В III Думе Хомяков с речами практически не выступал, исполняя исключительно председательские функции. На этом поприще он стал одним из главных действующих лиц большого конфуза, случившегося весной 1908 года. 24 апреля в Думе, в присутствии министра финансов В.Н. Коковцова, обсуждался вопрос о причинах убыточности отечественных железных дорог. Возникла идея, сформулированная П.Н. Милюковым так: «Мы считаем необходимым образовать парламентскую комиссию по расследованию причин убыточности нашего казенного железнодорожного хозяйства». Коковцов отреагировал: «У нас, слава Богу, нет еще парламента». Реплика не вызвала сверхбурной реакции, но на следующий день депутаты пожелали ее обсудить. Хомяков воспротивился: «Мы не можем ставить как отдельный вопрос обсуждение неудачно сказанных кем бы то ни было слов. Как председатель я не имел никакой возможности остановить министра финансов, когда он сказал свое неудачное выражение; я не имел возможности и не имел даже права, но я считаю, что я имею возможность, имею и обязанность не допускать обсуждения этих слов в дальнейшем».

Это высказывание тоже никого особенно не затронуло – никого, кроме председателя Совета министров П.А. Столыпина. Как вспоминал В.Н. Коковцов, тот встретился с Хомяковым и заявил ему, что это выступление его, Столыпина, «крайне удивило и ставит перед ним даже вопрос о том, как быть министрам, если председатели Думы начнут награждать министров различными эпитетами за произносимые ими речи вместо того, чтобы предоставить Думе в лице ее членов возражать им по существу, и будут делать это еще в присутствии министров; что перед ним стоит даже вопрос о том, согласится ли министр финансов являться в Думу после такого инцидента, а если не согласится, то он, Столыпин, отнюдь не станет уговаривать его, вполне понимая, что и сам он поступил бы точно так же, и тогда встанет во весь рост вопрос о таком конфликте между Думой и Правительством, который просто не знаешь, как разрешить».

При этом Коковцов на момент разговора Столыпина с Хомяковым об инциденте даже не знал. А узнав, махнул на него рукой, сказав, что раздувать его не намерен и вообще считает слова «слава Богу» в своей реплике ошибочными (Столыпин же, наоборот, сказал, что это очень правильно: парламента действительно нет, и слава Богу, что нет). В свою очередь, Хомяков заявил Столыпину, что ему и в голову не приходило обидеть Коковцова: если бы «Владимир Николаевич подал в отставку из-за этого неосторожного шага, то я и сам тотчас же уйду из председателей». Хомяков сначала не понял, в чем состоял его проступок, и думал, что поступил чрезвычайно умно, не позволив депутатам говорить на скользкую тему и предложив простой выход из возникшего инцидента. Однако после беседы со Столыпиным пообещал, что завтра же в Думе возьмет свои слова назад. «Ведь так, пожалуй, по моим стопам члены Думы начнут подносить в своей критике и почище эпитеты, а кто же запретит министрам отвечать на них и в еще более повышенном тоне, от верхнего до диеза, и тогда действительно придется святых выносить из залы».

«Наш милейший Хомяков заварил кашу, пусть он ее и расхлебывает», – сказал Столыпин. 26 апреля 1908 года, председатель Государственной думы, открывая заседание, заявил: «Я вполне сознаю, что поступил некорректно в смысле формальном по отношению к министру, речь которого я квалифицировал, некорректно по отношению к членам Государственной Думы, не допустив их обсуждать слова министра после речи графа Уварова, когда они могли желать высказать свое мнение… Но, господа, я должен сказать, что, кроме наказа, кроме письменных регламентов, я знаю еще другой регламент – это моя совесть. Я считаю, что если предо мной в Государственной Думе от кого бы то ни было, будь то от правительства или будь то от кого-либо из членов Государственной Думы, падет искра, от которой может вспыхнуть пожар, я считаю своим долгом, вопреки регламенту, эту искру потушить. Если мне удалось это сделать, я не могу об этом забывать и до последних дней моей жизни буду вспоминать об этом с удовольствием, а не с раскаянием».

Инцидент, таким образом, ко всеобщему удовольствию был исчерпан. Однако здесь проявилось то качество Хомякова, о котором впоследствии писал П.Н. Милюков, – умение «обволакивать ватой трагические ситуации». «На него никто не мог сердиться, но линию свою он, тем не менее, вел». Николай Алексеевич извинился за формальную бестактность, но слов своих обратно взять и не подумал. А Коковцова потом еще долго спрашивали, есть ли в России парламент или – слава Богу – нет.

