После начала реализации советско-латвийского договора, Военный совет КБФ 8 октября 1939 года принял решение иметь в Лиепае крупную группировку кораблей. 22 октября в Лиепаю пришли крейсер «Киров», эсминцы «Сметливый» и «Стремительный». 24 октября туда же прибыл эсминец «Стерегущий». В октябре в Лиепае был развернут пост СНиС.

Управление Либавской военно-морской базы (ЛибВМБ) было сформировано с 21 октября 1939 года. Командиру и военкому подчинялись все части, базировавшиеся в Лиепае и Вентспилсе. Район ответственности базы был установлен от Лиепаи и далее на север до Михайловского маяка включительно. Первым командиром базы стал капитан 1 ранга Мергин. Согласно порядку старшинства, установленного приказом командующего КБФ № 0407 от 16 августа 1940 года, командир ЛибВМБ был вторым по очереди после командира эскадры, командир ОЛС (отряд легких сил) был третьим.[15] До 4 февраля 1940 года командование ЛибВМБ подчинялось заместителю командующего КБФ в Таллине, а затем Военному Совету КБФ. Командиру базы во всех отношениях подчинялись:

— артиллерийские дивизионы и батареи береговой обороны (БО),

— инженерные, саперные, железнодорожные и стрелковые части,

— части связи, — авиазенитные средства,

— охрана рейдов базы,

— тыловые органы (склады, мастерские, санитарно-лечебные),

— политико-просветительские учреждения (дом ВМФ, клубы).

В оперативном отношении командиру базы подчинялись районы и участки СНиС, временно базирующиеся на базу корабли. Для усиления обороны базы ее командиру по решению Военного совета КБФ могли придаваться соединения торпедных катеров и подводных лодок.

Народным комиссаром ВМФ 11 ноября 1939 г. было утверждено «Временное положение о командире военно-морской базы в Лиепае»[16]. Согласно положения, на командира базы были возложены следующие задачи:

— оборона района базы и подступов к ней от морского и сухопутного противника,

— противовоздушная оборона базы,

— охрана рейдов и гавани базы,

— материально-техническое обеспечение и ремонт базирующихся кораблей и средств береговой обороны,

— обеспечение постоянной боевой готовности базирующихся частей и кораблей,

— руководство мобилизационной работой частей и учреждений и составление общего мобилизационного плана базы,

— расквартирование береговых частей и учреждений в пределах базы, разработка диспозиции стоянок кораблей в базе,

— организация повседневной, дежурной и караульной службы в базе,

— обеспечение пожарной безопасности базы,

— организация санитарно-профилактического и лечебно-эвакуационного обеспечения базы.

В подчинении командира базы находились: помощник по артиллерии (начальник артиллерии базы); начальник ПВО; плавучие средства; командир порта с подчиненными ему складами; санитарная служба; квартирно-эксплуатационная часть; финансовое отделение; комендатура базы. Штаб ВМБ имел в своем составе отделения: оперативно-боевой подготовки, организационно-мобилизационное, шифровально-штабной службы; и части: распорядительно-строевую и административно-хозяйственную. В порту находились склады ВМБ: продовольственный, вещевой, шкиперский, топливный и автотранспортный. Все части и учреждения РККФ, не входящие в состав базы, но расположенные на ее территории, подчинялись командиру базы в порядке гарнизонной службы. В течении осени 1939 года — зимы и весны 1940 года в состав ЛибВМБ включались части и подразделения флота. С конца октября 1939 г. началось перебазирование в Лиепаю 43-й морской ближне-разведывательной авиационной эскадрильи. Личный состав эскадрильи 29 октября на автомашинах и по железной дороге был переброшен из Горавалдай в Ленинград. 13 самолетов МБР-2 (в двадцатых числах декабря было доставлено еще два МБР-2) в разобранном виде, автомобили, боезапас, все виды снабжения были погружены натранспорт «Луга». 30 октября под охраной эсминца «Энгельс» он вышел в Лиепаю. Летный состав 15 декабря поездом прибыл в Лиепаю. С 15 по 23 декабря проводилась сборка самолетов. Так как гидроаэродром в аванпорте замерз, пользоваться им было невозможно, самолеты были поставлены на шасси и находились на городском аэродроме, переданном враспоряжение ВВС ПрибОВО.[17] С января 1940 года эскадрилья стала именоваться — 43-я отдельная авиационная эскадрилья.[18] С 16 ноября 1939 г. начал подготовку кперебазированию в Лиепаю 3-й отряд 3-го дивизиона торпедных катеров. С 16 по 19 ноября на транспорт «Волголес» в Ораниенбауме были погружены торпедные катера (установлены на кильблоки), боезапас, топливо (220 бочек бензина, 20 бочек спирта), прочее имущество. 24 ноября транспорт пришел в Лиепаю. К 26 ноября все катера были спущены на воду и приведены в боеготовность № 1. Отряд до ледостава нес службу по противолодочной обороне базы (радиус 40 миль от гавани), сопровождая корабли при выходе из гавани и входе туда.[19] В первой декаде января 1940 г. на базе этого отряда был сформирован отдельный отряд ТКА (торпедных катеров) в подчинении командира ЛибВМБ.[20]

