Перед войной с благословения Болховитинова Исаев и Березняк начали разработку ракетного истребителя «БИ», была запущена опытная серия, но потом сроки сдачи самолета «поплыли». В августе — сентябре 41-го по просьбе С. А. Лавочкина Мишина откомандировали в соседнее КБ, где он возглавил бригаду по перевооружению истребителей «ЛАГ-3». За эту работу он получил орден Красной Звезды.

Война, работа на заводе в Билимбе, первые летные испытания «БИ-1», гибель Бахчиванджи, спецкомандировка в Дембицы — местечко под Варшавой, где располагался учебно-испытательный полигон немецких «Фау-2»… Первая группа специалистов к месту назначения не прибыла: самолет потерпел катастрофу в районе Киева. Мишин был включен в эту группу, но перед самым вылетом его заменили Бровковым. Судьба? Как знать.

При очередной встрече Королев предложил Мишину перейти к нему. Тот отказался, сославшись на то, что в Москве у него семья и интересная работа, которую надо закончить. Вскоре «упрямый Эс-Пэ» предпринял вторую попытку, теперь уже с нажимом. Они долго говорили о проблемах ракетостроения, сходясь в оценках работ Вернера фон Брауна, да и в своем видении того, что должно было стать лучше и надежнее «фау». Решив для себя, что именно Мишин ему нужен, Королев, наверное, отмерил не семь, а все семьдесят семь раз: ведь недавний зэк вознамерился работать в сверхсекретной области с сыном «врага народа» — отец Мишина тогда сидел.

— За что? — после долгих раздумий спросил Королев.

— За то, что слушал анекдоты, но не донес.

— Кем он был? — насторожился Королев и, услышав: «Слесарем на торфоразработках», перевел разговор на другую тему.

В Германии Мишин сначала занялся, как говорили, «железками», однако несколько ящиков с обломками узлов и деталей «фау» мало что дали для полного представления о гитлеровском секретном оружии. Тогда он занялся «теоретическими вопросами ракетной техники и автоматически управляемой высотной ракетой на базе двигательной установки самолета «БИ», одновременно читал спецкурс в «Жуковке». Вскоре в Наркомат авиационной промышленности был представлен отчет с предложением создать на базе «Фау-2» собственную ракету большей дальности. В ответ на документе появилась резолюция А. И. Шахурина и П. В. Дементьева: «Вне компетенции Наркомата».

Об этом узнал Королев, и такую возможность заполучить к себе Мишина он не упустил.

Многие полагают, что стать главным ракетным конструктором Королеву было предначертано после освобождения из «шарашки». Это не так.

13 мая 1946 года решением правительства с грифом «Особой важности» было определено создание нового тогда направления оборонной промышленности — ракетостроения. 16 мая был подписан приказ министра вооружения Д. Ф. Устинова о формировании на базе артиллерийского завода № 88 в городе Калининграде НИИ-88 — головного предприятия по созданию управляемых ракет на жидком топливе. Директором НИИ был назначен известный организатор артиллерийской промышленности в годы войны генерал Л. Р. Гонор, главным инженером — один из создателей «катюши» профессор Ю. А. Победоносцев. В мае 1946 года в Германию приехала комиссия во главе с маршалом артиллерии Н. Д. Яковлевым. Входил в нее и Д. Ф. Устинов, назначенный Сталиным руководителем ракетостроения. У него был свой фаворит — конструктор С. Синельников, разрабатывавший позднее зенитную ракету на базе немецкой «Вассерфаль». Да и могла ли идти речь о недавнем зэке Королеве? Два человека «сломали» эти сомнения — генерал Л. М. Гайдуков и профессор Ю. А. Победоносцев, знавший Королева по ГИРДу и РНИИ. Однако окончательное решение о кандидатуре Королева было принято лишь в августе.

Комиссия из Москвы осталась довольна тем, что удалось сделать «командированным» в Германию, и приняла ряд организационных мер. Среди них — решение о формировании из офицеров-фронтовиков бригады особого назначения (БОН), которой предстояло освоить все эксплуатационные премудрости «Фау-2». Командиром БОН был назначен генерал-майор А. Ф. Тверецкий. В Москву были отправлены эшелоны с производственным оборудованием, а также два спецсостава, состоявших из вагонов с чертежными залами, вычислительной техникой, оборудованием для технологического цикла сборки и подготовки ракет к пуску. Предстояло определиться и с местом проведения испытаний.

Главное же, нужен был человек, имевший глубокие знания в области ракетостроения. И не только теоретические. Человек, изучивший все материалы о фашистском «оружии возмездия», знакомый с проблемами, связанными с производством и применением этого вида оружия, видящий перспективу развития военного ракетостроения. Речь шла о назначении на новую должность — главного конструктора управляемых баллистических ракет дальнего действия. Претендентов было несколько. Так виделось руководству. Но по большому счету среди этих нескольких наиболее подходящим был инженер Сергей Павлович Королев.

Приказ о назначении Королева главным конструктором управляемых баллистических ракет дальнего действия и начальником 3-го отдела специального КБ, входившего в состав НИИ-88, был подписан Гонором 9 августа.

Структура конструкторского бюро Королева в тот начальный период была такой: 60 инженеров, 55 техников, 25 практиков, 580 квадратных метров производственных площадей. Но не это было главным. Назначение на столь ответственную должность Королев воспринял сдержанно. После внутренней ломки это было как бы возвращением к повседневности, к той работе, которую он любил и в которой знал толк.

Долгие месяцы пребывания в Германии позволили увиденное осмыслить и оценить. Он отдавал должное разработкам Доренбергера Брауна, однако опыт, который был накоплен к тому времени, и знания подсказывали ему иной путь. Королеву представлялась несовершенной сама конструктивно-компоновочная схема ракеты. Стальная каркасная конструкция корпуса, подвесные баки, неотделяющаяся головная часть — все это было далеко не самым лучшим вариантом, если не сказать больше. Недостаточно точной и надежной была система управления. Разбирая подетально все узлы и механизмы и продумывая их назначение, Королев приходил к выводу, что многие из систем, агрегатов и узлов неоправданно усложнены.