёхступенчатой версии Р-7, для телезрителей.

Для самого Сергея Павловича, хотя он и был плотно занят координацией работ по Главкосмосу в целом, основной и любимой разработкой в последнее время стал кислородно-метановый «Днепр».

Тихонравов и Феоктистов в разработке орбитального пилотируемого корабля 1К «Север» перешли к этапу опытной отработки. Трёхместный спускаемый аппарат «Севера» весил заметно побольше, чем одноместный «шарик» несостоявшегося «Востока». По предложению Феоктистова его поставили на одну из опытных первых ступеней Р-9, приладили сверху систему аварийного спасения, и запустили по высокой суборбитальной траектории, чтобы проверить вход в атмосферу.

Двигатель РД-111 был ещё не совсем доведён. 28 января на 44-й секунде полёта прогорела стенка сопла, ракета закувыркалась, но САС отработала штатно, уведя «фару» с тремя манекенами внутри в сторону от неожиданно взъярившегося огненного чудовища. Спускаемый аппарат сел в тайге, его разыскивали две недели. Пока нашли — был уже подготовлен аппарат-дублёр. Королёв оценил своевременность подсказки Хрущёва о необходимости разработки вездеходного поисково-спасательного комплекса и попросил Главного конструктора ЗИСа Грачёва ускорить работу, чтобы к началу 1961 года вездеходы были доведены хотя бы до готовности к госиспытаниям.

20 февраля запустили второй спускаемый аппарат. На 23 секунде рванул ТНА. САС снова вытащила спускаемый аппарат из огненного пекла. В этот раз он приземлился в степи, нашли его быстро.

Сергей Павлович убедительно попросил Валентина Петровича «не экономить на спичках» хотя бы в ключевых агрегатах. Турбонасосный агрегат усилили, провели наземные испытания на стенде сначала самого ТНА, а затем в составе двигателя. После того, как один двигатель отработал вдвое дольше расчётного времени выведения, на стенд поставили второй, прожгли его на половину времени, и только потом установили на ракету.

Возня с двигателем заняла почти весь март. 2 апреля первую ступень Р-9 со спускаемым аппаратом вывезли на старт, но Сергей Павлович, внимательно осмотрев и понюхав каждого из специалистов стартовой команды, перенёс пуск на 4-е апреля. Первого апреля страна, по свято соблюдавшейся традиции, отмечала ежегодное снижение цен на некоторые товары. Немудрено, что 2-го числа народ старался говорить шёпотом и не делать резких движений.

4-го апреля ступень заправили, и без задержки, чтобы избежать потерь кислорода, запустили. На третий раз двигатель отработал штатно. «Фара» описала красивую параболу, вышла за пределы атмосферы и вошла обратно над Восточной Сибирью. Приводнение в Охотское море прошло успешно.

А вот в четвёртом запуске, 10 апреля, уже на этапе снижения в атмосфере порвался купол основного парашюта. Запасной запутался в стропах основного, спускаемый аппарат врезался в воду на нерасчётной скорости и был потерян.

Сергей Павлович провёл воспитательную беседу с Семёном Михайловичем Алексеевым, парашют усилили, но пришлось переделывать отсек для его размещения, так как сшитый из более плотной ткани купол в него не помещался. Королёв лично проверил полировку стенок контейнера, почти десять минут водя по ним пальцем, разыскивал малейшие неровности и шероховатости. О причине гибели Комарова в «той истории» он помнил постоянно.

Пятый пуск 18 апреля был полностью успешным. На этом программу суборбитальных полётов приостановили, решив перейти к опытной отработке корабля в целом. При этом Сергей Павлович предложил не затягивать с формированием отряда космонавтов.

Само решение об отборе и подготовке космонавтов к первому космическому полёту было принято в Постановлении ЦК КПСС и Совета Министров СССР № 22-10 от 5 января 1959 года, Королёв лишь пытался ускорить его выполнение. Постановлением № 569—264 от 22 апреля 1959 года (АИ, в реальной истории — от 22 мая) Совет Министров СССР утвердил формирование Группы N1 ВВС. Отбор был поручен специалистам Центрального военного научно-исследовательского авиационного госпиталя (ЦВНИАГ).