Необычная растительность представлена четырьмя основными семействами: молочайных, дидиереевых, бобовых и бомбаксовых (баобабы, пробковое, бутылочное и хлопковое деревья, дуриан). Дидиереевые напоминают некоторые формы кактусов, но имеют древесный ствол с мелкими листьями и колючками, растущими прямо из ствола. Колючий кустарник преобладает на юге и западе региона и состоит из смеси лиственных древесных растений, лиственных и вечнозеленых суккулентов. Во внутренних районах растительность представлена мозаикой из кустарника и вторичных пастбищ. Растения обладают экстремальными формами адаптаций к засухе в виде расширенной корневой системы с массивными клубнями, имеют увеличенные сочные стволы и ветви, сочные и редуцированные листья, колючки, шипы, восковые и волосатые покрытия. Колючки защищают растения от животных, ищущих влаги и, в сочетании с большими листьями, уменьшают площадь поверхности и потерю влаги. У ряда видов деревьев нет листьев, а фотосинтез и дыхание идёт непосредственно из ствола и стеблей. Некоторые виды в отсутствие осадков засыхают и оживают после дождей. Вся пустынная экосистема состоит из колючих растений, но ни одно из них не является кактусом.

Растения в колючих лесах имеют, как правило, 3–6 м в высоту, а деревья семейства дидиереевых достигают более 10 м. (Rakotomalaza, Messmer 1999). В пределах колючего леса, вдоль крупных рек (Мандраре, Онилахи, Линта и Фихеренана) на аллювиальных почвах, встречаются галерейные леса. Их флористический состав в значительной степени отличается от окружающего леса и они похожи на западные высокогорные лиственные леса. Есть также области переходного леса, например, на юго-востоке, на западной стороне гор Аносиеннес, где виды влажных лесов вторгаются в колючий лес. В этой области создан Национальный парк Андохахела, который является единственным защищенной территорией для эндемичной флоры и фауны.

Нетронутыми территориями в этом регионе остаются 14–17 тыс. км2 колючих лесов. Темпы сокращения площадей лесов и их деградации ниже, по сравнению с другими лесами на Мадагаскаре, отчасти из-за низкой плотности населения на большей части этого региона. Защищены национальными парками и специальными резерватами всего около 3 % лесов. И даже на этих территориях пасутся крупный рогатый скот и козы. В охраняемые районы не вошли важные места обитания эндемичных видов птиц и рептилий на прибрежной территории вокруг реки Онилахи, полосы леса между Мангоки и реками Фихеренана, Ихутри [65,70].

Основной ущерб колючим лесам наносят широко распространённая добыча дров, производство древесного угля и выборочные рубки леса для строительства. Также не способствуют сохранению лесов увеличение площадей полей для выращивания кукурузы и выпас домашних животных, лесные пожары при организации новых пастбищ для крупного рогатого скота. Для этого типа лесов уничтожение растительности является серьезной угрозой, поскольку для них характерны медленные темпы роста и регенерации.

Мангровые леса Мадагаскара распространены в различных экологических и природно-климатических условиях вдоль западного побережья острова и защищены от муссонных ветров центральным горным массивом. Занимаемая ими площадь составляет, по разным оценкам, от 2,2 до 3,9 тыс. км2 (наиболее вероятна цифра – около 3,4 тыс. км2) на низких уровнях береговой платформы, на береговой линии протяженностью около 1000 км. На восточном побережье их всего около 50 км2. Мангры часто находятся вблизи коралловых рифов, которые защищают их от волн. Леса испытывают высокий прилив и постоянно подпитываются пресной водой из многочисленных рек, приносящих много ила, который оседает вдоль побережья. Заиливание берегов угрожает рифам и зарослям водорослей. Самые обширные мангровые леса находятся в заливе Махажамба, Бомбетоке, Южном Махавави и Салала. В южной части Мадагаскара таких лесов меньше, поскольку климат здесь сухой, меньше выпадает осадков. Кроме того интенсивный прибой и отсутствие необходимых для мангровых зарослей аллювиальных отложений крупных речных систем не способствует распространению лесов. Этот последний момент особенно это касается восточной части острова.

Видовое разнообразие деревьев в мангровых лесах небольшое. Описано до девяти видов мангровых деревьев, но основными являются шесть видов и четыре семейства: Rhizophoracae, Avicenniaceae, Sonneratiaceae и Combretaceae.

Этот экологический регион используется населением для выращивания риса, разведения креветок и получения строительных материалов.

Мангровые леса находятся под угрозой из-за развития городских районов, ненормированного вылова морской фауны и выноса огромных масс грунта, смытого со склонов в результате эрозии почв. Некоторые мангровые районы преобразованы для выращивания риса и добычи соли. Малагасийское правительство поощряет разведение креветок в аквакультуре, что становится всё более распространенной деятельностью в частном секторе. Из-за относительно низкой плотности населения и поставок древесины из других регионов, уничтожение мангровых деревьев было сравнительно небольшим, за исключением некоторых районов, в частности Махадзанга и Тулиара. Однако демографические тенденции свидетельствуют о том, эта ситуация может измениться в будущем.

Изолированный от других массивов суши по крайней мере на протяжении 80-120 миллионов лет, Мадагаскар является домом для замечательной и эклектичной коллекции животных. Среди большинства животных высока доля эндемиков. Это: 32 вида лемуров, которые живут в естественных условиях только на Мадагаскаре, около 120 амфибий и 250 рептилий. В горах встречаются гигантские хамелеоны и лягушки, лагуны заселены черепахами, горбатые киты выращивают детёнышей в прибрежных водах. Учёные продолжают обнаруживать новые виды на острове. Например, число известных видов лемуров возросло с 50 в 1994 г. до более 100 сегодня.

В низкогорных влажных тропических лесах Мадагаскара обитают разнообразные эволюционные странности. Это ямки – плотоядное млекопитающее, которое выглядит как нечто среднее между пумой и собакой, но тесно связан с мангустами (рис 7). Это индри – лемур, который поёт; ярко окрашенные хамелеоны; гекконы, которых практически невозможно отличить от коры или мха.

Рис. 7. Ямки

В последние полвека, однако, богатое биоразнообразие оказалось под огромным давлением. Это произошло из-за фрагментации лесных массивов, сокращения площади эндемичных колючих лесов за счёт сельского хозяйства, выпаса скота и производства древесного угля. Кроме того каждый год возникают пожары на больших площадях, возникающие как от природных факторов, так и в результате деятельности фермеров и скотоводов. От лесных массивов Мадагаскара отделяются территории при разработке месторождений [77].