Из Омска Верховный Правитель России адмирал Колчак прибыл в Новониколаевск, сделав на пару недель будущий Новосибирск столичным городом.

Две недели прошли в судорожной, мало организованной, но активной работе. Эта работа напоминала лихорадку у больного.

Адмирал собирал аппарат правительства, отстранял от должности одних, делал назначения других, издавал, порой, противоречивые распоряжения, энергично выступал с речами, так, что даже сорвал голос: всё было направлено на исправление ситуации в борьбе с большевиками.

В Новониколаевске появилось «Воззвание Верховного правителя» к населению, в котором Колчак признавал неудачи на фронте и взывал вступать добровольцами в армию, организовывать отряды самообороны. Впервые, давая себе отчёт, что следует опираться все же на людей, обладающих состоянием, Колчак обратился к ним, назвав «Имущим населением» в противовес «голытьбе»:

«Пора понять, что никакие пространства Сибири не спасут вас от разорения и позорной смерти.

До сих пор вы думали, что правительство, что армия будут вас защищать без всякого участия с вашей стороны. Помогите ей своим достоянием, деньгами, одеждой, продовольствием, забудьте о чужой помощи, и никто кроме вас не будет вас защищать и не спасет.

Я объявляю Родину нашу и все русское национальное дело в опасности».

Но ощущалось во всем, активность Верховного не способна раскручивать практически остановившийся маховик власти: органы управления бездействовали, чиновники более думали о своём спасении, приводной механизм между верховной властью, органами управления и обществом был разрушен.

В Новониколаевске оперативно был назначен на пост главы правительства Виктор Пепеляев, взамен отстраненного Петра Вологодского, как чиновник, требовавший активной работы и ужесточения всяческих мер.

Ситуация на фронте была также плачевной, что отзывалось смутой и в тылу.

Казалось, при прибывании Верховного в городе, крепкий и преданный Барабинский полк, вдруг восстал после его отъезда: предательство шло за Верховным правителем России по пятам, ступая шаг в шаг с большевистскими агитаторами, доносящих простые и понятные массам лозунги: «Долой господ!», «Земля крестьянам!», «Заводы рабочим!», «Земля и воля!».

Развал фронта случился ещё летом.

Командующий Гайда проигнорировал приказ Колчака о приостановке наступления восточного крыла Сибирской армии под угрозой разгрома войск западного фронта: требовалась оперативная перегруппировка войск и поддержка западного крыла обороны фронта.

Этого сделано не было.

Более того восточное крыло фронта двигалось вперёд, практически затягивая удавку на шее западной армии.

В результате красные обошли и опрокинули фронт: в страшной рубке всё смешалось, нарушилось управления войсками и началось общее отступление. К поздней осени провал обороны превратился в беспорядочное бегство и дезертирство боевых подразделений.

Генерал Анатолий Пепеляев, один из наиболее молодых и успешных командующих, избалованный прошлым воинским успехом, в результате отступления практически потерял армию, разложившуюся под натиском неудач, большевистских агитаторов и не без оснований обвинил в развале фронта главнокомандующего Сахарова и самого Колчака.

В декабре произошёл открытый конфликт генерала Пепеляева и Колчака.

Поезд Верховного Правителя России прибыл на станцию Тайга и был задержан и окружён войсками генерала. Пепеляев в нелицеприятной беседе с Колчаком, выкрикивая обвинения, в грубой форме потребовал расследования предательства в армии и причин сдачи Омска.

Ситуацию спас только что назначенный на пост премьер-министра правительства Виктор Пепеляев, который примирил Колчака и брата. Сахаров был смещен с должности командующего, а распадающаяся, лишенная общего управления армия покатилась мелеющей рекой с запада на восток.

Целью передислокации Верховного Правителя России был теперь Иркутск, где еще была надежда удержать ускользающую власть над Сибирью.

Власть в Иркутске поддерживал гарнизон в несколько тысяч штыков, среди которых наиболее боеспособными были роты юнкеров, унтер-офицеров и несколько эскадронов казаков, преимущественно уральских и сибирских, на которых и рассчитывал адмирал.

Колчак надеялся закрепиться в Иркутске и, соединившись с армией атамана Забайкальского Казачьего войска Семёнова, создать крепкий узел обороны, способный противостоять частям красных. В будущем была надежда сохранить в Прибайкалье власть, выстроить крепкий заслон от красной армии вдоль Байкала, вести борьбу с большевиками и крепить силу, получая поддержку из Приморья и Забайкалья.

Тем не менее события в Иркутске развивались в следующем порядке.

В декабре, последнюю неделю уходящего 1919 года произошло восстание в казармах Иркутского гарнизона в Глазковском предместье, что у самого вокзала, раскинувшегося у реки: две роты повстанцев захватили телеграф и развернули наступление на гостиницу «Модерн», в которой размещались члены колчаковского правительства. Всю ночь шёл бой, но повстанцы казаками и юнкерами были к утру отброшены в сторону рабочего предместья за речку Ушаковку и на этом восстание практически провалилось.