Время порождало различные затруднения в церковной жизни. Например, в 1840-е годы обнаружилось, что число выпускников семинарий значительно превышает число священнических вакансий, что многие поповичи-семинаристы стремятся выйти из духовного сословия. Архиепископ Иннокентий, как член Святейшего Синода, предложил запретить прием в семинарии сыновей церковнослужителей, дабы таким путем привлечь к церковному служению подвижников из иных сословий русского общества. Ему возразил известнейший митрополит Московский Филарет (Дроздов), который указал, что из церковной среды вышло немало выдающихся служителей Церкви. Спор разрешился компромиссным решением Синода, освободившего духовных лиц от обязанности посылать своих сыновей в духовные учебные заведения (158, т. 1, с. 425–426).

В 1852 году возник спор двух выдающихся иерархов по иному поводу – преподавания латыни в семинариях. Митрополит Филарет (Дроздов), подобно многим своим собратьям, верил в ценность научного знания, а владыка Иннокентий полагал возможным усилить практическое направление при обучении будущих сельских священников. И в этом случае Синод прислушался к доводам обеих сторон: латынь потеряла в семинариях прежнее значение, но ей и древнегреческому языку все же уделялось внимание. Так в течение четверти столетия святитель Иннокентий имел большое влияние на общий ход церковных дел в России.

Архиепископ Иннокентий много времени уделял устроению своей епархии, причем не довольствовался одним наведением порядка и благолепием служения. Он первым в России предложил издавать Епархиальные Ведомости как регулярное газетное издание, что получило с 1860 года всеобщее распространение. Он способствовал созданию в Крыму новых церквей и монашеских обителей.

В 1848 году в пустынном месте, в двух верстах от Севастополя, на городской площади древнего Херсонеса в ходе археологических раскопок вместе с министром просвещения графом С. С. Уваровым он обнаружил несколько церквей. Одна из них имела две крестильни и была сочтена за церковь во имя Рождества Пресвятой Богородицы, в которой, по легендарному преданию, был крещен святой равноапостольный великий князь Владимир. По определению Святейшего Синода на этом месте преосвященный Иннокентий открыл монашескую обитель, а в 1853 году освятил первый небольшой храм во имя святой равноапостольной великой княгини Ольги. Позднее, во время Крымской войны, обитель была разрушена, но в 1857 году восстановлена, по плану владыки Иннокентия был построен новый храм, а в 1861 году Херсонесская Свято-Владимирская обитель возведена на степень первоклассного монастыря.

В южных губерниях внимание владыки вызывали проблемы борьбы с ересями и сектами, широко распространившимися в те годы. В Херсонской губернии, например, еще в XVIII веке возник русский штундизм, при вере в Бога отрицавший Церковь. Правительство действовало не всегда умело в борьбе со штундой и другими угрозами, подчас пренебрегая мнением Церкви. Так, на основании распоряжений Николая I в 1836 году и 1841 году в Херсонскую губернию переселили более 2 тысяч евреев, освобожденных на 25 лет от налогов и рекрутского набора. После беседы в декабре 1845 года Николая I с папой Римским Григорием XVI в августе 1847 года был заключен конкордат (соглашение) между царским правительством и Католической Церковью, которая получала возможность открыть в России седьмую епархию – на юге, в Херсоне. Архиепископ Иннокентий в своем докладе обер-прокурору

Святейшего Синода графу Н. А. Протасову выразил недоумение по поводу такого решительного шага, о котором его даже не поставили в известность заблаговременно, что было неудивительно при синодальной системе церковного управления (158, т. 1, с. 302, т. 2, с. 488). В то же время власть считалась с мнением ученого архиерея и привлекала его к государственной деятельности. Например, именно архиепископ Иннокентий для Свода законов Российской империи составил раздел «О браке», опираясь как на церковные каноны, так и на свое знание крестьянской жизни. Профессор А. В. Никитенко, описывая в своем дневнике выпускной акт в Санкт-Петербургском университете в 1949 году, особо отмечает: «На акте было довольно много посетителей, много высшего духовенства, в том числе… знаменитый Иннокентий» (97, т. 1, с. 520).

На юге страны святитель Иннокентий столкнулся со сложными проблемами братьев по вере – греков и болгар, живших под властью турок. Благодаря его инициативе в Константинополе был воздвигнут православный храм для болгар, а в Одессе он создал болгарское подворье, благодаря чему выросла эмиграция болгар из Османской империи. Болгар и греков, по его распоряжению, принимали в Херсонскую духовную семинарию. «За большие труды для пользы Греческой Церкви в трудные годы ее бытия» архиепископ Иннокентий был награжден греческим орденом Спасителя 1-й степени – это был единственный случай награждения российского подданного этим орденом.

Преосвященный Иннокентий проповедовал почти за каждым своим богослужением. Его проповеди, не отличаясь оригинальностью и смелостью мысли, тем не менее по-прежнему производили глубокое впечатление на слушателей. Появляются их издания на французском, немецком, польском, сербском, греческом и армянском языках.

В 1853 году Россия оказалась втянутой в Крымскую (Восточную) войну. Видимым поводом для решительных действий императора Николая I послужил спор с Османской империей за права балканских христианских народов, находившихся под властью турок, а также с Францией – за контроль над Святыми местами в Иерусалиме. В действительности же русский император возомнил себя вершителем судеб Европы и вознамерился покончить с «больным человеком Европы», с Османской империей, в результате чего Россия должна была получить контроль над Константинополем и черноморскими проливами, а болгары, сербы, черногорцы – полную государственную самостоятельность. Но Николай I просчитался. Европейские страны опасались России и не желали ее усиления. Они поддержали турецкую сторону против России, вследствие чего наша страна в одиночку столкнулась с вражеской коалицией. Положение усугубляла значительная экономическая отсталость России, еще сохранявшей крепостное право. Отставание от Запада было ощутимо также в вооружении, снабжении и организации войск русской армии. Боевые действия начались на берегах Дуная, а в 1854 году были перенесены на территорию Российской империи: 13 сентября англо-франко-турецкая армия высадилась на побережье Крыма возле Евпатории.

Мирное население Одессы еще раньше на себе испытало ужасы войны: 10 апреля, в Страстную Субботу, город был подвергнут бомбардировке 9 французскими и 21 английским кораблями. Вражеские орудия били по береговым батареям, по гавани и по предместью Одессы. Были убитые и раненые.

В соборе при звуках взрывов раздались истерические рыдания и вопли, но распахнулись царские врата, и из алтаря вышел владыка Иннокентий. «Вы устрашились сего бранного звука, произведенного вражескою рукой, и, стоя на молитве в этом святилище, не устыдились пасть на землю по маловерию… Но какой ужас и страх обымет грешную душу, когда возгремит архангельский глас трубы, чтобы призвать нас на всеобщий суд!..» (66, с. 578).