Интенсивность обучения в университете была такова, что отец, как всегда мудро, ему пишет:

«28/XI 1902. Дорогой Павлуша, … Твоя гоньба за материалами мне кажется имеет и вредную сторону. Человек – не только потребитель, но и производитель и потому и то и другое должно иметь границы, за которые переходить опасно. В одном случае явится… так сказать умственное отупение, в другом – поверхностность. Ты в настоящее время грозишь себе потонуть в материалах и убить в себе творчество. Оригинальных мыслителей среди библиоманов очень мало, а зерно великих идей и мыслей заключалось часто в мечтаниях весьма наивных людей, не знавших даже грамоты. Твое детство было в этом отношении удивительно творческое, отчего в нем, как сам пишешь, ты и находишь столько материалов для будущих работ…. Не бойся возражений и даже поражений: ведь дело не в личном самолюбии, … а в том, чтобы вносить живую струю в жизнь всех наших начинаний».

В других письмах отца было много интересных сентенций проясняющих образ мыслей Павла Флоренского, например, письмо: «24/XII 1902… постановка тобою этой задачи скорее годилась бы как философская тема, чем как узко-математическая. Уметь себя самоограничить – великая вещь для будущего». Потом эту мысль отца он в своих письмах выскажет уже своим детям. А пока отец давал ему советы:

«Насчет твоего участия в “Новом Пути”, … я бы желал, чтобы ты на этом пути что-либо сделал и тема о суевериях – очень интересная и важная. Выяснить значение в каждый данный момент известной суммы суеверий, предрассудков, необходимость их … как связующего начала». И далее очень по-современному:

«… пожалуйста пиши, только не распекай либералов… Были говоруны, проповедники, теперь – секты. Но ведь это вечная история всех мировоззрений.… Для меня не важно различие в мыслях, противоположность в мировоззрениях, а отсутствие мысли, хотя для общественной деятельности для партийных людей, т. е. массы, за исключением вожаков, отсутствие мысли, кажется, есть основа силы партий».

К концу обучения в МГУ стала все более заметной в его познании внутренняя потребность, о которой он писал ранее – соединение научного и духовного опыта. Из писем видно, что его общефилософский, гуманитарный подход требовал новых знаний и опыта. Ситуация также усугублялась тем обстоятельством, что он, как высоко эрудированный человек с богатым воображением, с детства привык углубленно и уединенно заниматься интересующими его предметами и потому непросто сходился с людьми. Это зачастую было вызвано не только отсутствием опыта коммуникации, но и четким пониманием духовной ограниченности большинства окружающих. Именно поэтому он очень ценил людей, которые духовно были ему близки, но и влияние этих людей на его жизнь и поступки были также сильными, и во многом его судьба определялась этим обстоятельством. Как он относился к людям и понимал их можно увидеть из писем 1904 года отцу и матери: «15-1-1904. Дорогой папочка!.. на Рождество познакомился кое с кем из интересных людей, … когда я зашел к Бугаеву и застал у него всех или почти всех московских знаменитостей, по преимуществу из молодых. Был там и Бальмонт, читавший свои стихи, и Брюсов и т.д.; все люди разных направлений и убеждений, но не бесцветные. Были теософы умные и теософы захлебывающимся голосом от волнения говорившие банальности, спириты, неоромантики, символисты и т.д., и т.д. и люди, ничего не смыслящие в поэзии. Сами по себе эти вечера не особенно интересны, …но очень полезны, т.к. дают возможность познакомиться с людьми, которых бы нигде не увидел. Наша секция по философии и истории религии, к сожалению, вызвала слишком большие и преувеличенные ожидания и надежды; … несколько очень интересных лиц просили принять их в число членов; среди них есть если и не слишком ученые, то много знающие в каком-нибудь одном направлении, напр. по индусской литературе, и потому можно ждать от них интересного. Однако только можно опасаться, именно того, что у таких людей часто бывает особый привкус партийности и тенденциозности, а в большом количестве это почти невыносимо. Тут собирается издаваться новый журнал "Весы", не знаю, будет ли он интересен, или нет, а потому пока подожду решать вопрос относительно предложения, которое мне сделал Брюсов – именно сотрудничать в нём».

