Мусульмане Маверроунахра и Семиречья, все крепче забирая власть в свои руки, начали третировать несториан, как прежде - язычников. В ряде мест (в том числе в Самарканде) несторианские общины были изгнаны за городские стены. Но и в таких условиях несториане не прекращали миссионерской активности. Мусульманские авторы неоднократно с возмущением упоминают о попытках их проповедников проникнуть в гаремы местных правителей. Это была традиция несториан: в Великой Орде они привыкли проводить свою политику через ханских жен-несторианок. Однако в мусульманской среде подобные попытки неизменно оборачивались разгромом несторианских общин.

В то же время в Центральной Азии усиливается деятельность римо-католических миссионеров, вступивших в соперничество с несторианами. В деятельности как несториан, так и латинян религия была смешана с политиканством. Проповедь обращалась не к народу, а к власть имущим. Иногда несторианам или римо-католикам удавалось окрестить какого-нибудь вельможу, чтобы потом через него начать распространять свое влияние. Но последствия этого оказывались плачевными для самих проповедников и для их единоверцев. И чем "оглушительнее" был успех, тем сокрушительнее оказывались его конечные результаты.

В 1326 году латинскому монаху Фоме Мангазоле удалось окрестить хана Ильчигидая. Миссионер поехал докладывать папе Иоанну ХХII о своем блистательном успехе и был отправлен обратно в сане епископа Самаркандского. Однако епископ Фома уже не застал в живых своего высокого покровителя. Ильчигидай проправил меньше полугода: против хана-католика вспыхнуло мусульманское восстание, и он был убит.

В том же 1326 году на престол Хайду вступил хан Али ад-Дин Тармаширин, объявивший Ислам государственной религией. Прямых известий о гонениях на несториан при Тармаширине в источниках нет. Но гонения были это можно понять из сообщений о том, что преемник Тармаширина хан Бузан, тоже бывший мусульманином, все же позволил несторианам восстанавливать их храмы (следовательно, прежде разрушенные). Бузан, как и Ильчигидай, правил меньше года: он был свергнут и убит собственными военачальниками.

В 1337 году ханом Семиречья стал буддист Дженкши. Столица его находилась в Алмалыке, в те времена - знаменитом, цветущем городе (ныне городище у подножия горы Талка, в Талды-Курганской области Казахстана). Дженкши радушно принимал римо-католических миссионеров. Уведомленный об этом, папа послал в Алмалык группу миссионеров во главе с епископом Ричардом Бургундцем. Местные несториане встретили пришельцев восторженно, видя в них сильных союзников. Несторианские вельможи подарили епископу Ричарду усадьбу, где тот выстроил красивый собор. Несторианам вскоре пришлось горько пожалеть о своем гостеприимстве: римо-католики вытеснили несториан из окружения Дженкши. Среди миссионеров были врачи, им удалось вылечить заболевшего хана. В награду Дженкши разрешил им окрестить своего семилетнего сына и наследника - царевич был крещен с именем Иоанн. Эта удача латинской миссии оказалась смертоносной не только для нее.

Заговор против хана Дженкши организовывала его собственная мать, фанатичная мусульманка. Она уговорила другого своего сына, Есун-Тимура, убить Дженкши и взойти на его престол. Тот поддался на её внушения, но его совесть не выдержала совершенного преступления. Братоубийца сошел с ума: в припадке безумия Есун-Тимур вырезал грудь матери, проклиная её за то, что она подстрекала пролить братнюю кровь. Сумасшедшего хана низложил Чингисид угэдейской ветви, Али-султан, человек жестокий (мусульманские авторы тоже называют его "свирепым тираном").

К дворцовым смутам прибавилось общенародное бедствие: в Семиречье начала свирепствовать чума. Али-Султан объявил, что во всех несчастьях виноваты христиане. Латинские миссионеры в Алмалыке вместе со своим епископом Ричардом погибли мучительной смертью; затем по всему Семиречью началась резня несториан. Волны мусульманского фанатизма перекатились в Маверроунахр, где захватил власть дервиш Халиль, называвший себя потомком Чингиса (в источниках, приводящих списки Чингисидов, - его имя не значится, возможно, это был самозванец). Халиль перенял у своего соперника Али-Султана лозунг "джихада" - мусульманской "священной войны" - и также приступил к истреблению несториан. Так порочные методы несторианских и латинских миссий привели к резне 1339 года, когда брат убивал брата. Несторианская Церковь в Центральной Азии была почти полностью уничтожена.

Религиозная война страшнее обычной войны. Она отличается жестокостью и беспощадностью. Думая, что поднимаются на защиту своих святынь, люди могут впасть в ослепление фанатизма - и тогда уже не способны разглядеть в своем противнике брата по человечеству. Фанатичные толпы часто не слушают ни законных правителей, ни даже религиозных наставников. Что самое ужасное - страдает множество невинных людей. А ведь в Библии сказано: "Голос крови брата твоего вопиет ко Господу от земли" (Быт.4,10). Еще более грозные слова звучат в Коране: "Кто убил душу человеческую без вины, тот как будто бы убил людей всех" (Сура 5, аят 35/32/).

Л. Н. Гумилев высказывает предположение, что "именно удар в спину, нанесенный римо-католиками, сделал несторианскую церковь на Востоке нежизнеспособной и беззащитной перед буддизмом и мусульманством, разделившими в конце ХIV века несторианское наследство". Однако это мнение далеко не бесспорно. Миссионерскую практику самих несториан, особенно в мусульманской среде, смело можно назвать самоубийственной.

К чести Туркменистана можно отметить, что здесь не было межрелигиозной бойни. Туркменские мусульмане предоставили несторианским общинам возможность угасать естественным образом, от отсутствия духовенства.