На первых же допросах ему было предъявлено обвинение в том, что в Одессе он вместо пастырского служения занимался профашистской деятельностью, «распространял антисоветскую литературу и проводил разведывательную работу в пользу одного из иностранных государств». Отец Жан отрицал эти обвинения, пытаясь убедить следствие, что имел лишь одно «задание от Ватикана — служить в Одессе в качестве священника для католиков».

Но уже через две недели непрерывных ночных допросов его показания стали другими, написанными как под копирку и привычными чекистскими терминами и оборотами; похоже, что отец Жан просто подписывал, не читая: «Должен сказать правдиво, что, проживая на территории Румынии, а также в городе Одессе до ее освобождения войсками Красной Армии, вел также разведывательную работу в пользу союзников Франции» [30] . Заметим, что следователей эти сведения, когда Советский Союз воевал против фашистов вместе с союзниками, должны обрадовать, но они также стали обвинением священника. Чекистами была особо отмечена секретность передаваемых сведений: «Присылаемые мною сведения в Бухарест должны быть написаны в письмах специальными бесцветными чернилами, при этом мне дали флакон такой бесцветной жидкости, которой я и пользовался».

Отец Николя подробно описал свою антифашистскую деятельность при оккупационном режиме в Румынии и Одессе: «Мною лично было передано в Бухарест два или три сообщения через доверенных лиц: план размещения в районе города Беюш рудников и заводов, производящих для немецкой промышленности молибден и висмут, с подробным описанием производственной мощности и суточного выпуска их». «Сообщал я о численности и роде немецких и румынских войск, о вновь прибывавших новых частях в город Беюш, а также о его высшем начальствующем составе». «Я передал сведения о нахождении немецких и румынских частей в городе Одессе: по родам войск, о количестве прошедших через Одессу танковых частей и артиллерийских подразделений, о местах нахождения складов бомб и снарядов».

Рассказал он также и о встрече в Одессе зимой 1944–1945 годов с военными моряками, на американских судах доставившими товары для СССР Они посетили в воскресенье костел и по окончании службы попросили о встрече: «Эти офицеры попросили меня рассказать, какое действительное положение духовенства в СССР, каковы жизненные условия и положение населения Одессы. Я им ответил, что в настоящее время положение населения тяжелое, оно нуждается в продуктах и товарах, рабочие плохо материально обеспечены, а на рынках продукты очень дороги. В отношении себя и вообще духовенства я сказал, что со стороны органов Советской власти никаких притеснений нет. В беседе со мной эти морские офицеры заявили мне, что Советский Союз им не нравится, что американцы хотят, чтобы в СССР изменился политический строй и в России стало бы так, как в Америке».

В марте 1945 года в беседах о послевоенном периоде Европы офицеры военной миссии говорили Жану Николя, что СССР хочет распространить свое влияние на европейские страны: «Я от них слышал, что якобы Советский Союз под видом освобождения от немецких оккупантов Румынии, Болгарии, Югославии, Венгрии и Чехословакии ввел войска Красной Армии и теперь проводит свою работу по советизации этих стран и их присоединению к Советскому Союзу. От американских офицеров я слышал, что Америка и Англия не допустят, чтобы Советский Союз распространил свое влияние на европейские страны и установления в балканских странах Советской власти. Это рассказывал своим знакомым» [31] .

Далее он показал о своей переписке с настоятелем французского храма Св. Людовика в Москве Леопольдом Брауном [32] ; о контактах Пьетро Леони со священником греческой церкви и православным священником, перешедшим в католичество. Дал показания он и о священниках Николае Пигере [33] и Иосифе Хахуле [34] , выступавших в костеле «с проповедями против Советского Союза и призывами к верующим бороться с большевиками»; об оставшихся на территории Украины священниках-миссионерах Петре Кулешире и Михаиле Симовиче. Против настоятеля Пьетро Леони подписал также компрометирующие показания: «Леони П. в беседах со мной говорил, что советская власть является властью рабовладельческой. Он утверждал, что граждане СССР лишены человеческих прав и свободного вероисповедания. Руководителей советского правительства называл дьяволами, с которыми, как он говорил, надо вести борьбу» [35] .

Рассказал Жан Николя и о беседах с прихожанами: «Парикмахер Станислав говорил, что „Советский Союз является страной бандитов и воров, что нет жизни для народа“». «В беседе с прихожанками мне приходилось слышать, что якобы органы НКВД арестовывали невинных людей, судили и отправляли в лагеря». «Некоторые старухи говорили мне, что якобы органы Советской власти арестовывали священников, в результате верующие оставались без духовного обслуживания. Кое-кто из них предупреждал меня, что органы власти могут арестовать и меня, и что мне будет плохо. Я этим старухам заявлял, что я против Советского Союза ничего плохого не делал, и арестовывать меня нет оснований».

О рассказах уже арестованной прихожанке Люции Тачижевой, на которую, очевидно, следствием собирался компромат, он показал подробно: «В беседе со мной она распространяла версию, что якобы до войны в России было два случая массового голода, в то время как хлеба и продуктов имелось много, советское правительство хлебопродукты вывозило за границу, а населению ничего не давало. Она же мне говорила, что в период 1935–1937 годов органами НКВД была арестована масса людей, что якобы в Одессе на улицах все время была кровь: по городу провозили партиями трупы людей». Другие прихожане говорили, что «якобы теперь арестовывают людей за то, что виделся или имел связь с иностранцем, и что дворникам дан строгий секретный приказ следить, кто имеет общение с иностранцами, к кому ходят иностранцы, сообщая об этом в НКГБ».

Следствие с таким «усердием» продемонстрировало ему эти «основания», что 26 июня он уже подписал компромат против действий Ватикана и Папы Римского: «Ватикан, Папа Римский, в том числе и большая часть католического духовенства к Советскому Союзу и существующему в нем политическому строю относились враждебно. Ватикан рассматривал Советский Союз как страну, распространяющую коммунизм и безбожие в Европе. Ватикан и Папа Римский были на стороне капиталистических стран, проводивших подготовку войны против Советского Союза. Они были заинтересованы в победе над СССР, над большевизмом. С уничтожением в СССР советского строя и большевизма Ватикан и Папа Римский рассчитывали на возможность распространения в России католической религии и подчинения православного духовенства и Церкви папскому престолу».