"Желтому крестовому походу" придавалось значение особое. Мункэ-хан озаботился тем, чтобы приобрести союзников. Вместе с монголами выступал царь Малой Армении Гетум I. При заключении договора Мункэ торжественно поклялся, что в случае победы крестится со всем своим народом. Нет сомнений, что хан сдержал бы это слово: слишком лакомой добычей представлялись богатейшие мусульманские страны, чтобы отказываться от союзнических обязательств. К участию в походе Гетум I привлек ещё правителя созданного "крестоносцами" Антиохийского княжества, князя Боэмунда. Чтобы скрепить союз, армянский царь выдал свою дочь замуж за этого антиохийского князя.

Поход Хулагу начался триумфально. В 1258 году монголы взяли Багдад. Хан, по просьбе своей жены-несторианки, подарил дворец халифа несторианскому католикосу. Тот не долго думая вселился в апартаменты своего недавнего благодетеля. Католикос благословил Хулагу на "священную войну". В следующем году монголы окончили завоевание Месопотамии, покорили Сирию, войска Хулагу стояли уже у стен крепости Газа. Во всех городах, оказавших сопротивление, фанатичные несториане Кит-Буки первым делом жгли мечети. Местных несториан не только не грабили, но даже делились с ними военной добычей. Последней опорой мусульманского мира, последним мусульманским государством оставался Египет. Если бы Хулагу удалось одержать верх над Египтом, мусульмане повсюду оказались бы под властью несториан. Казалось, Ислам вот-вот падет, уступив место несторианской монгольской империи.

"Желтый крестовый поход" был несравненно опаснее и для мусульманской, и для православной веры на Востоке, чем остановленное сельджуками вторжение латинских "крестоносцев". Западные рыцари были явными оккупантами, их властвование не могло продолжаться долго и даже в марионеточных латинских "империях" и "княжествах" как мусульмане, так и православные сохраняли свои веру. А степняки, монголо-тюркское воинство Орды на Востоке было "своим"; к тому же ордынцы несравненно превосходили западных "крестоносцев" по боевым качествам, пощады же от монгольских несториан представителям иных религий и конфессий ждать не приходилось.

Великий хан Мункэ уже не сомневался в успехе "желтого крестового похода", а вот медлительность действий Хубилая в Китае его раздражала. Мункэ сам отправился в Китай, где принял на себя командование монгольскими войсками. В 1259 году он умер во время осады одной из китайских крепостей. В том же году (до или после смерти Мункэ - неизвестно) в Самарканде произошел очередной конфликт между несторианами и мусульманами. Очевидец, самаркандский мусульманин Ашраф-ад-Дин, рассказывал об этом так: "Молодой христианин (несторианин) в Самарканде принял Ислам, и самаркандские мусульмане осыпали его благодеяниями. Христиане пожаловались монгольскому начальнику на то, что мусульмане совращают в свою веру их детей. Начальник хотел заставить новообращенного юношу отказаться от Ислама, но юноша остался тверд и за это поплатился жизнью. Мусульмане обратились с жалобой к хану Берке, мусульманину. Берке велел убить всех христиан, участвовавших в этом деле. Они были перебиты в своей церкви, которая подверглась разрушению".

Существует иная, несторианская версия относительно происшедшей в Самарканде резни несториан. По этой версии, наместником города был монгол, женатый на несторианке. С её помощью несторианские миссионеры проникли ко двору, им удалось окрестить какого-то крупного военачальника. Мусульмане возмутились и донесли хану Берке: дескать, "христианство проповедует всепрощение и любовь к врагам, и если все полководцы окрестятся, то некому будет воевать". Невероятно, чтобы такой довод мог подействовать на хана. Несторианами были очень многие монгольские военачальники, и религия никак не отражалась на их боевых качествах. Даже несторианские священники порой с оружием в руках участвовали в битвах. Не знать этого хан не мог. После доноса хан будто бы устроил избиение несториан. Оставшихся вместе с митрополитом изгнали из Самарканда, и они поселились в окрестностях города за арыком Даргом. Версия эта невероятна в целом ещё и потому, что хан Берке правил Золотой Ордой, а отнюдь не в Самарканде, и до полководцев Чагатайского улуса ему не было никакого дела. Мусульманин Берке послал карательный отряд в чужие владения явно в отместку за какую-то обиду исламской вере. По-видимому, в несторианском источнике спутана хронология и рассказано о каком-то гонении, происшедшем не при Берке, а в более позднее время. Но рассказ этот очень показателен для характеристики миссионерских методов несториан: политиканства и стремления действовать через женщин.

