В те годы Иннокентия заподозрили в богословском «неправомыслии», или «вольномыслии», из-за его близких отношений с протоиереем Герасимом Павским, самостоятельно и без позволения начальства начавшего переводить Ветхий Завет с еврейского на русский язык. По исследовании этого дела митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым) выяснилось, что недоразумение произошло из-за неверной записи лекции одним из студентов Духовной Академии (66, с. 496).

В то же время, по мнению протоиерея Георгия Флоровского, «мыслителем он не был. Это был ум острый и восприимчивый, но не творческий. Исследователем Иннокентий никогда не был. Он умел завлекательно поставить вопрос, вскрыть вопросительность в неожиданной точке, захватить внимание своего читателя или слушателя, с большим увлечением и блеском пересказать ему чужие ответы… И в этом “краснословии” разгадка его влияния и успеха – и на профессорской кафедре, и на проповедническом амвоне» (191, с. 197). Слушатели проповедника и профессора видели строгую и важную богословскую истину в таком блестящем одеянии, какого ранее и представить не могли, его проповеди и лекции не столько учили, сколько увлекали мастерскими картинами, живым чувством, ярким словом. Увлечение слушателей было всеобщим. В киевский период его жизни по всей России стали известны его проповеди: к 1843 году семью изданиями в Москве, Киеве и Харькове вышли собрания его проповедей «Светлая седмица» и «Страстная седмица». Признанием общественностью его авторитета стало избрание в 1836 году действительным членом Российской академии, а также почетным членом новоучрежденного Киевского университета. Преосвященный Иннокентий был дружен со многими деятелями русской культуры: историком М. П. Погодиным, философом А. С. Хомяковым, литераторами М. А. Максимовичем и Н. В. Щербиной; переписывался с Н. В. Гоголем и благословил его поездку к Святым местам.

Примечательны слова владыки Иннокентия в письме к М. П. Погодину с благодарностью И. В. Гоголю за присылку «Выбранных мест из переписки с друзьями»: «…Скажите, что я благодарен за дружескую память, помню и уважаю его, а люблю по-прежнему, радуюсь перемене с ним, только прошу его не парадировать набожностию: она любит внутреннюю клеть. Впрочем, это не то чтоб он молчал. Голос его нужен, для молодежи особенно, но если он будет неумерен, то поднимут на смех, и пользы не будет» (цит. по: 37, с. 85). Здесь и теплота поддержки, и мягкое внушение осторожности при совершении благого дела.

Люди привязывались к святителю Иннокентию и в силу его необычайной доброты, приветливости. То была натура в высшей степени поэтическая. Романтический характер святителя виден в эпизоде из воспоминаний современника: «Сидели в Парголовке под Киевом. Стало смеркаться. Иннокентий вдруг спросил меня: “Ты любишь смотреть, как огонь горит?” – “Люблю”.– “Я и сам люблю. Прикажи же принести дров и развести огонь вот здесь, близ воды… и как можно больше. Мы будем смотреть, как все это будет гореть, и слушать пение соловьев”» (цит. по: 59, с. 172).

21 ноября 1837 года состоялось рукоположение Иннокентия в сан епископа Чигиринского, викария Киевского митрополита Филарета (Амфитетрова), также высокоученого богослова и великого молитвенника. В марте 1841 года владыка Иннокентий был назначен на самостоятельную кафедру Вологодскую и Устюжскую, но пробыл на ней менее года. По состоянию здоровья и при поддержке митрополита Киевского Филарета (Амфитеатрова) в январе 1842 года Святейший Синод перевел его на юг, на кафедру Харьковскую и Ахтырскую. Уже через три года, в апреле 1845 года, его возводят в сан архиепископа, в апреле 1847 года назначают членом Святейшего Синода. С 24 февраля 1848 года и до последних дней жизни он был главой Херсонской и Таврической епархии с резиденцией в Одессе.

Хроника служебного роста святителя Иннокентия лишь отчасти дает представление о масштабах и характере его деятельности. Конечно же, его первым и самым важным делом оставалось радение о правильном течении церковной жизни, радение о соблюдении порядка во вверенных ему епархиях, выполнение поручений Святейшего Синода.

Особое внимание владыка Иннокентий обращал на состояние духовенства. Он запрещал священнослужителям в период Великого Поста оставлять свои приходы и отправляться в епархиальное управление (просить более доходное место или занести кляузу на товарища), ввел штрафы для служителей консистории «за бесчинство и грубость с просителями, особенно духовного чина». Особенно преследовал он пьянство среди церковных служителей. Одна из резолюций гласит: «Пьяному неучу сему велеть искать другого места, где его принять пожелают». Требовал он и поддержания порядка в церквах. Например, в 1844 году предписал всем духовным правлениям и благочинным, чтобы «окна в церквах по временам были промываемы, а пыль и паутина сметаемы и чтобы стекла, сколько возможно, были цельные, а не из отломков составленные» (66, с. 531, 538). Владыка требовал от священников заботиться о нравственно-религиозном воспитании прихожан, учить крестьянских детей хотя бы кратким молитвам.

В Харьковской епархии владыку поразила малограмотность и умственное невежество местного духовенства. В одной из резолюций он написал на прошении пономаря: «Не давать места, если не выучится читать и писать в полгода, и если не выучится, то исключить его из духовного звания, яко не потребного». Встречал он и священников, которые не знали даже основных начал христианского вероучения. Для исправления такого вопиющего неблагополучия владыка Иннокентий завел обыкновение при своих поездках по епархии экзаменовать всех священнослужителей, а его спутники проверяли знания диаконов и пономарей. Правда, подчас это приводило к тому, что камилавка протоиерея-экзаменатора при начале экзамена наполнялась серебряными рублевиками…» (66, с. 528–530).

Будучи сам отличным проповедником, владыка заботился о процветании церковного проповедничества. Например, в Харькове он так отозвался о представленной на рецензию проповеди одного священника: «Нет жизни! Пойдите, найдите ее, влейте силу и теплоту! Не хитрите, не лезьте в книги и энциклопедию, поищите ближе – вот тут, в сердце!.. Вот где ларчик! А ключ от него в добром смысле и чистой совести… Идите, помолитесь и начинайте проще и проще, – непременно с полным сознанием предмета и еще с миром душевным, а оканчивать прошу если не слезою, то, по крайней мере, нежным и кротким чувством» (цит. по: 66, с. 542).

В условиях крепостного строя помещики частенько так загружали работами своих крестьян, что лишали их возможности пойти на церковную службу. Владыка Иннокентий понимал, что сам исправить это не в состоянии, и писал о том в Святейший Синод, не слишком рассчитывая на успех дела.

В Харьковской епархии владыка способствовал восстановлению двух монастырей – Святогорского и Ахтырского. В Одессе, как до этого в Киеве, Вологде и Харькове, владыка Иннокентий заботился о сохранении церковно-исторических памятников, уделял внимание археологическим изысканиям. Он увлекся мыслью о восстановлении древнего Херсонеса как места крещения святого равноапостольного князя Владимира.