Федор немало поломал себе голову, раздумывая над причинами непорядков. Выходило, что коренились они прежде всего в застарелой привычке к бесконтрольности и безнаказанности главных затейщиков. Под стать Сиверсу были и другие высшие коллежские чины. Проверяя штаты, Федор удивлялся, как много лишних людей толпилось в коллежских палатах. Каждый вроде что-то делал, а дело стояло. При этом должностные назначения вовсе не соответствовали адмиралтейскому регламенту, а зависели от протекции, от родства, а то и от взяток... Из-за непорядков в денежных поступлениях от воевод и ратуш в коллегии образовались значительные недоимочные суммы. Отчетные ведомости составлялись неверно. Сведения об исполнении указов в срок не представлялись, и делопроизводительство находилось в самом плачевном состоянии. Соймонов и не представлял себе раньше, каким важным делом является отлаженный и четко работающий административный, канцелярский аппарат. Стоит ему разладиться, и самые благие начинания безнадежно застревают на полдороге от решения к исполнению...

Начал он с того, что не могло ни у кого вызвать даже тени возражений, — с упорядочения денежной отчетности и с сокращения недоимок. С этим оказался связан раздутый штат коллегии, и прокурор выступил на заседании с предложением сократить количество секретарей, обретающихся сверх регламента, и уменьшить количество гардемаринов во флоте. В том числе он предложил отправить наконец в подлинную морскую «многотрудную» службу, в хорошо знакомую ему Астрахань, назначенных туда адъютанта Сиверса — молодого лейтенанта Эссена и трех бравых мичманов, слишком долго обретавшихся в «паркетном плавании» по петербургским прихожим. Эти его предложения вызвали целую бурю среди покровителей бездельников. Но прокурор был слишком очевидно прав и выполнял решения, которые были подписаны самими «покровителями»... Уже вскоре после этой первой стычки в коллегии заговорили о том, что новый прокурор, похоже, был далеко не так прост, каким казался сначала.

Тем временем с началом новой навигации пришли в Петербург очередные английские суда с ньюкастельским углем по торговым договорам, заключенным самим господином адмиралом Сиверсом от имени казны. Пригласив с собою обер-комиссара подрядной конторы Иова Микулина и взяв еще комиссара и канцеляриста из контролорской конторы, Соймонов решил лично осмотреть привезенный товар. В трюмах, равно как и в амбарах, где хранился английский уголь еще от прошлых привозов, комиссия обнаружила один «угольный сор», неочищенную мелочь с пылью, которая по указанию адмирала Сиверса принималась по цене значительно превышавшей стоимость отборного отечественного угля. На возражения Соймонова против такового «разорения казенных интересов» гордый Сиверс лишь отмахнулся, заявив, что-де и «самая распоследняя аглинская угольная пыль и сор лутче первейшаго российскаго антрациту», и намекнул не в меру ретивому прокурору, что ему бы не стоило вмешиваться в те дела, которые утверждены лично им — вице-президентом, исполняющим должность президента коллегии. Адмирал не знал, да и не интересовался характером соймоновским, а зря... Для разрешения сего спора Федор Иванович велел «учинить пробу аглинскому углю» и сравнить оный по качеству и цене с русским.

У прокуроров, согласно регламенту, утвержденному еще царем Петром, были довольно широкие права, о которых старались «не помнить» должностные лица как в Сенате, так и в коллегиях. Возможно, что забывали о них за неприменимостью и сами прокуроры. Но Федор Соймонов перед заступлением на должность внимательнейшим образом изучил все инструкции и, зная о своих обязанностях, не собирался упускать и свои права. А заключались они в том, что, по прокурорским представлениям, невзирая на чины и ранги, могли быть привлечены к ответственности за упущения все чиновники, вплоть до вице-президента. Президент коллегии был прокурору не подотчетен...

И вот на одном из заседаний, во вторник, когда, согласно регламенту, слушались дела комиссариатские и экипажные (в четверг шли строительные и провиантские дела, а в субботу — прошения и счетные дела), Соймонов публично зачитал протокол с результатами учиненных проб. Он объявил, что властью, данной ему по присяжной должности, отменяет указ адмирала Сиверса о покупке угля для казенных нужд у английских негоциантов. Спор вышел громкий, какого давно не было. Адмирал и вице-президент в такую запальчивость впал, что, «вскочив с места своего, шляпу схватил и вон пошел»...

А в феврале по сенатскому указу Сиверс был отставлен от службы и назначена комиссия для рассмотрения дел адмирала в бытность его «при Кронштадском канале». Одновременно отставлены были от своих должностей и дети Сиверсовы. В состав комиссии под началом генерал-майора князя Шаховского вошли флота капитаны Соймонов и Андрей Хрущов.

Осенью 1732 года Сенат утвердил образование новой Воинской морской комиссии, призванной «для рассмотрения и приведения в добрый и надежный порядок флота, адмиралтейства и всего, что к тому принадлежит». Председателем комиссии был назначен Остерман, возглавлявший одновременно Коллегию иностранных дел и являвшийся наиболее авторитетным лицом в Кабинете. Вместе с ним в комиссию вошли хорошо знакомые Соймонову вице-адмирал Сенявин и контр-адмирал Дмитриев-Мамонов, да еще вице-адмирал Бредаль и контр-адмирал Головин.

В то время в верхах еще ходили волны перемен. Наум Акимович Сенявин и Василий Александрович Дмитриев-Мамонов «по приятельству» много говорили с Федором Ивановичем Соймоновым о возможностях реорганизации Адмиралтейской коллегии. Нужно было во что бы то ни стало упростить многосложный и громоздкий административный механизм, порождавший по самой природе своей неудобство в управлении флотом и беспорядки в его обширном хозяйстве. Однако такая реорганизация — дело не простое. В истории немало примеров, когда придуманные даже из лучших побуждений административные учреждения оказывались на самом деле тормозом общественного развития.

Наконец, к началу осени на основе предложений, высказанных Сенявиным и Дмитриевым-Мамоновым, Сенат одобрил разделение всего морского управления на две части. В первую должен был войти личный состав флотских служителей, во вторую же — все хозяйственное управление. При этом кригс-комиссарская, казначейская, цалмейстерская, провиантская и контролорская конторы были слиты в одно ведомство, образовали комиссариат и были отданы в подчинение генерал-кригс-комиссару. Обер-сарваерская контора объединена с вальдмейстерской, и, кроме того, учреждены еще три конторы: экипажная, артиллерийская и контора, ведающая фабриками и заводами. Начальники этих контор — генерал-кригс-комиссар, — генерал-директор над экипажем, обер-цейхмейстер и два советника, управляющие фабриками и заводами, во главе с президентом составили собственно коллегию, став ее единственными членами. На должность президента в 1733 году был назначен высочайшим указом граф Николай Федорович Головин, получивший по сему поводу чин полного адмирала. Новый президент вернулся из Стокгольма, где его на посту чрезвычайного посланника сменил Михаил Петрович Бестужев, и с большим азартом принялся за коллежские дела.