Понимая, что ее пока еще тайные бразильские колонии могут уйти в другие руки, Португалия предлагает Кастилии прямые переговоры. Делегации еще находились на пути в Тордесильяс, что возле Вальядолида, когда 25 сентября 1493 года Колумб отправился в новую экспедицию уже во главе флотилии из 20 кораблей и команды в 1500 человек. Между тем Александр Борджиа выпустил третью редакцию своей старой буллы от 3 мая, хотя написана она была в июле. Новая версия лучше балансировала между привилегиями, предоставленными Португалии, и теми, что были дарованы Испании. Но новые формулировки не могли изменить сути вещей.

Португалия имела некоторое преимущество при переговорах с Кастилией: она знала предмет торга — Бразилию, тогда как другой стороне о ней не было известно. В декабре, когда полномочные представители были близки к соглашению, Александр VI издал четвертую буллу, помеченную также задним числом — 25 сентября. Булла имела эффект разорвавшейся бомбы. Папа уточнил, что испанские владения простираются к западу от известной линии "вплоть до восточных областей Индии". Естественно, что португальцы, имевшие виды на Индию, куда они собирались добраться в обход Африки, не могли с этим примириться. Но португальско-кастильские переговоры, зашедшие на какое-то время в тупик, возобновились, и 7 июня 1494 года был подписан Тордесильясский договор, по которому были четко обозначены зоны влияния в Северной Африке и в Атлантике. Демаркационная линия север — юг, установленная папой, была отодвинута к западу на 370 лье от островов Зеленого Мыса. Этого перемещения, передвинувшего меридиан на 4630 западной долготы, было достаточно, чтобы включить восточную оконечность Бразилии в зону португальских владений. Восточнее этой океанской границы любая уже открытая земля или та, которая будет открыта, считается португальской. Это сделало возможным создание будущего лузо-бразильского сообщества.

Кончилось все эти телодвижения для Папы крайне плохо. Мир оказался поделен между Испанией и Португалией, но остальные народы задались резонной мыслью, а кто уполномочивал Папу, передавать кому-то чужие территории? Так что, хотя до начала Реформации еще было далеко, но за исключением французов, чей король мог в любой момент захватить Рим и поставить на святой престол своего Папу, остальные державы находящиеся на берегу Атлантического океана: Англия, Нидерланды, Германские княжества, Дания начали потихоньку поддерживать еретические течения. Если не признавать Папу главным в христианском мире, то можно не признавать и его границы. Как там Вольтер говорил:

Мы еще немного посидели с Кристобалем, а потом разошлись по своим делам. Коротко перескажу, что мне еще удалось узнать из разговора, и что я знал до этого сам.

25 сентября флотилия второй экспедиции Колумба покинула Кадис и до самого моря ее сопровождала эскадра венецианских галер, вышедших из гавани одновременно с ней. В этой экспедиции было: 20 кораблей и 1,5 тысячи человек. Колумб взял курс несколько южнее, чем в первый раз. Вследствие этого переход был на целую неделю короче, и уже 3 ноября 1493 года они достигли острова Доминики в дуге Малых Антильских островов. Когда Колумб достиг берегов Гаити, все Большие Антильские острова (Кубу, Эспаньолу, Пуэрто-Рико и Ямайку) по большей части населяли тайноc, происходившие из арауканской ветви южноамериканских индейцев. Их мир был этнически разнородным, но при этом объединенным общим для всех образом жизни — полу садоводческим, полу грабительским — и верованиями, которые сыграли значительную роль в исторической отсталости, вызванной жизнью на островах. Колумб, грезивший о Китае (Катэй) или Японии (Кипанго), был крайне разочарован более чем скромной цивилизацией тайноc, о которую разбились все его мечты. Вместо парчи — хлопчатобумажные набедренные повязки, взамен дворцов с золотыми куполами — хижины с крышей из пальмовых веток. Расстроенный первооткрыватель отвратил свои взоры от примитивных аборигенов навсегда, за исключением одного раза, когда он сообразил, что из них могут получиться отличные рабы. Одержимый идеей открытия пути в Индию, Колумб никогда не интересовался жизнью островитян, которых не принимали всерьез из-за их малочисленности и относились как к вещам. Отсутствие пряностей, по крайней мере тех, что ценились в Старом Свете, и запрет под влиянием католической церкви от 1496 года на вывоз индейцев-рабов в Испанию свели освоение острова к поиску единственного стоящего товара — золота.

