Неважно обстояли дела и в Думе в целом. Николай Алексеевич не раз указывал на отсутствие у самих думцев веры в плодотворность их деятельности. Бесконечные споры о том, есть ли в России самодержавие или нет, ему прекратить так и не удалось. Он неоднократно призывал общество посмотреть на этот вопрос с практической точки зрения: «Споры о неограниченности или ограниченности власти монарха, о конституции или самодержавии, мне, признаться, кажутся игрой слов… С моей точки зрения, этот вопрос тесно связан с вопросом о Думе. Будет Дума авторитетна – у нас самодержавия не будет. Дума не будет авторитетна, народ не увидит в ней пользы для себя – и самодержавие окрепнет». Для поднятия думского авторитета председатель призывал депутатов «работать, работать и работать». Тщетно.

Сложно складывались отношения у Хомякова с товарищами председателя – князем Волконским и заменившим Мейендорфа Шидловским. Я.В. Глинка, который, можно сказать, жил на этой «кухне», вспоминал, что его «неприятно поражало всегда желание Волконского затереть Хомякова. Во все выдающиеся моменты он старался выдвинуть свою фигуру. Он закрывал сессию и объявлял указ о возобновлении ее. Он председательствовал, когда проходили крупные законопроекты, он же вел заседания по общим прениям по бюджету. Но лишь только он чувствовал, что может произойти скандал, он уступал место Хомякову. Это право, присвоенное им себе в распределении председательствования, ему казалось настолько естественным, что однажды… мне пришлось быть свидетелем такой сценки. Волконский с Шидловским распределяли между собой дни председательствования на предстоящую неделю. Оказалось, что для Хомякова не было места. Стоявший тут же Николай Алексеевич сердито сказал: „А когда же я буду председательствовать?“…Через час я узнаю, что Хомяков вечером уезжает к себе в имение».

Николая Алексеевича сильно беспокоили препятствия, возникавшие в Государственном совете при прохождении принятых Думой законопроектов. Он пытался докладывать об этом императору, но прекрасно известно, насколько ненадежной опорой был Николай II. Думского председателя выводило из равновесия небрежное отношение к Думе правительства; в 1910 году он уже не мог без раздражения произносить фамилию Столыпин.

Кстати, как самого Столыпина, так и действия возглавляемого им правительства Хомяков изредка позволял себе публично критиковать. Он был единственным среди октябристов противником аграрной реформы по Столыпину, имел свой взгляд на русскую деревню и не собирался его скрывать. В 1909 году Николай Алексеевич резко критиковал политику массовых казней участников крестьянских волнений 1904–1905 годов, политику, которую С.Ю. Витте в своих мемуарах называл «игрой виселицами и убийствами под вывеской полевых судов». В интервью «Речи» 16 сентября 1909 года он говорил: «Совершенно не понимаю, кому нужны все эти казни?.. Точно довешивают! Прошло уже 5 лет, как были совершены многие из тех преступлений, за которые теперь казнят… Я не думаю, чтобы казни дали особое удовольствие и тем, кто вешает. И главное, пользы от них нет никакой. К чему же это нужно?»

В общем, Хомяков оказался в одиночестве, в котором на самом деле и пребывал с момента избрания. До поры до времени он устраивал всех, однако безоговорочной поддержки не имел ни у кого. Его фактически выживали из председателей. Этот процесс достиг кульминации в начале марта 1910 года. На заседании второго числа Милюков произнес большую речь о внешней политике в связи с докладом министра иностранных дел о новых штатах министерства. Содокладчик от бюджетной комиссии член Думы Крупенский сказал, что невозможно оппонировать Милюкову по этому вопросу, так как сам министр тему внешней политики не затрагивал, и вообще существует статья 12 Основных законов: «Государь Император есть верховный руководитель всех внешних сношений».

Хомяков ответил Крупенскому: «Я должен сделать… замечание. Направлять прения, останавливать ораторов и не допускать ораторов говорить то, что по закону им не предоставлено, возложено на Председателя Государственной Думы. (Рукоплескания слева и в центре.) Я глубоко убежден, что Государственная Дума сознательно избирала своих председательствующих. Я думаю, что выбранные вами председательствующие не хуже каждого из членов Думы знают ст. 12 Основных Законов, и всякий председательствующий не допустит в этой зале ни единого движения вопреки этой статье. Ни единое постановление, ни единое пожелание, ни единый переход, указывающий на направление политики, здесь допущены не будут, ибо это есть прерогатива монарха, которой никто здесь оспаривать не смеет. Ни единого слова в этом направлении не было сказано, поэтому председательствующий ни разу не остановил оратора, а остановил докладчика».

Известный своей скандальностью деятель из числа правых В.М. Пуришкевич также произнес речь на тему международной политики, в которой вопрошал, с какой стати советник посольства в Италии Крупенский (однофамилец члена Думы) назначен посланником в Христианию (нынешний Осло). Хомяков Пуришкевича остановил, отметив: «Посланники назначаются Государем Императором в качестве его представителей, почему я покорнейше прошу Вас этого не касаться… Государь Император знает, кого назначить, и никто ему в этом указаний давать не может, тем более с этой кафедры».

Здесь Николай Алексеевич ошибся. По существовавшему праву представителями императора являлись послы, посланники же были представителями правительства. Это дало повод пятидесяти трем правым депутатам заявить протест. «Господин Председатель Государственной Думы, неоднократно обнаруживавший явно пристрастное отношение при произнесении речей ораторами разных партий, нарушил все общепринятые правила руководства собранием. Он не только превратным толкованием Основного Закона покрыл совершенно незаконное выступление оратора „оппозиции“… Милюкова, но и проявил недопустимую нетерпимость к вполне законным выступлениям оратора правых… Пуришкевича… Лишь несокрушимая энергия г. Председателя, не допускающего никакого обсуждения его изречений, не позволила оратору выяснить как незнакомство г. Председателя с общеизвестными нормами международного права, так и превратное толкование им действующих законов».

На следующий день, 3 марта, Хомякову пришлось вступить в конфликт не только с правыми, но и с левыми. Заседание прошло бурно. В Думу приехал министр народного просвещения Шварц. Поскольку его выступление не закончилось вовремя, кадеты потребовали объявить перерыв и отложить выступление. Так как председатель повел себя несколько нерешительно, многие кадеты вышли к трибуне и стали громко требовать перерыва во имя уважения министерства к Думе. Хомяков объявил перерыв, министр обиделся и уехал.