Направляя войско на подавление самаркандских несториан, хан Берке выходил за границы своего удела и открыто вмешивался в дела Великой Орды. Он показал себя врагом великого хана ещё перед началом "желтого крестового похода", воскликнув: "Мы возвели Мункэ-хана на престол, а чем он воздает нам за это? Тем, что отплачивает нам злом против наших друзей, нарушает наши договора, домогается владений халифа, нашего союзника. В этом есть нечто гнусное!" Берке тайно готовился к заключению союза с Египтом. Султаны Египта Куттуз и его преемник Бейбарс по национальности были половцы. Через своих соплеменников - половцев, которых в Золотой Орде было много, они завязали сношения со своим единоверцем - мусульманином Берке, склоняя хана на свою сторону. Самаркандский инцидент должен был ускорить назревавшее столкновение Золотой Орды с Великой. Смерть Мункэ стала тем рубежом, после которого вспыхнули и эта, и другие монгольские междоусобицы.

Золотоордынский хан Берке был ревностный мусульманин и в то же время превосходно разбирался в различиях между христианскими конфессиями. Направив карательную экспедицию против самаркандских несториан, Берке в том же году озаботился созданием православной епархии в собственной столице Сарае. Это был не просто жест в сторону Православной Руси, входившей в состав Золотой Орды. Разрывая отношения с великим ханом, Берке не желал, чтобы его воины-ордынцы сохраняли религиозные связи с несторианскими митрополичьими центрами. Берке просто приказал несторианам из своего окружения перейти под окормление русских православных священников, заявив: "Веру Исы (христианство) нужно держать так, как русы, а не так, как эти чагатайские собаки (то есть самаркандские несториане)". Берке издал ярлык (указ), по которому любому ордынцу за оскорбление православной веры и православного духовенства грозила смертная казнь. Этот указ впоследствии неизменно подтверждали все ханы Золотой Орды вплоть до самозванца Мамая. Л. Н. Гумилев по поводу позиции Берке замечает: "Друг халифа и враг несториан искал опоры в Православной Церкви и на Руси".

При известии о смерти Мункэ-хана Хулагу немедленно отправился в Кара-Корум: курултай с выборами нового великого хана требовал его личного присутствия. С собой Хулагу увел главные монгольские силы, оставив своему полководцу Кит-Буке для борьбы с Египтом только двадцатитысячное войско.

Арабы к тому времени уже разучились воевать; армия Египта была тюркская. Она комплектовалась из мамлюков: "государственных рабов" - на невольничьих базарах египтяне скупали у монголов их военнопленных и ставили на свою воинскую службу. В 1250 году мамлюки совершили в Египте государственный переворот и начали избирать султанов из своей среды. Первым мамлюкским султаном был туркмен Айбек, затем во главе Египта встали половцы Куттуз и Бейбарс. Тюрки-мамлюки были такими же степняками, как монголы, и их армия ничуть не уступала монгольской по воинским качествам. После отхода Хулагу получив численный перевес, султан Куттуз наголову разгромил монголов в битве при Айн-Джалуде. На стороне Египта выступило и присланное Берке из Золотой Орды вспомогательное войско, в составе которого была русская дружина. Так в этой "битве за спасение Ислама" против несториан плечом к плечу с мусульманами сражались и православные русичи. Монгольский полководец, "надежда несториан" Кит-Бука попал в плен и был казнен. Затем мамлюки перешли в наступление, отвоевали Сирию и Ирак. Мстя за обиды, причиненные монгольскими несторианами, мусульмане этих стран начали громить несторианские общины. "Желтый крестовый поход" провалился.