Гидросамолеты МБР-2 в полете

В ноябре 1939 г. в Лиепае продолжилось наращивание военно-морских сил. Закончившие ходовые испытания подводные лодки С-4, С-5 и С-6 13-го дивизиона подводных лодок, передислоцировались в Лиепаю. Командир 1-й бригады подводных лодок капитан 1 ранга К. М. Кузнецов приказал в срочном порядке принять на лодки боезапас и всё необходимое для жизнедеятельности. Утром 29 ноября 1939 г. под флагом начальника штаба 1-й бригады ПЛ (подводных лодок) лодки вышли из Кронштадта и на следующий день прибыли в Лиепаю. Впоследствии, 15 декабря из них был сформирован 16-й дивизион ПЛ. Для обеспечения действий подводных лодок в состав 1-й бригады ПЛ была передана из состава 3-й бригады ПЛ пловучая база «Смольный». С 2 по 5 декабря на судно в Кронштадте было установлено пять 45-мм орудий (два на носу и три на корме) и загружен боезапас, топливо и все виды снабжения для обеспечения подводных лодок. Утром 10 декабря плавбаза, совместно с транспортами «Тобол» и «Луначарский», под охраной эсминца «Гордый» вышла из Таллина и на следующий день пришла в Лиепаю. При базировании в Лиепае «Смольный» обеспечивал подводные лодки 12-го, 13-го, 21-го дивизионов ПЛ, а также подводные лодки Щ-320 и Щ-324, которые из-за тяжелых ледовых условий в районе Таллина, не смогли вернуться после выполнения боевого задания на базу и 23 и 21 января, соответственно, пришли в Лиепаю. Основной трудностью в обеспечении личного состава во время военных действий было снабжение теплым обмундированием. Приходилось отбирать теплые вещи у личного состава ремонтируемых лодок.[21]

Также в ноябре 1939 г. в состав ЛибВМ Б прибыл сформированный на Черноморском флоте 84-й отдельный зенитно-артиллерийский дивизион (озадн), в составе 841-й, 842-й и 843-й зенитных батарей. В январе 1940 г. для 84-го озадн в Лиепае была сформирована пулеметная рота.[22] В ноябре 1939 г. в Лиепае на временных основаниях были установлены орудия прибывшей с Черноморского флота 23-й береговой батареи.[23]

Наблюдательный пункт 843-го озадн (так написано на мемориальной доске), на самом деле это была 843-я зенитная батарея в составе 84-го озадн

С 30 ноября 1939 г. части КБФ, в т о м числе идислоцировавшиеся в Лиепае, принимали участие в советско-финляндской войне. В частности, эсминцы 1-го и, в дальнейшем, 2-го дивизиона конвоировали караваны судов при переходе из Таллина в Лиепаю и принимали участие в обстреле береговых батарей финнов в Финском заливе. Для обороны базы зимой в ходе войны, а также из-за ледостава в первой половине января 1940 г. был создан план зимней обороны. На его основании весь личный состав гарнизона Лиепаи, способный вести боевые действия на сухопутном фронте, был разбит на четыре сводных стрелковых батальона. В составе 1-го батальона были: стрелковый батальон, артиллерийская батарея и танковая рота 67-й сд 2-го особого стрелкового корпуса (ОСК). Он занимал оборону у военного канала для обороны канала с севера и востока. Во 2-й батальон входили команды: флотского полуэкипажа с приданным пулеметным взводом от базовых тральщиков, 3-го отряда ТКА и канонерской лодки «Красное Знамя», артиллерийской батареи и взвода танков 2-го ОСК. Он предназначался для контратаки в направлении Зимней гавани. 3-й батальон состоял изкоманд, выделяемых с кораблей ОЛС и 1-й бригады ПЛ. Он оборонял разводной мост в западной части военного канала («Воздушный мост») и был в готовности захватить завод «Тосмаре». 4-му батальону был придан взвод танков из 2-го ОСК. Этот батальон сосредотачивался в районе артиллерийских казарм в готовности поддержать 1-й и 2-й батальоны. Последние три батальона представляли собой маневренные группы с определенными задачами. Экипажи кораблей осуществляли оборону стоянок своих кораблей.[24]

В декабре 1939 г. в Лиепаю из Таллина был передислоцирован 13-й дн ПЛ в составе подводных лодок С-1, С-2, С-3, соответственно, 2, 6 и 8 декабря. 13 декабря в Лиепаю пришла подводная лодка Л-1 12-го дивизиона ПЛ. 12 декабря в Лиепаю пришли подводные лодки Щ-309 и Щ-311, а 18 декабря — Щ-310. Они входили в состав 2-й бригады ПЛ, но были переданы в распоряжение командира 1-й бригады ПЛ. 27 декабря под конвоем эсминца «Грозящий» и базовых тральщиков «Крамбол» и «Шкив» в Лиепаю вышло из Таллина спасательное судно «Коммуна» и пришло на следующий день в порт назначения.