Градоначальник Микаладзе привлекает сердца обывателей изящными манерами и полным равнодушием к муштровке, дисциплине и военной форме. Он питает слабость к женскому полу. Микаладзе ни во что не вмешивается, никому не докучает, никого не наказывает. Он считается основателем «мирного пути, по которому чуть было не пошла глуповская цивилизация». Микаладзе на почве слабости к женскому полу умер «от истощения сил».

На смену ему прибывает градоначальник Беневоленский, который увлеченно строчит новые законы. Законы подчас носят лаконичный характер: «Всякий человек да опасно ходит; откупщик же да принесет дары». По просьбе купчихи Распоповой, состоящей с ним в близких отношениях, Беневоленский вступает в переписку с Наполеоном, приглашая последнего посетить Глупов. Об «измене» становится известно, Беневоленского арестовывают, а в Глупов прибывает подполковник Прыщ.

Он решает продолжить «мирную» политику Микаладзе, ни во что не вникает, все разрешает, глуповцы богатеют, обильно снабжая подношениями и нового градоначальника. Прыщ спит на леднике. Предводитель дворянства, любитель вкусно покушать, обнаруживает, что от Прыща исходит постоянный аппетитный запах. Выясняется, что у градоначальника фаршированная голова.

В Глупов прибыл статский советник Иванов, «но оказался столь малого роста, что не мог вмещать ничего пространного». Иванов умирает от испуга, «получив слишком обширный сенатский указ, понять который он не надеялся».

После Иванова глуповцами управлял виконт Дю-Шарио, при котором началось «бесстыжее глуповское неистовство»: люди бросали хлеб под стол, крестились «неистовым обычаем», поклонялись идолам, говорили на получеловечьем языке, утратили уважение к старшим;

в Глупове появились кокотки. Дю-Шарио любил лакомиться лягушками и наряжаться в женское платье. Впоследствие оказался девицей и был выслан из города.

Эраст Андреевич Грустилов одобрил распущенность нравов глуповцев, хотя и отличался чувствительностью и имел наклонность к сочинительству. Искал утраченное душевное равновесие при помощи аптекарши Пфейферши и блаженненьких Аксиньи и Парамона. Под их влиянием Грустилов превращается из потакателя собственным слабостям в аскета. Блаженненьких назначает на руководящие посты. Под влиянием Грустилова представители интеллигенции читают статьи Н. Страхова, затем принимаются корчиться, скакать, кружиться, петь и кричать – «восхищаться».

В разгар одного из таких восхищений «сектаторы» обнаруживают стоящего в дверях нового градоначальника – «ужасного» Угрюм-Бурчеева.

Угрюм-Бурчеев был «мужчина среднего роста, с каким-то деревянным лицом, очевидно никогда не освещавшимся улыбкой… Глаза серые, впавшие, осененные несколько припухшими веками; взгляд чистый, без колебаний; нос сухой, спускающийся от лба почти в прямом направлениии книзу… челюсти… с каким-то необъяснимым букетом готовности раздробить или перекусить пополам… Портрет этот производит впечатление очень тяжелое. Перед глазами зрителя восстает чистейший тип идиота». «Разума он не признавал вовсе и даже считал его злейшим врагом… Перед всем, что напоминало веселье или просто досуг, он останавливался в недоумении». Угрюм-Бурчеев вызвал в обывателях безотчетный страх и заслужил прозвище «сатана».

Уклад жизни нового градоначальника спартанский: он спит на земле, встает с зарей и тотчас приступает к маршировке. В молодости он отличился тем, что позволил отрубить себе палец, чтобы доказать любовь к начальнику.

Угрюм-Бурчеев намеревается устроить жизнь города по образцу коммунистического концлагеря: перераспределить людей по семьям (по принципу роста), в каждой семье должно быть по паре стариков, по паре родителей, по паре подростков и по паре младенцев. Такие «поселенные единицы» являются составной частью взводов, рот и полков, на которые делится все население. Работать, по мысли Угрюм-Бурчеева, все должны от восхода до заката, развлекаясь маршировкой, питаться черным хлебом в специально отведенных местах. Все это происходит под присмотром солдат с ружьями, каждые пять минут палящих в солнце. «В этом фантастическом мире нет ни страстей, ни увлечений, ни привязанностей. Все живут каждую минуту вместе, и каждый чувствует себя одиноким. Жизнь ни на мгновение не отвлекается от исполнения бесчисленного множества дурацких обязанностей…»

Но внешний облик города не отвечает идеалам Угрюм-Бурчеева. Он решает остановить реку и с этой целью сгоняет население в воду и заставляет людей забрасывать реку мусором. План его терпит катастрофу. Угрюм-Бурчеев приступает к снесению жилищ, и бревна тоже бросают в воду, но река по-прежнему не останавливается. Люди заболевают от постоянного нахождения в воде. Угрюм-Бурчеев отправляется прочь из города и велит закладывать новый Глупов на совершенно ровном месте.

Во время строительства нового города среди жителей проявляются «дурные страсти» и обнаруживаются «неблагонадежные элементы». Летописец углубляется в историю «глуповского либерализма», вспоминает историю Иона Козыря, который проповедовал «сожительство добродетельных с добродетельными, отсутствие зависти, огорчений и забот, кроткую беседу, тишину, умеренность». Градоначальник Бородавкин, прочитав книгу Ионы и усмотрев в ней массу вредных для своего правления идей, приказал книгу уничтожить, а Иону выставить на посмешище. При Угрюм-Бурчееве «неблагонадежным элементам» удалось вытеснить ужас перед градоначальником из умов обывателей и втолковать тем, что перед ними – лишь идиот, а не мудрый и дальновидный злодей.

Угрюм-Бурчеев издает указ о назначении шпионов, призванных информировать градоначальника о любых признаках измены. На этом месте повествование обрывается; есть лишь указание, что над Глуповым пронесся неслыханный ураган и смерч, солнце померкло, а обыватели бросились на землю. Угрюм-Бурчеев «исчез, словно растаял в воздухе. История прекратила течение свое».