Так как занятия в школе занимали всего четыре часа в день, офицеры, собранные на учебу, а их было всего восемь человек, попросили расписать их по казачьим сотням, чтобы учиться верховой езде и конному строю. Так Борис Михайлович получил первые навыки кавалерийской службы.

К этому времени подпоручик Шапошников уже наметил для себя очередную задачу – закончить Николаевскую академию Генерального штаба – самое престижное высшее военно-учебное заведение Российской империи. Но поступить туда учиться было очень не просто. В частности, требовалось прежде не менее трех лет отслужить в строю. Именно поэтому Борис Михайлович отказался от предложенной ему должности в штабе округа.

В то время существовала особая атмосфера в России и армии в связи с начавшейся в январе 1904 года войной с Японией. Многие офицеры с западных военных округов в поисках славы и чинов рвались на театр военных действий. Особенно эти стремления наблюдались у туркестанцев. Дело в том, что командующий Маньчжурской армией, а с осени 1904 года и главнокомандующий вооруженными силами России на Дальнем Востоке генерал от инфантерии А. Н. Куропаткин свою офицерскую службу начинал в 1866 году в том же 1-м стрелковом Туркестанском батальоне, а затем на протяжении одиннадцати лет тесно соприкасался с ним по службе. Это придавало многим особы шарм.

Шапошников также стремился попасть в действующую армию, но ему, по его словам, не повезло при жеребьевке, которую устроил командир батальона для все желающих.

Зато ему повезло в другом. В офицерском собрании батальона имелась довольно богатая библиотека, по оценке Бориса Михайловича, даже лучшая, нежели в общегарнизонном собрании Ташкента. Почти четыре десятилетия накапливались в ней книги, газеты, журналы за счет фонда, который складывался из небольших ежемесячных взносов офицеров. В библиотеке имелись сочинения классиков и видных военных авторов. Осенью 1904 года офицерским собранием батальона Шапошников был избран заведующим этой библиотекой без отрыва от своих прямых служебных обязанностей. По сути дела, это была дополнительная нагрузка, но Борис Михайлович воспринимал ее как особое к нему доверие начальства и дополнительную возможность подготовки к поступлению в Николаевскую академию Генерального штаба.

31 января 1905 года Шапошников был назначен начальником учебной команды батальона с правами ротного командира. Через эту команду проходили все солдаты, призванные на военную службу и направленные в 1-й Туркестанский батальон. Молодой офицер был ошеломлен таким повышением в должности, так как обычно ее занимали офицеры, прослужившие достаточно долго и имевшие чин не меньше штабс-капитана.

Поражение России в войне с Японией очень болезненно будет воспринято обществом и армией. Позже в своих воспоминаниях Б. М. Шапошников будет много писать о том, какие революционные преобразования происходили в российском обществе и даже военной среде после завершения этой войны. Безусловно, все это имело место, и, имея постоянный доступ в периодической печати, Борис Михайлович был в курсе многих событий. Но едва ли он – подпоручик – разделял в то время какие-либо революционные взгляды. В то время его помыслы и энергия были нацелены совсем на другое, а по жизни он уже научился выделять главное.

Осенью 1906 года с Маньчжурии в батальон вернулось три офицера, и один из них принял от Шапошникова учебную команду. Сам Борис Михайлович был произведен в поручики и вернулся к исполнению должности командира полуроты в свое подразделение. При этом по специальному разрешению командования он начал интенсивную подготовку к поступлению в Николаевскую академию Генерального штаба и, по его собственному выражению, превратился в затворника: днем нес службу в батальоне, ночью упорно занимался.

Важно отметить тот факт, что случаи поступления туркестанцев в Николаевскую академию Генерального штаба были единичными. За всю историю батальона, начиная с 1865 года, в академию поступило всего два человека, и первым из них был А. Н. Куропаткин. Шапошников был третьим, кто решился на этот шаг. Всего же в том году со всего Туркестанского военного округа на поступление в академию подали заявки пять человек…

Но прежде, чем быть направленным для сдачи экзаменов в Санкт-Петербург, нужно было пройти окружные испытания, которые состоялись в начале мая 1907 года. Они заключались в решении тактической задачи, написании сочинения и сдаче экзамена по верховой езде. Шапошников все эти предварительные экзамены сдал успешно.

После этого для сдачи экзаменов уже непосредственно в академии в Санкт-Петербурге офицеру представлялся месячный отпуск. Борис Михайлович был освобожден от службы и покинул Ташкент. Воспользовавшись отпуском, он поехал навестить родителей в Белебее и одновременно использовал это время для того, чтобы подтянуть свои знания в иностранных языках.

Таким образом, Б. М. Шапошников первые годы своей офицерской службы провел в Туркестане, где получил богатую практику командования подразделением и в очередной раз зарекомендовал себя как исполнительный и исключительно грамотный офицер. При этом, что особенно важно, все это время он имел перед собой вполне конкретную цель поступления в Николаевскую академию Генерального штаба и делал все возможное для того, чтобы достичь этой цели.

Проведя в родительском доме две недели, Шапошников выехал в Петербург, куда и прибыл 17 августа 1907 года. Затем, успешно сдав вступительные экзамены (при средней норме 8 баллов набрал 9,82 балла), поручик Б. М. Шапошников в числе 124 офицеров приказом начальника Генерального штаба от 16 октября 1907 года был зачислен на младший курс Николаевской академии Генерального штаба.

Николаевская академия Генерального штаба вела свою историю с 1832 года. До этого времени послепервичной подготовкой офицеров в русской армии не занимались. Поэтому нередкими были случаи, когда военачальники высшего звена управления рассуждали на уровне взвода и роты. Наполеоновские войны начала XIX века, заключавшиеся в слаженных действиях на поле боя дивизий и корпусов, в маневре армиями на большие расстояния, показали всю ущербность такого положения. Во всем мире к военному образованию начали относиться с должным уважением, и Российская империя была вынуждена последовать этому примеру.