В первой половине 80-х годов экологическое направление еще более усиливается. Возникают лаборатории общей экологии, структуры и динамики сообществ, биоиндикации, биоповреждений, экологических основ охраны экосистем и управления популяциями животных.

Необыкновенно быстро, главным образом по инициативе Владимира Евгеньевича, расширяется география исследований, и не только экспедиционных, но и стационарных. Вслед за переводом Российско-Монгольской биологической экспедиции в наш институт (1975 г.) при активном участии Владимира Евгеньевича возникает Тропическое отделение института (1988 г.), направляющее и обеспечивающее деятельность Тропического центра во Вьетнаме. Проводятся экспедиционные и стационарные работы в Перу, Боливии, Мексике, Индии, Эфиопии и других странах.

В связи с глобальным характером ряда отрицательных антропогенных воздействий на природу перед институтом ставятся задачи оценки подобных явлений. И В. Е. Соколов с середины 80-х годов организовывает для этих целей новые специальные подразделения института: лаборатории экологического мониторинга регионов АЭС, аналитической экотоксикологии, научных групп аэрокосмических методов исследования, экоинформационных систем, теоретических и прикладных проблем биометода.

Поступательное усиление экологических исследований в институте, расширение тем выполняемых работ сделали необходимым адекватно отразить эти перемены и в его названии (с 1994 г. – Институт проблем экологии и эволюции им. А. Н. Северцова РАН).

Если в начале директорства В. Е. Соколова (1972 г.) институтские научные кадры были объединены в 14 лабораторий, 7 групп, 2 биостанции, то, пережив перестройку, потерю некоторой части сотрудников, институт в 1996 г., за два года до смерти Владимира Евгеньевича, включал 24 лаборатории, 10 групп, Тропическое отделение и 7 биостанций. Если в 1972 г. в институте трудились 4 члена-корреспондента, 28 докторов и 77 кандидатов наук, то в 1998 г., несмотря на все социальные потрясения, коллектив исследователей насчитывал трех академиков, трех членов-корреспондентов, 78 докторов и 215 кандидатов наук. Наверное, только близкие Владимиру Евгеньевичу люди могли догадываться, сколько сил, воли, здоровья стоило ему поддержание института в дееспособном, постоянно развивающемся состоянии. Сколько дипломатического такта, а подчас и титанических усилий требовало обеспечение работы Отделения, кафедры и университета, множества специальных комиссий, комитетов, советов, редакций научной периодики. Владимир Евгеньевич был воспитателем и охранителем научных кадров, созидателем новых научных структур, открывателем новых путей в биологии и экологии.

Собственные научные исследования Владимира Евгеньевича Соколова, проводившиеся им в Академии наук и в университете, были чрезвычайно широкими по тематике.

Всестороннее изучение кожных покровов животных (особенно млекопитающих) стало той областью, где Владимир Евгеньевич не только завоевал общепризнанный международный авторитет, но и создал настоящую научную школу.

Следуя благородным традициям отечественных морфологов и сравнительных анатомов, В. Е. Соколов рассматривал развитие кожных покровов в эволюционном и экологическом аспектах. Весьма удачным следует признать сам выбор кожи как объекта исследования. Этот пограничный слой, оберегающий внутреннюю среду организма и сам организм от агрессивного воздействия внешнего мира, вместе с тем демонстрирует удивительную адаптивность, обеспечивающую теплокровным животным благополучное существование и при арктическом холоде, и при тропической жаре. Исследование кожи и ее дериватов (волос, желез и т. д.) привело к открытию специфических адаптаций, отражающих приспособление млекопитающих к водной, воздушной, наземной и подземной средам. Кожа как биологическая система оказалась на редкость мульти-функциональной. Достаточно упомянуть способность к росту, регенерации, морфогенезу, термо- и гидроизоляции и т. д. В. Е. Соколовым и учениками его школы были описаны и изучены также неспецифические и специфические кожные железы, их секреторная активность, состав и функции выделяемых продуктов.

Несомненны успехи в возглавляемом В. Е. Соколовым научном направлении по изучению обонятельных коммуникаций животных, которые имеют как чисто научное, так и прикладное значение. Были синтезированы видовые феромоны для нескольких групп животных (грызунов, копытных).

