Однако революционеры были разбиты. По всей Прибалтики действовали карательные отряды. Только в Эстонии с декабря 1905 года по февраль 1906 года каратели расстреляли около 300 человек и подвергли телесному наказанию 600 человек. В Латвии репрессиям было подвергнуто около 10 тысяч человек.

Но и после начала наступления на революцию, борьба против властей не прекращалась. Продолжались забастовки. В Латвии развернулось партизанское движение в лесах, получившее название "лесные братья".

Военное положение в Латвии и Эстонии сохранялось до 1908 года. Памятуя о революционных настроениях в деревне, немецкие бароны увольняли латышских батраков и привозили на их место немецких колонистов. Царское правительство стало расселять на месте высланных латышских крестьян переселенцев из центральной России.

В свою очередь, крестьянская беднота Прибалтики, отчаявшаяся добиться улучшения своего положения, сама покидала родные места. В Латвии тысячи крестьян уходили в города. В Эстонии начался массовый исход из деревни батраков и малоземельных крестьян. После революции 1905 года до 1914 года в другие губернии России и за границу выехало около 200 тысяч человек из эстонской деревни. Усилилась и эмиграция крестьян из Литвы.

Другим следствием революции 1905 – 07 годов стало активизация требований национального самоопределения на окраинах России. Как отмечают Р. Мисиунас и Р. Таагепера, "устранение ограничений на печать, издаваемую на национальных .языках, в равной степени повлияло на всех, но особенно способствовало культурному развитию Литвы. Создание Государственной думы также способствовало росту политической активности на западе страны. Хотя после событий 1905 года многие лидеры были сосланы или эмигрировали, эстонцы и латвийцы получили представительство среди депутатов имперской Думы. Благодаря новому российскому законодательству литовцы получили группу опытных политических лидеров".

В Прибалтике стали создаваться националистические партии. В 1907 году вокруг литовской газеты «Вильтис» («Надежда») формируется политическая группа во главе с А. Сметоной и А. Вальдемарасом, ставшая ядром националистической партии таутининков.

Вскоре после разгрома революционного движения в Прибалтике возобновились рабочие выступления. 16 октября 1908 года в Таллине бастовало свыше 8 тысяч рабочих. 18 апреля 1912 года в знак протеста против расстрела рабочих на Лене в Риге произошла забастовка, в которой приняло участие 65 тысяч человек.

В социал-демократическом движении Прибалтики усиливалось влияние большевиков. В 1912 году в Нарве стала выходить легальная большевистская газета "Кийр" ("Луч"). К началу 1914 году под влияние большевиков перешли все рабочие клубы и культурно-просветительские общества Риги. Эстонские, латвийские и литовские большевики были организаторами многих рабочих выступлений в первой половине 1914 года. В июле 1914 года в Риге бастовало 54 тысячи рабочих. Всего в Лифляндской губернии было проведено 355 стачек с 183 тысячами участников. К середине 1917 года рабочее движение Прибалтики было одной из ведущих сил всероссийского рабочего класса, а в большевистской партии представители прибалтийских народов играли заметную роль.

Начало первой мировой войны прервало подъем рабочего движения в Прибалтике. А вскоре Прибалтика, как и почти сто лет назад, подверглась вторжению неприятельских вооруженных сил.

С первых же дней войны в августе 1914 года Литва оказалась в зоне боевых действий. После разгрома 2-й армии под командованием генерала Самсонова русские войска отступили на территорию Литвы, но уже 28 сентября 1914 года выбили германские войска за ее пределы.

Однако в ходе наступления германских войск, начавшегося в феврале 1915 года, они снова вошли в Литву. 21 июля немцы взяли Шяуляй, 27 июля – Паневежис, 18 июля – Каунас, а 19 сентября вошли в Вильнюс. К концу осени Германия оккупировала почти всю территорию Литвы, а к концу 1915 года – Курляндию. Фронт остановился в 20 – 30 километрах от Риги.

Из Латвии и Литвы бежали сотни тысяч людей. Из Литвы было вывезено в глубь России треть промышленных предприятий. Из Латвии было эвакуировано 395 предприятий, в том числе 90% из Риги. Число рабочих в Риге сократилось с 87 тысяч до 3,4 тысяч. Военные действия нанесли большой ущерб хозяйству Прибалтики. Почти полностью были разрушены Калвария, Шяуляй, Таураге, Кельме, Шакай и другие города и местечки.

Германские войска установили свою администрацию на оккупированной территории "Оберост" (оккупированные области на Востоке), во главе которой стоял главнокомандующий войсками Восточного фронта П. фон Гинденбург и начальник штаба фронта Э. Людендорф.

В отличие от времен Отечественной войны 1812 года, когда французские солдаты грабили беспорядочно, грабеж немецких оккупантов осуществлялся по плану, методично и основательно. Как отмечалось в "Истории Литовской ССР", "с первых дней захвата Литвы оккупанты повсеместно и планомерно проводили реквизицию продовольствия. Реквизировали все, что только могли захватить: металлические изделия, продукты сельского хозяйства и дикорастущие фрукты, кости и когти животных. Оккупанты реквизировали урожай 1915, 1916 гг., и даже остаток урожая 1914 года. 10 июля 1917 года Военное управление Литвы издало приказ, который гласил: "Урожай 1917 года забирается управлением Обероста… Всякая другая продажа и покупка зерна, а также употребление его не в соответствии с нормами властями запрещается".