В царствование императора Александра I появилась в высшем русском обществе, особенно в Петербурге, наклонность к так называвшемуся на тогдашнем языке «внутреннему христианству». Неправильное учение это, шедшее часто в разрез с православием, клонившееся к отрицанию Церкви, породившее много сект с направлением нездорового мистицизма и бывшее предшественником появившихся в наши дни еретических толков, находилось под покровительством обер-прокурора Синода кн. Голицына, очень влиятельного в то время лица.

Архимандрит Иннокентий с сокрушением сердца взирал на распространение этого учения путем книг и не стесняясь высказывал свое о том мнение: «Слез не достанет у здравомыслящего христианина, – говорил он, – оплакивать раны, какие могут эти книги нанести, если будут читаемы в местах воспитания. От брожения и кружения умственного суемудрия так зломудрствуют, что душа содрогается от одного чтения иных книг».

В 1818 г. г-н Станевич составил книгу «Беседа на гробе младенца о бессмертии души, тогда токмо утешительном, когда истина оного утверждается на точном учении веры и Церкви». Книга эта довольно резко обличала лжеумствования так называемого «духовного христианства», распространявшиеся чрез повременные издания и переводные сочинения (Эккарстгаузена, Юнг-Штиллинга, г-жи Гюйон и др.). Ревнуя о чистоте веры, архимандрит Иннокентий, которому пришлось в качестве цензора просматривать эту книгу, не задумался пропустить ее, как вполне согласную со взглядом православной Церкви.

Архимандрит Филарет (впоследствии митрополит Московский) еще раньше советовал Иннокентию быть осторожнее в своем неодобрении так называемого «духовного христианства». «Нам, двум архимандритам, – говорил он, – не спасти Церковь, если в чем есть погрешности, а лучше обращаться к митрополиту, которого голос имеет более силы, нежели наши оба». Но Иннокентий держался того мнения, что должно поступать прямо, не заботясь, увенчается ли исполнение дела успехом.

«Не говорить, – так писал он потом, – правды тому, кому должно, – значит из страха робеть или из человекоугодия по-видимому терпеть: не говорить, потому что не видишь успеха. Успех не наше дело, а Господне; наше дело свидетельствовать потому во славу Господню».

Книга была издана и вызвала негодование и месть князя Голицына, и раньше весьма хорошо знавшего несочувственное отношение Иннокентия к так называемому «духовному христианству».

Автор книги, бедный, беззащитный человек, был выслан из Петербурга; на книгу наложен высочайший запрет (6 января 1819 г.) «с тем, чтобы сделан был строжайший выговор за неосмотрительность по пропуску сочинения, стремящегося истребить дух внутреннего учения христианского. Автор к суждению о бессмертии души привязал защищение нашей грекороссийской Церкви, тогда как никто на нее не нападает. Книга сия совершенно противна началам, руководствующим христианское наше правительство по гражданской и духовной части».

Было ясно, что и Иннокентию недолго придется оставаться в Петербурге.

Через шесть лет на имя министра народного просвещения – истинно русского человека – А. Н. Шишкова последовал указ, где сказано: «Многие, к вере относящиеся книги, часто содержащие ложные и соблазнительные о Священном Писании толкования, печатались в частных типографиях без всякого Синодского рассмотрения, и, напротив, книги, в духе нашей православной веры написанные, подвергались строгому запрещению. Таким образом, и книга под названием «Беседа на гробе младенца о бессмертии души» была запрещена и отобрана. Потому, вышеозначенную книгу, запрещенную, ныне митрополитом рассмотренную и одобренную, повелеваем дозволить печатать и продавать». Так разрешилось это грустное недоразумение, вызванное ложной ревностью.

Чувства Иннокентия во время воздвигнутого на него гонения можно видеть из писем его к одному преданному ему лицу: «Приятно, – пишет он 7 января, – приятно слышать обвинения в том, к чему отнюдь не причастен и в чем успокаивает совесть». От 8 января: «Выговора еще не слышу, тем более слабеет слабая душа моя. Видясь с князем во дворце в Крещение, заметил я, что он глубоко оскорблен. Но – между нами сказать – молился я за него во время приношения Господу бескровной Жертвы, и, не знаю отчего, с умилением сердечным, слезным – так Бог послал, – и смягчилось сердце… Если между мною и князем А.Н. не будет мира, то трудно мне являться в собрание к нему и ему трудно будет терпеть меня. Таким образом, я, как сор петербургский, как умет духовный, должен быть выброшен из Петербурга. Если и то угодно Господу, то, верно, к пользе общей, других и моей… Жаль, очень жаль, что бедный сочинитель, коего сочинение мною пропущено, в 24 часа выслан из города. Этому и я, безрассудный грешный, причиной. Если бы не пропускал его книги, он был бы в своем месте, при должности и в покое».

Архимандрит Иннокентий был назначен на Оренбургскую кафедру и 2 марта рукоположен во епископа в Казанском соборе. При посвящении лицо его сияло духовной радостью.

Вечером в келлии своей он сказал пришедшему к нему иноку: «Я раб недостойный, а почтен святейшим саном!» – и воспел благодарственную песнь Владычице: «Совет превечный!» Потом: «Се жених грядет в полунощи». Глаза его были полны радостных слез. Наконец, он в восторге запел: «Чертог Твой вижду, Спасе мой!»

Между тем здоровье Иннокентия все ухудшалось. «Мой путь до Москвы недалек, – писал он, – а смерть еще ближе. Когда придет, неизвестно, а известно, что нечаянно».

22 марта, по предстательству митрополита у Государя, во внимание к слабому от природы здоровью, изнуренному учеными и служебными занятиями, Иннокентий был перемещен на кафедру Пензенскую и Саратовскую и ему предложено спешить в Москву, где ему предписывалось, за смертью московского архиепископа, рукоположить одного епископа.

В день отъезда проститься к преосвященному Иннокентию собралось много народа; ученикам своим он дал каждому по проповеди своей, говоря: «Я дарю вам это в память меня и для того, чтобы по времени, сличая свои труды с моими, могли сказать: вот как слабо прежде писали. Я вас любил и желал осчастливить вас. Но теперь я разлучаюсь с вами, поручая вас Богу. Учитесь терпению».