При этом больше всего вопросов у новообразованного МГШ возникло с дальнейшим распределением сил на балтийском и тихоокеанском морских театрах. Ведь по окончании боевых действий русская эскадра на Дальнем Востоке по сути состояла почти исключительно из кораблей Балтийского флота, тогда как в "Маркизовой луже" оставались лишь разномастные "старожилы" с весьма условной боевой ценностью.

После всех размышлений и возвращения интернированных кораблей на Тихом океане были оставлены броненосцы "Цесаревич", "Князь Суворов", "Император Александр III", "Слава", "Бородино", "Ретвизан", "Ослябя", "Пересвет", "Победа", броненосные крейсера "Баян", "Громобой", "Россия", бронепалубные "Аскольд", "Диана", "Паллада", "Аврора", "Жемчуг", "Изумруд", безбронный крейсер "Алмаз" (переоборудованный в минный заградитель), минные транспорты "Алеут" и "Монгугай", 17 эсминцев, минный крейсер "Абрек" и 8 миноносцев. Помимо того, в качестве учебных артиллерийских кораблей оставались старые броненосные крейсера "Память Азова" и "Дмитрий Донской", а минные крейсера "Всадник" и "Гайдамак" передавались Корпусу пограничной стражи. После начала работы "Дальзавода" дошли руки и до "Владимира Мономаха", который был перестроен в минзаг и возвращен в состав действующего флота под названием "Обь".

Соответственно, на Балтику возвратились эскадренные броненосцы "Император Николай I", "Наварин", "Синоп", "Двенадцать Апостолов", бронепалубные крейсера "Богатырь" и "Олег" и эскадренные миноносцы "Властный" и "Грозовой", а также переименованный в "Адмирала Макарова" "Ики", на котором наконец-то привели в порядок ходовую часть и устроили временные ходовую рубку и носовой мостик взамен уничтоженных взрывом. Последний еще ждали ремонт и перевооружение на орудия отечественных типов (за исключением главного калибра), после которого он мог похвастаться четырьмя 254-мм, дюжиной новых 50-калиберных 203-мм и тем же количеством 110-мм 55-калиберных пушек. Причем для размещения последних были переделаны бывшие казематы двух центральных 190-миллиметровок, а также устроены два бронированных каземата в носу и корме на батарейной палубе.

И Балтийский, и Тихоокеанский флоты пополнялись также новыми кораблями. Так, первому предназначались четыре канлодки типа "Гиляк" и единичный "Хивинец", второму - десять речных канонерок типов "Бурят" и "Монгол" и восемь заложенных чуть позже бронированных мониторов типа "Шквал", образовавших костяк Амурской флотилии. На Дальний Восток пошли строившиеся в Германии десять миноносцев типа "Инженер-механик Зверев" и восемь новых минных крейсеров "добровольческого" типа (эти - вместо отмененного заказа на миноносцы типов "Деятельный" и "Твердый"). А на Балтику отправились восемь самых первых "добровольцев" и десяток эсминцев типа "Лейтенант Бураков", собранных на двух заводах во Франции,

Однако за редкими исключениями французская школа кораблестроения, на которую в большей мере до войны ориентировались русские, показала себя не с самой лучшей стороны. Поэтому два новых броненосных крейсера для Балтийского флота, получивших названия "Рюрик" и "Варяг", были заказаны в Англии у Виккерса. Корабли получились весьма удачными, сочетая в себе вполне приемлемую скорость (свыше 21 узла), мощное вооружение (четыре 254-мм и восемь 203-мм пушек с длиной ствола в 50 калибров в шести башнях, а также двадцать 110-мм 55-калиберных скорострелок в казематах) и развитую схему броневой защиты, включавшую и два полных пояса, и противоминную переборку.

Изменения с учетом военного опыта коснулись и двух заложенных броненосцев типа "Андрей Первозванный". После временной остановки строительства и пересмотра планируемых характеристик они переродились в корабли проектным водоизмещением 17750 тонн при 19 узлах скорости и вооружении из четырех 305-мм, восьми 254-мм 50-калиберных орудий и шестнадцати новых "стодесяток". Кроме того, чуть позже к ним добавились заложенные по этому же проекту еще два линкора (так после войны переклассифицировали броненосцы), унаследовавшие имена погибших при Цусиме "Орла" и "Ростислава".

Помимо постройки новых, находилось применение и пожилым, но еще крепким кораблям. Так, в дополнение к строящимся для Балтийского флота минзагам "Волга", "Амур" и "Енисей" в таковые были переоборудованы крейсера "Минин", "Генерал-адмирал" и "Герцог Эдинбургский", получившие новые названия - "Ладога", "Нарова" и "Онега". А броненосец "Петр Великий" переделали в учебный корабль.

Не было обойдено вниманием и Черное море. Из остававшихся на нем старых броненосцев "Чесма" была исключена из списков флота и переведена в разряд опытовых судов, позже сыграв большую роль в отработке системы защиты российских дредноутов. А "Георгий Победоносец" и "Екатерину II", сняв старые орудия, перевооружили современной 6- и 8-дюймовой (вторая - только на "Георгии") артиллерией в палубных установках. После чего они были назначены соответственно учебно-артиллерийским кораблем и брандвахтенным судном для охраны входа в Севастопольскую бухту.

На "Трех Святителях" чуть позже переделали каземат шестидюймовок, которых на корабле стало уже двенадцать, и увеличили угол возвышения орудий в башнях, доведя его до 25 градусов. На "Потемкине", избавившись от 75-мм пушек, число 152-миллиметровок увеличили до двадцати, а пояс по ватерлинии продлили в нос и корму противофугасной двухдюймовой броней. Подобную же операцию с защитой оконечностей, кстати, провели потом и на двух строящихся черноморских линкорах - "Евстафии" и "Иоанне Златоусте" (на них еще и проектные трехдюймовки заменили дополнительной парой 203-мм пушек), тех же "Трех Святителях", а также на тихоокеанских "Ослябе", "Пересвете", "Победе", "Баяне", "Громобое" и "России".

В дополнение к ранее заложенным миносцам-"невкам", которых после ухода "Завидного и "Заветного" в Черноморском флоте оставалось лишь семь, в 1904-1906 годах были построены еще два таких корабля. А позже к ним добавились и четыре минных крейсера-"добровольца".

Кроме того, на кораблях всех трех флотов постепенно, по мере выделения необходимых кредитов на производство работ, снимали оборудование для установки противоминных сетей (если таковое имелось), избавлялись от лишнего дерева и части шлюпок, устанавливали облегченные мачты без боевых марсов, новое радиооборудование и новые замки на орудия главного калибра, обеспечивающие повышенную скорость заряжания. Укрепляли подъемные механизмы и фундаменты среднекалиберных пушек, приспосабливали погреба и элеваторы боезапаса для размещения и подачи более длинных и тяжелых снарядов послевоенного образца, а также в очередной раз совершенствовали приборы управления огнем и защиту боевых и дальномерных рубок. Перевооружался ряд старых, но еще имеющих определенную ценность боевых единиц, таких, как канонерская лодка "Грозящий", получившая четыре шестидюймовки Канэ и образовавшая на Балтике вместе с "Храбрым" и "Генералом-адмиралом Апраксиным" броненосный дивизион береговой обороны. В штабах и морских учебных заведениях разрабатывались, а на кораблях, теперь находившихся в море почти постоянно, проходили практическую обкатку новые подходы к тактике и стратегии ведения боя.