Практически сразу после освобождения Москвы от польского гарнизона началось восстановление системы приказов Московского государства. Документы старого приказного делопроизводства находились в крайнем беспорядке, а не собрав и не систематизировав их вновь, запустить работу центральных государственных учреждений было едва ли возможно. Составители Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года едва ли смогли бы кодифицировать законодательные новеллы со времени Ивана IV в единый памятник, если бы из Разрядного приказа им не прислали тетради с необходимыми указами.

В то же время вскоре после освобождения столицы Вторым ополчением создается особое ведомство во главе с кн. Федором Волконским, под руководством которого находились дьяки Пешек Жуков и Яков Демидов, а также большое количество подьячих, обеспечивавших громадное делопроизводство. Это учреждение экстраординарного характера, действовавшее в конце 1612 – начале 1613 г., то есть еще до избрания Михаила Романова на царство, разбирало «многие дела судные, и разбойные и татиные, и холопьи, и всякие земьские дела» и сосредоточило в своих руках огромную власть, выполняя функции судебных приказов и функции Разбойного приказа в том числе.

Довольно остро после Смуты, особенно в 1613–1618 гг., в Разбойном приказе стоял кадровый вопрос. Почти все дьяки служили здесь лишь около года. Большое значение для деятельности учреждения в этот период имела работа дьяка Т. Г. Корсакова, начавшего свою службу еще с середины 1590-х гг., и подьячего Н. В. Постникова над составлением новой редакции Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года. Она предназначалась для собственного пользования в приказе, а не для распространения среди губных старост и других агентов. Редакторы скомпоновали Указную книгу как черновой материал для дальнейшей законодательной работы. Несмотря на такой ее неофициальный характер, Указная книга получила распространение на местах уже с начала 1620-х гг. Это свидетельствует о том, насколько сильно приказные люди в провинции нуждались в подобном кодексе.

Осенью 1617 г. с походом на Москву выступил королевич Владислав, добиваясь обещанного ему в 1610 г. престола. В очередной раз сумятица военного времени была на руку ворам и разбойникам, да так, что зачастую население не могло понять, с кем оно имело дело: с литовцами, черкасами, русскими предателями или с обыкновенными преступниками.

Уже после заключения Деулинского перемирия в декабре 1618 г. воеводы, губные старосты и приказные люди многократно писали в Разбойный и другие приказы о том, что истцы требуют приставов, чтобы изъять поличное у тех, кто ограбил их во время войны, но дать приставов без указа из Москвы местные власти не решались. В результате 10 июля 1619 г. был вынесен приговор Боярской думы, запретивший расследование краж и разбоев, совершенных во время похода Владислава в 1617–1618 гг., «потому что война была о ту пору, а не розбой». Гарантировалась и неприкосновенность имущества, взятого во время боевых действий или найденного где-либо на дороге, но лишь в том случае, если оно было записано в специальные книги на местах. Если же подобная запись отсутствовала, то имущество отписывали на государя, однако и тогда ответчик не преследовался по закону.

Амнистия, провозглашенная на собрании московских бояр, стала своеобразным послесловием к заключительному этапу Смуты, завершившемуся принятием Деулинского перемирия в декабре 1618 г. Что же до выработанных на исходе Смуты методов восстановления деятельности Разбойного приказа и его агентов на местах, то они активно использовались и позднее во время царствования Михаила Федоровича, а со временем даже стали частью административной рутины, получив дальнейшее развитие во второй половине XVII в.

Первые годы после завершения Смуты стали началом нового этапа в истории Разбойного приказа, ознаменовавшегося не только возобновлением деятельности этого учреждения, но и созданием новой редакции Указной книги Разбойного приказа 1616/17 года.

Немаловажным событием стало назначение в 1621 году на пост судьи этого приказа героя Смуты, боярина кн. Д. М. Пожарского. К этому времени Пожарский уже был главой Ямского приказа и, таким образом, совмещал обе важные должности вплоть до 1628 г. До нас дошло немного сведений о его руководстве Ямским приказом: известен принятый Д. М. Пожарским и А. Подлесовым приговор 1620/21 года, возможно, он также имел отношение к двум царским указам 1627 г. о количестве ямских подвод.

Гораздо лучше мы можем представить себе его деятельность во главе Разбойного приказа. Благодаря докладам, сделанным кн. Д. М. Пожарским (что само по себе говорит о проявленной им инициативе) на заседаниях царя и Боярской думы, были приняты 4 законодательных акта, занесенных в Указную книгу приказа.

«Деятельность Пожарского в этом ведомстве (Разбойном приказе – А. В.) отразилась в народном сознании», – так писал историк Ю. М. Эскин, ссылаясь на одну из здравниц, произнесенных комарицким крестьянином в 1624 г., которая сохранилась в материалах «слова и дела»: «Дай господи <…> государь здоров был, а нынче де смиряет воров боярин князь Дмитрий Михайлович Пожарской». Все эти факты довольно красноречиво говорят о той оценке, которую русское общество дало административной деятельности Пожарского.

Известно, что Смута ослабила власть как центрального правительства, так и местных учреждений (впрочем, для последних – в меньшей степени), а равно и степень взаимодействия между ними. В это же время отмечался доставшийся от кризисной эпохи всплеск преступности. Местные органы власти не справлялись с ней, поэтому из Разбойного приказа в течение почти 20 лет после избрания Михаила Романова в помощь посылались сыщики.

Однако экстраординарные средства, становясь массовыми, по определению теряют свою эффективность. Это вынудило правительство принять меры по восстановлению эффективности губных изб.