Пребывание Ковалевского в Париже в 1905–1907 годах оказалось недолгим. Сложные перипетии общественной жизни втянули его в круговорот событий на родине. Вернувшись вскоре в Петербург, Ковалевский, по его словам, «сразу очутился в центре всего движения». Первым делом он основал в Петербурге газету «Страна», издававшуюся с февраля 1906 по январь 1907 года. В редакции активно работали приглашенные Ковалевским профессор политэкономии И.И. Иванюков, видный экономист А.С. Посников, правовед Ю.С. Гамбаров, известный в России либеральный публицист К.К. Арсеньев, литературоведы Н.А. Котляревский и Д.Н. Овсянико-Куликовский. К тому времени большинство членов редакции уже состояло в недавно созданной Партии демократических реформ (ПДР). Ковалевский примкнул к этой партии и принял активное участие в выработке ее политической программы. Газета «Страна» стала фактически органом партии.

Достойным поприщем для Ковалевского как политика и общественного деятеля могла стать Государственная дума. Работа в комиссиях первого русского парламента предоставляла возможность оказывать непосредственное влияние на формирование государственной политики. Посоветовавшись с В.О. Ключевским, политические воззрения которого были ему близки, Ковалевский принял решение выставить свою кандидатуру в Думу от Харьковской губернии. Ситуация для избрания складывалась благоприятно. Ковалевский вспоминал: «Так как никто особенно не стремился сделаться депутатом, опасаясь, как бы не навлечь тем самым на себя беды, то отношение было более или менее следующее: хочешь лезть в петлю, ступай – мы тебе препятствовать не будем».

Выступления Ковалевского в I Думе начались с обсуждения адреса в ответ на тронную речь царя в день открытия народного представительства 27 апреля 1906 года. Исходя из опыта западных демократий, Ковалевский предлагал включить в ответный адрес выражение признательности монарху со стороны народных представителей за дарованную им возможность участия в законодательной деятельности. Одновременно он настаивал на необходимости включения в адрес выражения готовности Думы к рассмотрению возможно большего числа государственных вопросов, в частности внешней политики России.

С каждым днем работы I Думы крупная фигура Ковалевского все чаще появлялась за думской кафедрой. «С верхних скамей, на которых я расположился с прочими членами от Харьковской губернии, меня пригласили пересесть на нижние, чтобы не тратить времени и быть поближе к трибуне», – вспоминал Ковалевский. «Учитель-депутат» – так отзывались о нем соратники. Неоднократно в заседаниях Ковалевский выступал со справками по истории парламентаризма и практике народных представительств в западных странах. Эти речи часто вызывали неоднозначную реакцию среди депутатов как «справа», так и «слева».

Независимость Ковалевского от какой-либо партийной программы (по выражению Милюкова, его «недисциплинированность») часто проявлялась в ходе думских заседаний. Так, пытаясь приостановить применение смертной казни на то время, пока соответствующий законопроект прорабатывается в Думе, Ковалевский предложил депутатам обратиться с соответствующей петицией к царю. «Кадеты и трудовики почему-то сочли унизительной форму петиции, но я нашел поддержку в более консервативной части Думы», – вспоминал Ковалевский. Собрав несколько тысяч подписей, он отвез петицию в Петергоф – летнюю резиденцию Николая II. «Никакого ответа на нее не последовало», – констатировал Ковалевский.

Речи Ковалевского в Думе часто служили ему материалом для газетных статей в «Стране». Желая оказать воздействие на ход прений, он бесплатно рассылал свою газету многим депутатам без различия партий. «Кадеты относились ко мне с оглядкой, не всегда уверенные в том, что я буду голосовать с ними в унисон», – писал Ковалевский. Тем не менее леволиберальная Дума выбрала Ковалевского руководителем и членом многих парламентских комиссий. Он, например, возглавил комиссию по составлению закона о личной свободе. Ею было принято предложение Ковалевского придерживаться в своей деятельности английского принципа Habeas corpus. Он был также членом комиссий по составлению законопроектов о гражданском равноправии, свободе собраний и т. д. Ковалевский являлся горячим сторонником политической амнистии, неоднократно высказывался в Думе в защиту прав печати.

Известие о роспуске I Думы настигло Ковалевского в Лондоне, куда он прибыл во главе думской делегации на конференцию Межпарламентской ассоциации мира. Политическая деятельность Ковалевского в России получила высокую оценку и признание международной общественности. «Когда бюрократическое самодержавие превратится в конституционную монархию, когда революция уляжется и начнется эволюция, Максим Ковалевский будет фигурировать в первом ряду обновителей русского отечества», – отмечалось в парижском издании «Век» в мае 1906 года.

По возвращении в Россию Ковалевский отказался поддержать радикально антиправительственное Выборгское воззвание, инициированное кадетами. По словам Ковалевского, иное решение лишило бы его перед собственной совестью права считать себя доктором по государствоведению. «Никто из специалистов этой науки не может допустить призыва подданных к неплатежу налогов и к отказу нести воинскую повинность», – заявлял Ковалевский.

Вместе с тем он осудил роспуск I Думы и считал неприемлемым для общественных деятелей вхождение в состав правительства, возглавляемого Столыпиным. Ковалевский ответил письменным отказом на приглашение Столыпина участвовать в политическом рауте у него на дому, мотивировав свое решение тем, что этот вечер, предшествующий началу судебного процесса против «выборжцев», он намерен провести со своими товарищами по I Думе. Столыпин счел себя крайне задетым этим письмом, текст которого вскоре стал общеизвестным и обошел столичную и провинциальную печать. Позднее, 18 декабря 1907 года, в день окончания суда над «выборжцами», Ковалевский устроил у себя собрание представителей различных партий «с целью выразить сочувствие осужденным».