Эта реальная двойственность ситуации проявилась, когда в 1909 году русских депутатов пригласили в Англию. Приглашение было направлено не британским парламентом, а частным лицом, профессором Пэрсом. В делегацию вошли четырнадцать думцев и четыре члена Государственного совета. Возглавил ее Хомяков – как человек, которого, по словам П.Н. Милюкова, «не стыдно было показать Европе». Несмотря на неофициальный характер поездки, состоялись встречи российской делегации и с королем, и с наиболее видными членами парламента. Некоторая проблема возникла, когда группа английских рабочих возмущенно потребовала нигде членов делегации не принимать, поскольку они представляют страну, где рабочих угнетают. Фракция лейбористов в парламенте заявила в связи с этим протест против пребывания делегации в стране. Наши соотечественники, вынужденные как-то реагировать, составили ответ, квинтэссенция которого состояла в том, что царь и народ в России едины. Милюков, который тоже находился в Англии, очень не хотел подписывать такую бумагу. В результате Хомяков взял ответственность на себя и подписал ее один как глава делегации. Это позволило россиянам уехать обратно, сохранив достоинство.

Осенью 1909 года Николай Алексеевич предложил всем, кто ездил в Англию, отправить профессору Пэрсу какой-нибудь подарок. Процесс затянулся; в архиве на этот счет сохранились любопытные документы. Дважды члены делегации собирались у Хомякова, обсуждали, что дарить. 30 октября секретарь председателя Думы Алексеев направляет записку думскому казначею: «Председатель Государственной Думы просит Вас при ближайшей выдаче членам Государственной Думы довольствия удержать с членов Думы, поименованных в приложенном к сему списке, по пятидесяти рублей. Удержанную сумму 700 рублей Председатель Государственной Думы просит доставить ему». Эта записка интересна с двух сторон. Во-первых, поучительно уже то, что депутаты собирались приобрести подарок за свой счет. Сегодня такой подход представляется несколько менее вероятным даже с учетом того, что делегация была неофициальной. Во-вторых, любопытна просьба удержать из довольствия деньги и доставить их председателю. Это характеризует высокий уровень взаимного доверия в хомяковской Думе. Деньги собирались пустить на покупку серебряной братины со стаканчиками и размещение на них автографов членов Государственных думы и совета. Работу поручили фирме Фаберже. Средств, правда, не хватило, потом пришлось собирать еще.

Забавная коллизия возникла и в июле 1910 года, когда Пэре прислал в ответ восемнадцать альбомов. Поскольку он сделал это при посредстве российского посольства в Лондоне, альбомы пришли в Министерство иностранных дел. Оттуда их переслали в канцелярию Государственной думы с просьбой вернуть и руб. 45 коп., израсходованные артельщиком министерства при получении посылки на таможне. Канцелярия не могла решить этот вопрос без председателя, которым был уже Гучков, к тому же отсутствовавший в городе. Вопрос повис. Несчастный мидовский артельщик, для которого эта сумма представлялась значительной, видимо, сильно теребил свое начальство. В сентябре из министерства в Думу приходит второе письмо. Председатель велел собрать требуемую сумму со всех участников поездки, разделив ее поровну (получилось по 68 коп.). Занимались этим почти месяц; получить взнос с каждого так и не смогли, но деньги все-таки отправили.

Все это говорит о том, что думская бюрократия была такой же, как и повсюду в России. Дела продвигались долго и неэффективно. Разумеется, Н.А. Хомяков не мог избежать соприкосновений со столь нелюбимым им «мертвым канцелярским делом». С другой стороны, политическая составляющая деятельности Думы к 1910 году приобретала все более обостренный характер. В этой ситуации председатель не чувствовал ничьей поддержки. Я.В. Глинка писал: «Сохраняя беспристрастность на кафедре, Хомяков не верил в поддержку в нужные моменты председателя своей фракцией во главе с ее лидером Гучковым… Остроумный, он был чужд всяких интриг, прямодушен и совершенно не способен к борьбе. Его возмущала и политика своей партии, и неестественный блок с партией Маркова 2-го и Пуришкевича… То, что октябристы не только не поддерживали, но даже топили Хомякова, это несомненно. Правые, ведя систематическую травлю Хомякова, всегда находили поддержку в известной части центра».