Особенно его угнетало, что зачастую приходилось становиться невольным соучастником акций, предпринятых против отдельных полпредов. С легким сердцем, ничего не подозревая, он слал телеграмму Д. В. Богомолову, только что подписавшему в августе 1937 года советско-китайский Договор о ненападении, сообщая о своем согласии на предоставление ему отпуска, а уже через несколько недель Богомолова не стало.

Информируя полпреда в Японии К. К. Юренева о переводе в Берлин, он не предполагал, что за этим последуют новые репрессии. Один за другим навсегда ушли видные советские дипломаты А. Я. Аросев, А. А. Бекзадян, С. И. Бродовский, Я. X. Давтян, Л. Я. Гайкис, И. Л. Лоренц, Б. Е. Сквирский и многие другие. Некоторые «были взяты» позже, уже после «ухода» Б. С. Стомонякова из НКИД, как, например, А. С. Черных, Г. А. Астахов и другие. Но были и те, которым повезло. Так, арестованный как японский шпион заведующий 2-м Восточным отделом НКИД Б. И. Козловский сумел передать из тюрьмы письмо на имя И. В. Сталина, в котором показал всю абсурдность возведенных против него обвинений, напомнив при этом, что японцы даже не дали ему агремана, когда Советское правительство назначило его полпредом в Японию после отзыва К. К. Юренева. Б. И. Козловский был освобожден и работал затем долгие годы в Библиотеке имени В. И. Ленина.

Случались и трагедии… Когда арестовали находившегося в доме отдыха НКИД на станции Клязьма полпреда СССР в Норвегии И. С. Якубовича, его жена в порыве отчаяния сразу же повесилась там. Но его потом выпустили…

Поэтому Борис Спиридонович в душе завидовал известию о безвременной кончине в сентябре 1937 года полпреда СССР в Эстонии Алексея Михайловича Устинова, с которым они были знакомы еще по Берлину. В прошлом А. М. Устинов — член партии эсеров. От этой партии он входил в состав Военно-революционного комитета по руководству Октябрьским вооруженным восстанием, был членом ВЦИК и только в 1920 году вступил в партию большевиков. «Отличительной чертой тов. Устинова, — говорилось в некрологе, подписанном М. М. Литвиновым, В. П. Потемкиным и Б. С. Стомоняковым, — была редкая скромность и исключительная работоспособность».

В те дни редко о ком писали некрологи. А руководящие работники НКИД продолжали исчезать… Были арестованы заведующий 1-м Восточным отделом С. К. Пастухов, заведующий правовым отделом А. В. Сабанин.

Инициаторы этих арестов зачастую не утруждали себя поиском каких-либо видимых причин для репрессий. Достаточно было установить «связь» с «врагом народа». И ее находили… С. К. Пастухов был арестован за связь с «врагом народа» Л. М. Караханом, то есть с человеком, которому он непосредственно подчинялся по службе. Невозвращение в СССР бывшего полпреда в Болгарии Ф. Ф. Раскольникова истолковывалось, что «враги народа» действительно существуют и своим бегством они пытаются уйти от ответственности.

Все это породило в Наркоминделе атмосферу наушничества, лжесвидетельства, всеобщей подозрительности и страха, чего там раньше никогда не было. Деятельность партийной организации наркомата была перегружена рассмотрением персональных дел, заочным исключением из партии бывших «врагов народа», принятием хвалебных резолюций в поддержку внутриполитического и внешнеполитического курса Сталина, а заниматься вопросами непосредственной работы наркомата, подчиненных ему полпредств и консульских учреждений времени не оставалось.

В сложившейся ситуации, когда отделами НКИД руководили врио (временно исполняющие обязанности), а в некоторых полпредствах и консульствах не осталось никого из руководящих лиц, Советское правительство по инициативе наркома пошло на закрытие ряда советских учреждений за границей. Это, по-видимому, было поспешным шагом. В эти годы значительно сократилась консульская сеть в Иране, Китае, Германии и в других странах. Иногда это имело долговременные последствия. Так, после ареста Н. Т. Тюрякулова, а затем К. А. Хакимова, советского полпреда в Саудовской Аравии, Советский Союз с 1938 года и до сих пор не имеет там своего дипломатического представительства, хотя между двумя странами и поддерживаются дипломатические отношения.

Значительно сократилась в СССР сеть иностранных консульских учреждений. Те же «чистки» дипагентств, которые поддерживали рабочие связи с иностранными консульствами внутри страны, а также аресты советских сотрудников этих консульств привели во многих случаях к вопросу об их закрытии. И они были закрыты.

Рядовые сотрудники отделов наркомата едва успевали рассматривать «арестные дела», многочисленные просьбы и протесты иностранных посольств и консульств об освобождении арестованных в СССР иностранных и советских граждан, просьбы о выезде отдельных членов семей из смешанных браков и т. д. Подготовкой аналитических документов с оценкой международной ситуации и результатов внешнеполитических шагов Советского Союза занимались все меньше и меньше. Да и кто из рядовых мог высказать свежую мысль, не рискуя оказаться в лагере троцкистов или «правых». Поэтому все ждали указаний сверху.

В обстановке острой нехватки опытных кадров Б. С. Стомонякову приходилось все больше брать на себя, писать телеграммы и письма полпредам, анализировать внешнеполитическую обстановку, выражаясь его словами, «как будто ничего не случилось».

«Его рабочий день заканчивался, как правило, ночью, — вспоминает посол А. А. Рощин. — Несколько раз, заходя в кабинет Б. С. Стомонякова, заставал его в необычном положении: голова была укутана в мокрое полотенце. Из-за постоянных перегрузок у него к концу рабочего дня развивалась сильная головная боль, которую он пытался ослабить холодной примочкой».

В НКИД стали приходить новые сотрудники, в том числе выпускники Института дипломатических и консульских работников.

После ареста Н. Н. Крестинского весной 1937 года заместителем наркома был назначен Владимир Петрович Потемкин, который прошел школу дипломатической работы, будучи советником полпредства СССР в Турции, полпредом СССР в Греции, Италии и Франции. Правда, в центральном аппарате НКИД он не работал, и ему пришлось некоторые вопросы осваивать заново.

Однако Борис Спиридонович понимал, что немалую роль при решении вопроса о назначении В. П. Потемкина, видимо, сыграл тот факт, что он не был в эмиграции, а следовательно, не имел старых связей с деятелями оппозиции, так как вступил в члены партии только при Советской власти.