Если из писем в начале обучения можно увидеть увлечение точными науками, то в последний год в письмах практически отсутствуют рассуждения на научные темы, а все больше на религиозные и философские. Вот характерное письмо матери 3 марта 1904 г, где сначала он пишет об университетской жизни: «Дорогая мамочка!.. Вся жизнь идет слишком ускоренным темпом и очень интенсивно, так что формальности вроде экзаменов невыносимы. Да вдобавок ко всему за последнее время я приобрел кое-каких новых знакомых и отчасти благодаря их рассказам, отчасти потому что теперь, перед окончанием курса все стали более откровенны, а многие, и более цинично откровенны, мне пришлось видеть многие стороны университетской жизни, которые ранее старался не видеть. Столько сплетен, дрязг и подозрительных действий, что как-то хочется отстраниться от этой жизни…». Но он видел не только темные стороны, ведь именно в нем у него выкристаллизовалась понимание, что университет: «… дал очень много мне и в смысле научном, и, пожалуй, в нравственном, потому что я там встретил некоторых лиц, с которыми схожусь в некоторых убеждениях, по крайней мере в положительном отношении к Церкви». В университете у него к тому времени сформировалось стойкое убеждение, что необходимо: «Произвести синтез церковности и светской культуры, вполне соединиться с Церковью, но без каких-нибудь компромиссов, честно, воспринять все положительное учение Церкви и научно-философское мировоззрение вместе с искусством и т.д. вот как мне представляется одна из ближайших целей практической деятельности. В необходимости церковности я лично, да и многие, убеждены более, чем в чем-нибудь другом… что же касается до догматов и таинств, то тут разговор чересчур длинный». И объяснил, как и почему у него появились эти убеждения и что на них повлияло: «Я подходил к этому с самого детства. Одно время эта потребность была особенно сильной …потом она приняла очень теоретический характер и ослабла, пока, наконец, занятия математикой и философией не дали права и санкции развиваться таким запросам совершенно свободно. …теперь ценишь то, что имеешь с особой напряженностью. Может показаться иронией судьбы, что всё выходит наоборот против намерений и планов наших, но приходится думать, что в такой иронии сказывается глубокий смысл». И далее в письме упоминает о чрезвычайно важной для его дальнейшей судьбы встрече, именно с неё у него начинается смена направления деятельности, хотя в этот момент он еще это и не осознавал: «Как-то на днях я познакомился с одним замечательным, хотя малоизвестным лицом. Это – лишенный епархии епископ Антоний, личность очень интересная и высокая. На меня же лично он произвел двойное впечатление, потому что манерами, лицом и даже голосом очень похож на тетю Юлю. Вдобавок к этому его фамилия "Флоренсов" и я думаю, тут может быть какое-нибудь родственное сходство». Именно под влиянием епископа Антония Павел Флоренский продолжил свое образование в Духовной академии и в результате стал выдающимся религиозным деятелем. О процессе перехода можно понять из письма матери: «16.IV.1904 Дорогая мамочка! … разные мелкие обстоятельства иногда дают разглядеть за собой нечто более глубокое и серьёзное, чем кажется обычно, и тогда такие мелочи могут производить более интенсивное действие, чем события, считающиеся обыкновенно сильными… Тут такая странная погода /то жарища, то холод/… я, по обыкновению, не простужаюсь и не болею, какова бы ни была погода. Самое большее, что она может сделать со мною – это навести угнетенность, когда должна быть гроза… Скоро начнутся экзамены; мы уже считаемся окончившими университет и, если хотим, то можем теперь делать несколько лет всё, что вздумается, а потом приехать держать экзамены» И после всех бытовых, хотя и интересных подробностей, пишет: «Был недавно в Сергиеве в Духовной Академии.… Ректор Академии … предложил поехать с ним путешествовать по российский монастырям, между прочим, в Соловки. Для меня предложение очень заманчивое…. Ответить ему я должен после экзаменов, в конце мая». В Соловки в тот год Павел Флоренский не попадет, это произойдет ровно через 30 лет и совсем в других обстоятельствах, а пока он готовится к новой жизни и деятельности, очень емко оценивая и характеризуя себя в письме к сестре следующим образом: «21.V.1904 г. Дорогая Люся! …Ту кучу вопросов, которую ты выбросила мне пригоршнями, и которую бросать было так нетрудно, я должен "оставить без последствий", как пишется на официальных бумагах. … Ведь сконцентрированные веками ответы, догматически изложенные. /"Верую etc…"/ тебя не удовлетворят, а объяснять "как" и "почему" – это значит построить на твоих глазах систему своего weltanschaung [мировоззрения]. Итак, мыслимое ли дело это для одного – двух писем, да и я не знаю, смогу ли я достаточно ясно выражаться сейчас. Мне не хватает продуманности и знаний, как не хватает духовности и опыта. Ты ведь знаешь /или нет? /, что вообще я действую и мыслю интуитивно; и многое поэтому, что я предчувствую или даже знаю сам, мне трудно выразить, а тем более доказать, трудно, пока я не проработаю … много над чувствуемым. С будущего года я займусь подготовкой некоторых сочинений – давно задуманной работы – и в них ты найдешь ответы на некоторые из своих вопросов – даже, вероятно, на все. Ты спрашиваешь, теоретик ли я? И да, и нет. Дело в том, что моя "практическая" деятельность, которую я сознательно преследовал до сих пор, слишком мало похожа на то, что вообще обозначают этим именем, а с другой стороны “теоретическая", мои личные занятия, всегда бывало для меня не просто занятиями, а родом молитвы. Поэтому тут термин "практический", "теоретически" как-то мало идут. Но, конечно, некоторых сторон "практики" до сих пор было сравнительно мало, и это отчасти от моей слабости, отчасти от сознания своей неготовности, но в ближайшем будущем я надеюсь устранить такую недостачу. Удастся ли? Как? – Поживем – увидим. Надеяться на "да" мне можно, помимо некоторых внутренних причин, ещё потому, что за последний год или два я встретил ряд людей, о которых мечтал, и которые реализуют грезы. Ведь я большой мечтатель и вечно живу среди облаков, но теперь облака сгустились в живых людей – тем лучше. Знаю, что важным "взрослым" мы кажемся и будем казаться смешными маленькими детьми, на вопросы которых можно только отвечать, "узнаете после", и на которых нельзя даже чересчур сердиться, потому что они слишком наивны; знаю, что для медиков мы – "психозы". Даже дома, несмотря на всю любовь ко мне, на меня /других там не знаю/ смотрят как на "завирающегося" /по выражению детей/ и, желая оправдать в своих глазах, говорят, что "это всё "не серьёзно, а "так", забава и т.д.». Вот такую полную характеристику он дал сам себе.