Золото, добываемое вначале в обмен на медные колокольчики, стекляшки, гвозди и шерстяные колпаки, быстро превратилось по требованию генуэзца в единственную форму выплаты дани: все индейцы старше четырнадцати лет были обязаны под угрозой жестоких телесных наказаний доставлять людям Колумба котелок золотого песка раз в три месяца. Касики — индейские вожди — должны были выставлять калебасу (чашку из тыквы), полную золота, каждые два месяца. Эти меры были настолько же бесчеловечными, насколько нелепыми. Столько золота здесь не смогли бы собрать и за сотни лет. Тайнос равно ценили перья редких птиц, хлопковые ткани, нефрит из Центральной Америки, мексиканский обсидиан (вулканическое стекло), карибский янтарь, перламутр, а также некоторые виды раковин. Желтый металл не выглядел в их глазах единственным универсальным олицетворением богатства, каким его считали конкистадоры. Золото, что встречалось на Гаити, было в значительной части, ввезено на остров из других мест. Оно поступало в виде украшений с побережья Панамы или Колумбии и ковких листов для холодной обработки. Нет никакой уверенности, что местные жители владели какими-либо технологиями по обработке или хотя бы добыче золота. В любом случае просеивание золотоносных песков не было видом повседневной или специализированной деятельности индейцев. Почти все золото тайноc являлось результатом торгового обмена с южноамериканским континентом или трофеем в войнах с другими островами. Для аборигенов золото было предметом искусства, а не сырье.

В 1495 году великий полководец Гонсало дель Кордова во главе двухтысячного войска отправляется в Италию что бы помочь итальянцам отбить Неаполь у французов, но терпит поражение у Семинаре и вынужден отступить, так как у французов войск намного больше. Тут сразу видно, какого размера были тогда армии, так что не нужно утверждать, что у Кортеса была "горстка людей", в совокупности, те же две тысячи человек. Но, справедливости ради, заметим, что французы не ацтеки и дель Кардова будет постоянно увеличивать свое войско, вначале до 9 тысяч человек, а потом и до 15 тысяч.

11 июня 1496 на двух маленьких каравеллах Колумб возвращается в Кадис.

В 1496 году в Италии дель Кордова изменил свою тактику, теперь териция сдерживает врага, а арбалетчики и аркебузиры, находящиеся позади, его расстреливают, также широко применяются пушки, полевые укрепления, колья, рогатки и так далее, французы терпят несколько поражений, они очистили всю неаполитанскую территорию, а французский гарнизон Неаполя капитулировал.

В 1497 Васко да Гама открыл морской путь в Индию. Тогда же венецианец Джованни Кобботти (Джон Коббот) из Англии, проплывает от уже известного Лабрадора на юг, до испанских владений во Флориде вдоль всего побережья Северной Америки. В 1498 году состоялась третья экспедиция Колумба.

В 1499 году в Испании все гарантии терпимости для гранадских мавров были отменены, Коран сожжен по приказу кардинала Сиснероса, а ислам запрещен. В том же году юный четырнадцатилетний Кортес поступает в университет в Саламанке.

В 1499–1500 состоялась экспедиция Алонсо де Охеда, участника второй экспедиции Колумба, вместе с Америго Веспучи.

В 1500 году Фердинанд совместно с венецианцами отправляет Гонсало дель Кордова воевать с турками, на греческом острове Кефалония они берут штурмом город Аргостолион. В том же году португалец Педру Альвареш Кабрал на пути в Индии открывает Бразилию. В июле 1500 года, узнав, что Колумб нарушает множество королевских указов и не может управлять колонией, восстановив против себя всех жителей, которых он обложил непомерными налогами, королева Изабелла направляет полномочного ревизора Франсиско де Бобадилью восстановить порядок в Санто-Доминго (главное испанское поселение, столицу острова Гаити). Верный из верных, брат Беатрисы де Бобадильи — подруги детства и наперсницы королевы Изабеллы — тот взял Колумба и его братьев под арест и в цепях выслал в Испанию. С глаз королевы спала пелена, вот кому она доверяла все эти годы. Но тут Колумбу повезло, свидетели до суда не дожили, они очень кстати погибли. Ураган невиданной силы уничтожил в Антильских водах флотилию, которая шла в Испанию под командой Антонио де Торреса, сына королевской кормилицы. Во время этого урагана погибли на кораблях флотилии Торреса заклятые враги Колумба — Бобадилья и Рольдан. Колумб счел их гибель "карой Господней". В отсутствии свидетелей Колумбу удалось частично оправдаться.