Правда, в первые 20 лет существования академии в полной мере реализовывать заложенные идеи не удавалось – мешала косность старого генералитета, который в молодых образованных офицерах видел угрозу для своего существования. Дошло до того, что «академики» всячески притеснялись по службе, очень медленно продвигались по служебной лестнице. Но неудачная для России Крымская война поставила все на свое место. Выпускник академии Дмитрий Милютин начал реформу русской армии, в том числе и с ломки прежней кадровой системы. В годы Русско-турецкой войны 1877–1878 годов «академики» командовали дивизиями и корпусами, руководили штабами объединений и соединений. С тех пор Николаевская академия Генерального штаба стала самым престижным военно-учебным заведением в системе подготовки командно-штабных кадров высшего звена управления для российской армии.

В то время академия размещалась в Санкт-Петербурге в специально построенном для нее двухэтажном здании в форме буквы «П», расположенном на Суворовском проспекте. Рядом находились сквер с памятником выпускникам академии, павшим в боях во время Крымской, Русско-турецкой и Русско-японской войн, а на соседнем переулке – Суворовский музей и церковь, перенесенная сюда из села Кончанского.

На устройство офицерам было предоставлено несколько дней. Для Шапошникова бытовые хлопоты начались с поиска жилья. Подходящая комната нашлась неподалеку, на Суворовском проспекте, в доме, расположенном между 5-й и 6-й Рожественскими улицами. Поселился там Борис Михайлович вместе с младшим братом Евгением – студентом Политехнического института. Платили за комнату с обедом 40 рублей в месяц, притом что квартирных офицеру полагалось 25 рублей. Приходилось доплачивать из 74-рублевого жалованья поручика и жить очень экономно.

Затем начались занятия в академии, которые строились следующим порядком: Трижды в неделю с 8 часов утра начинались уроки верховой езды. Лекции читались с 9 до 12 часов, затем делался 30-минутный перерыв на завтрак, и снова лекции до 4 часов дня.

В течение первого года учебы в академии слушатели изучали тактику пехоты, конницы, артиллерии, полевую фортификацию, устройство вооруженных сил вообще и армий важнейших европейских государств в частности, а также и США, историю военного искусства с древнейших времен и до войн Наполеона включительно, историю военного искусства России, общую историю XIX века и русскую историю, геодезию и т. д. Изучение иностранных языков проводилось по вечерам для желающих. Зато верховая езда как на вступительных экзаменах, так и в процессе обучения рассматривалась как ведущая дисциплина в подготовке офицеров Генерального штаба – занятия в манеже проводились практически без перерывов на всех курсах.

Подобное пристрастие к кавалерийскому делу объяснялось опытом Русско-японской войны. Тогда, в бою под Яньтайскими копями, одна из дивизий русской армии, попав в высокий гаолян, рассыпалась. Начальник дивизии генерал Орлов был ранен, а начальник штаба подполковник Глобачев не смог справиться с управлением конем, который унес его в тыл. В результате этого управление дивизией было потеряно, о чем было доложено по команде. Поэтому было решено верховой езде в академии уделять особое внимание.

Академическое начальство строго следило за посещением манежа и лекций, но мало интересовалось тем, что делают офицеры вне стен академии и условиями их жизни.

На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.

После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались для продолжения учебы на дополнительном курсе. В результате такого «отсева» в том году из 95 человек, окончивших старший курс, на дополнительный курс было зачислено 62 человека. В их числе был и Б. М. Шапошников, который по успеваемости был на седьмом месте.

Офицеры, оканчивавшие дополнительный курс, предназначались для службы по линии Генерального штаба, т. е. в качестве обер-квартирмейстеров штабов дивизий (оперативных отделений). Они должны были уметь готовить боевые документы, правильно передавать распоряжения командира, составлять различные аналитические справки и доклады. В связи с этим программа дополнительного курса состояла преимущественно из практических занятий и разработки письменных научных работ. По результатам проведенных исследований требовалось делать доклады.

В начале XX века академия все больше ориентировалась не только на подготовку офицеров для службы по линии Генерального штаба, но и для работы в войсках. В связи с этим приказом по Военному ведомству от 12 августа 1909 года она была переименована и стала называться Императорской Николаевской военной академией.

Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Д. Г. Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, «читал скучно и нудно». Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор А. Г. Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».

Но были и другие профессора в академии, о которых Шапошников отзывался с уважением. В их числе были: военный инженер В. С. Иппатович-Горанский, артиллерийский специалист полковник В. С. Дельвиг, отличный лектор по тактике пехоты Н. А. Данилов, преподаватель стратегии полковник А. А. Незнамов, преподаватель общей тактики полковник В. В. Беляев, преподаватель военной статистики П. А. Христиани, преподаватель военной истории подполковник Н. Н. Головин, преподаватель русской истории С. Ф. Платонов.