Церковь считала, что поступки и деяния в этой жизни окажут непосредственное воздействие на будущую жизнь, в глазах же Марсилия эти сферы отделены, т. е. хотя за грехи действительно будет расплата в следующей жизни, но это не означает, что некий орган может брать на себя полномочия их осуждения в этой жизни. Он утверждал, что возможность отпущения грехов священниками находится под сомнением, и должность священника – чисто символическая, что тот не является посредником между Божественным и земным так же, как не является этим посредником и Римская католическая церковь. Марсилий считал, что народ должен избирать священников, а поскольку король представляет народ, то он и должен был избирать папу римского. По мнению Падуанского, с крещением Константина церковь превратилась в грешную организацию, не исполняющую свои функции в соответствии с Божьим промыслом.

Из-за идей, озвученных в книге “Защитник мира”, и других высказываний Падуанскому пришлось бежать из Парижа в Нюрнберг ко двору Людвига IV Баварского, находившегося в противостоянии с папской курией. В то время двор Людвига IV насчитывал многих врагов римского престола. При дворе Людвига IV Марсилий сумел добиться высокого положения и участвовал в походе Людвига IV на Рим. За его верную службу Людвиг IV назначил Марсилия на пост архиепископа города Милана, хотя тот и являлся светским лицом.

Марсилий Падуанский различает два вида права: Божественный закон и человеческий. Эти виды права различаются по их цели, содержанию и способам обеспечения. Божественный закон печется о духовной жизни человека, определяет его отношение к Богу, пути к вечному блаженству. Цель же человеческого закона – общее благо, прочность и твердость власти; различая правомерное и неправомерное, он устанавливает справедливость; соблюдение человеческого закона обеспечивается принуждением. По мнению Марсилия Падуанского, необходимо строго разграничивать эти два вида законов, так как в них заключены цели и задачи церкви и государства как абсолютно различных, независимых друг от друга институтов.

Весьма своеобразно для своего времени Марсилий Падуанский решает вопрос о человеческом законе. Человеческий закон должен приниматься народом (под народом понимается “совокупность граждан или важнейшая их часть”). Такой порядок принятия и изменения человеческих законов предопределяется их целью: принятые народом законы выражают общее благо; народ лучше повинуется тем законам, которые сам для себя создал; эти законы всем известны; большинству (общества) принадлежит наибольшая сила для принуждения непокорных к соблюдению законов; каждый может заметить упущения и предложить способы их устранения.

Божественный закон указывает пути достижения вечного блаженства, определяет различия между грехами и заслугами перед Богом, а также наказания и награды в потустороннем мире, где судьей является Христос. К ведению церкви относятся только Божественные, но не человеческие законы; служа высшей цели, церковь не должна вмешиваться в “мирские дела” (Христос говорил: “Царство мое не от мира сего”). Духовенство имеет право только учить, проповедовать христианское вероучение, но никак не принуждать; наказывать грешников, нарушителей Божественного закона, может только Бог, а преступников, нарушителей человеческого закона, наказывает государство.

Учение Марсилия Падуанского отрицало правомерность церковного суда, инквизиционных трибуналов (в отличии от Фомы Аквинского), какое бы то ни было принуждение в делах религии. Даже еретик, по учению Падуанского, может быть наказан только Богом на том свете. В земной жизни еретика можно изгнать из государства, если его учение вредно для общежития; но и это (изгнание) может осуществить лишь правитель, но никак не священник (“медик душ”). Марсилий Падуанский подчеркивает, что римский папа не обладает светской властью, а Евангелие – не закон, а религиозное поучение. Отсюда вытекает крайне радикальное для того времени требование свободы совести. Марсилий Падуанский высказывался и за реформу церкви, выборность священников, отмену ряда привилегий пап. Он выдвинул идеи, опередившие его время, – о разделении прерогатив светской и духовной власти, свободе веры для человека и подчиненности правителя законам.

Государство возникает в результате эволюции человеческого общества. Поначалу семья во имя общего блага и общего согласия объединяется в роды, роды в племена, племена в союзы племен, союзы племен в нацию, завершающая стадия – появление государства, которое базируется на общем согласии всех составляющих его лиц и служит общему благу. Марсилий первым в Средние века увидел в государстве разновидность “общественного договора” в целях достижения “общего блага”. Падуанский один из первых стал проводить четкое различие между законодательной и исполнительной властями государства. Законодательные полномочия должны принадлежать народу, т. е. гражданам или их важнейшей части, законы – выражать общее благо, а действия правительства (исполнительной власти) – соответствовать законам.

Падуанский отстаивал тезис о том, что настоящий источник всякой власти – народ. От него исходит власть духовная и светская. Только он – носитель суверенитета и верховный законодатель. Философ считал, что люди – материя государства, формой которого являются законы. Государство (совсем как по Аристотелю) должно стремиться к общественному благу, а вовсе не к процветанию церкви. Однако к народу Падуанский относит далеко не всех граждан, а только так называемые “почетные сословия”. Своеобразно Падуанский решал проблему правительства, приводящего законы в исполнение. Во-первых, выдвигался и обосновывался принцип подзаконности всех действий правительства, которое для того и создано, чтобы исполнять законы, определяющие цели и порядок общежития. Во-вторых, исполнитель законов должен был избираться тем же, кем закон установлен, т. е. народом.