Начало Великой Отечественной войны у многих советских граждан того времени сцеплено с воспоминаниями о выпускных вечерах, проходивших в средних школах и ремесленных училищах 21 июня. В том году школу закончила Зоя Гагарина; в семье строили планы на будущее.

Обратимся вновь к воспоминаниям Анны Тимофеевны:

«Тот воскресный день июня сорок первого ворвался в нашу жизнь, как в жизнь всех советских семей, неожиданно.

Алексей Иванович по колхозным делам был с утра в сельсовете, оттуда пришел почерневшим: война!

Уже в первые дни отправились на фронт наши деревенские парни. Первыми ушли комбайнеры, трактористы, шоферы. Вскоре каждая семья стала семьей фронтовика. Ушел добровольцем на фронт мой младший брат Николай, были мобилизованы муж младшей сестры Ольги, муж Марии, братья Алексея Ивановича. Сам Алексей не мог вступить в ряды Красной Армии: еще с младенчества одна нога у него была короче другой. В мирной жизни это не особенно замечалось – Алексей Иванович мастерил себе сам специальную обувь, так что хромота не бросалась в глаза. Но ощущать он ее всегда ощущал: на здоровую ногу падала двойная нагрузка, и Алеша к концу дня уставал сильно. Замечала это только я, по особенной тяжести походки, но жаловаться было не в его характере.

То обстоятельство, что не может он стать красноармейцем, очень на Алексея Ивановича подействовало. Всю жизнь он жил и работал, как все. А тут вдруг исключение. Он стал мрачным, угрюмым. В первые дни войны заболел тифом.

Пролежал Алексей Иванович в больнице около двух месяцев, вернулся похудевшим до измождения».

Ее слова подтверждал и старший сын Валентин: незадолго до начала войны через Клушино проходил цыганский табор, и, вероятно, Алексей Иванович подхватил болезнь от кого-то из цыган. В результате отец семейства надолго попал в инфекционное отделение больницы в Гжатске, и это, конечно, сыграло свою роль в том, что он не был призван хотя бы и для службы в тыловых частях.

Через Клушино потоком шли беженцы, приносившие неутешительные новости. Вопреки довоенной пропаганде Красная Армия не сумела отбить натиск гитлеровских войск, а, наоборот, понесла тяжелейшие потери и отступала. Война обещала быть затяжной и кровопролитной, поэтому от многих планов Гагариным пришлось отказаться. Анна Тимофеевна вспоминала:

«В то время я работала свинаркой. С фермы ушли на фронт все мужчины. Мы, женщины, работу поделили между собой. Свиноферма у нас в колхозе была знатная, а молодняка в том сорок первом было много. Нужно было сохранить поголовье, выполнить задание по поставкам мяса. Выполнили.

Наступил сентябрь. Старшие мои отучились. Теперь об образовании Зои и речи не шло. Она работала в колхозе. Валентин остался на селе, не пошел в школу, не уехал в Москву на завод, как задумывали. В колхозе каждая пара рабочих рук была на вес золота. Военная пора, забравшая мужчин, требовала работы от подростков.

Но всё-таки один школьник у нас был. Хоть тогда учиться ребята начинали с восьми лет, а Юре только шел восьмой, он, мечтавший о школе уже давно, 1 сентября 1941 года отправился в первый класс. Даже в тот военный сентябрь мы постарались всё-таки отметить такой день. Я с утра пораньше побежала на ферму, а к восьми была уже дома. Провожали Юру братья, Зоя и я. Он шел гордый, в наглаженной матроске, с Зоиным портфелем, в котором лежал аккуратно обернутый в газету его первый учебник – букварь».

В середине сентября произошло событие, которое навсегда запомнилось жителям Клушина и которое упоминают все биографы космонавта, особенно писавшие для детей, как некий толчок, пробудивший в деревенском мальчишке мечту о небе. Сам Юрий Гагарин в книге «Дорога в космос» описывал этот эпизод так (цитирую по изданию 1961 года):

«Наступил сентябрь, и я со своими сверстниками направился в школу. Это был долгожданный торжественный и всё же омраченный войною день. Едва мы познакомились с классом, начали выводить первую букву „А“ да складывать палочки, как слышим:

– Фашисты совсем близко, где-то под Вязьмой…

И как раз в этот день над нашим селом пролетело два самолета с красными звездами на крыльях. Первые самолеты, которые мне пришлось увидеть. Тогда я не знал, как они называются, но теперь, припоминаю, один из них был „ЯК“, а другой „ЛАГГ“. Он был подбит в воздушном бою, и летчик тянул его из последних сил на болото, поросшее кувшинками и камышом. Самолет упал и переломился, а пилот, молодой парень, удачно выпрыгнул над самой землей.

Рядом с болотцем, на луг, опустился второй самолет – „ЯК“. Летчик не оставил товарища в беде. Все мы, мальчишки, сразу побежали туда. И каждому хотелось хоть дотронуться до летчиков, залезть в кабину самолета. Мы жадно вдыхали незнакомый запах бензина, рассматривали рваные пробоины на крыльях машин. Летчики были возбуждены и злы. Жестикулируя руками, они говорили, что дорого достался немцам этот исковерканный „ЛАГГ“. Они расстегнули свои кожаные куртки, и на их гимнастерках блеснули ордена. Это были первые ордена, которые я увидел. И мы, мальчишки, поняли, какой ценой достаются военные награды.