Число публикаций «школы Соколова», описывающих структуру и разнообразные функции кожных покровов, превышает сотню. Здесь не только тезисы, статьи, обзоры, руководства, но и несколько монографий. Книга Владимира Евгеньевича «Кожный покров млекопитающих» (1973) удостоена премии А. Н. Северцова (1975) и переведена на английский язык (1982). Сдана в печать большая рукопись, обобщающая последние результаты в этой области. Работу над текстом будущей книги Владимир Евгеньевич закончил незадолго до смерти.

Изучение В. Е. Соколовым поведения животных, его работы в области этологии были связаны в свою очередь с проблемами экологии и охраны животных, хемокоммуникацией и систематикой. Владимир Евгеньевич неоднократно отмечал, что многие формы поведения животных отчетливо видоспецифичны (особенно в сфере размножения, пищедобывания, коммуникации). Знание этих форм (их наблюдение, регистрация, моделирование) помогает понимать механизмы поддержания устойчивости как отдельной особи, так и всего вида или даже многовидового сообщества. Для целого ряда видов (грызунов, хищных, копытных и т. д.) были составлены специальные схемы поведенческого репертуара – этограммы. При этом среди объектов было много редких, скрытно живущих форм, прямое наблюдение за которыми в природе затруднено. Широко использовались разнообразные типы индивидуального мечения, радиопрослеживание, наблюдения в вольере, применялась фото-, кино- и видеотехника, привлекались художники-анималисты. Многие формы поведения (брачного, родительского, оборонительного, агрессивного) изучались в экспериментах.

Результаты этих исследований входили в раздел «Поведение» видовых монографий, оформлялись в виде практических рекомендаций при охране редких видов (например, лошади Пржевальского, кабарги и т. п.), борьбе с синантропными грызунами.

Эволюционные исследования В. Е. Соколова (кроме упомянутых работ по коже) были связаны с изучением конкретных результатов исторического развития животного мира: от формирования специализированных адаптаций до устойчивого существования биологического разнообразия. Для своей монографии «Редкие и исчезающие животные. Млекопитающие» (1986) он сделал интересный обзор причин вымирания млекопитающих. Сюда же примыкает целый цикл работ по ископаемым, вымирающим и редким видам. Владимир Евгеньевич не прошел мимо вопросов, связанных с искусственным отбором, одомашниванием животных. Здесь излюбленным объектом исследования были собаки, разнообразие и происхождение их пород, дикие предки. На эту тему подготовлена отдельная книга.

В области систематики, казалось бы, неплохо изученных млекопитающих Владимиру Евгеньевичу удалось сказать свое веское слово, получить ряд уникальных результатов. По материалам многочисленных экспедиционных исследований в различных районах мира благодаря применению традиционных и современных методов диагностики удалось описать ряд новых для науки видов млекопитающих преимущественно из отряда грызунов, уточнить систематическое положение отдельных видов и подвидов. По инициативе Владимира Евгеньевича стала выходить серия видовых монографий, в том числе по зубру, волку, черноморской афалине, морскому котику и т. д., где ряд разделов написан В. Е. Соколовым. Продолжен выпуск основанной профессором В. Г. Гептнером серии «Млекопитающие Советского Союза», которая теперь получила название «Млекопитающие России и сопредельных регионов». Начала выходить серия книг о млекопитающих Монголии, опубликованы сборники по фауне Вьетнама, Эфиопии, Боливии и Перу. Отличаясь широтой кругозора, стремлением насколько возможно полнее охватить изучаемый объект, Владимир Евгеньевич издает трехтомное руководство «Систематика млекопитающих» (1973–1979), где впервые на русском языке так полно описана мировая териофауна с краткой характеристикой всех известных родов и списком всех видов. В 1990 г. под авторством Владимира Евгеньевича выходит том «Млекопитающие» в иллюстрированной фотографиями серии энциклопедических справочников «Фауна мира». При этом В. Е. Соколов побуждал своих коллег к участию в подобных сериях. Так, кроме вышедшего пятиязычного словаря «Млекопитающие» (1984), подготовленного Владимиром Евгеньевичем, вышли аналогичные словари по рыбам, птицам и другим группам животных, написанные его соратниками.