Поступление в Духовную академию осенью 1904 года сменило вектор его интересов от физико-математической деятельности к религиозно-гуманитарной. Казалось, всю оставшуюся жизнь, он будет связан с религией и решением в основном философских и гуманитарных вопросов.

Его судьба развивалась стремительно. После окончания в 1908 году Духовной академии он напишет фундаментальный труд «Столп и утверждение истины», который сделает его широко известным и выдвинет в разряд выдающихся философов своего времени. Преподавание в Духовной академии он совмещал с редакторской работой и широкой интеллектуальной деятельностью.

Успехи его были результатом не стечения обстоятельств, а исключительного трудолюбия и силы воли. Вот что писал о нем его друг и известный философ С.Н. Булгаков: «Извне он был скорее нежного и хрупкого сложения, однако обладал большой выносливостью и трудоспособностью, отчасти достигнутой и огромной аскетической тренировкой … обычно он проводил ночи за работой, отходя ко сну лишь в 3–4 часа пополуночи, но при этом сохраняя всю свежесть ума в течение дня, и то же можно сказать и об его пищевом режиме. И все это было в нем не только голосом его духовной стихии, но и делом железной воли и самообладания. Слабый от природы, в те годы, когда я знал о нем, он, насколько я помню, вообще никогда не болел, ведя жизнь, исполненную аскетических лишений. … Вообще, самое основное впечатление от о. Павла было силы, себя знающей и собою владеющей» [6].

Булгаков, наблюдая близко в течение многих лет Павла Флоренского, хорошо понимал его основные черты, поэтому описание им Флоренского как ученого даёт полное представление о нем:

«В научном облике о. Павла всегда поражало полное овладение предметом, чуждое всякого дилетантизма, а по широте своих научных интересов он является редким и исключительным полигистром, всю меру которого даже невозможно определить за отсутствием у нас полных для этого данных. Здесь он более всего напоминает титанические образы Возрождения: Леонардо да Винчи и др.…Я знал в нем математика и физика, богослова и филолога, философа, историка религий, поэта, знатока и ценителя искусства и глубокого мистика» [6].

Булгаков Сергей Николаевич – философ, теолог, экономист, несмотря на разницу более 10 лет в возрасте, был близким другом П.А. Флоренского. Был одним из авторов знаменитого сборника русских философов «Вехи». Был членом II Государственной думы (1907) от партии кадетов. В 1918 году, возможно и под влиянием П.А. Флоренского, профессор Булгаков принимает сан священника и становится о. Сергием. В 1923 году эмигрировал. Жил в Праге, затем в Париже, где занимал пост профессора догматического богословия в Русском богословском институте. Скончался в Париже в 1944 году. Их дружба хорошо отражена в известной картине М.В. Нестерова «Философы», на которой они изображены вместе.