Словом, с первых десятилетий XVII в. соотношение сил Казахского ханства, раздираемого междоусобными распрями, и ойратской группировкой, объединенной в единый союз, изменилось и стало неблагоприятным для казахов.

Экспансия калмаков шла медленно и постепенно. Военные столкновения и короткие перемирия сменялись периодами подчинения части передовых калмаков власти казахских ханов и султанов. Так, в грамоте Таваккуля (ум. в 1598 г.) русскому царю казахский хан именует себя «царем казацким и калмацким». Более определенные сведения о подчинении калмаков-ойратов казахскому хану сохранились в записи беседы казахского царевича-племянника в Москве с послом Таваккул-хана Кул-Мухаммадом, датируемой январем 1594 г. Посол говорил: «Ныне дядя твой Тевкель-царевич царь учинился на Казатцкой орде, а брата своего Шахмагметя-царевича посадил на калмаках, а кочюют-де поблиску и все в соединенье».

Если принять во внимание, что основные кочевья калмаков находились в те годы на Иртыше и по оз. Зайсан, то можно предположить, что калмаки, о которых упоминает посол Таваккул-хана, составляли лишь часть ойратов, приблизившуюся в это время вплотную к землям, находившимся в сфере влияния казахских владетелей. Таковыми могли быть калмаки, обитавшие в 90-х годах XVI в. в бассейне р. Ишим, о которых сообщает Ремезовская летопись.

К началу XVII в. передовые улусы калмаков настолько продвинулись на запад, что имели возможность совершать набеги на Хорезм. Зимой 1603-04 гг., пишет Абу-л-Гази, пришло калмыцкое войско, произвело погромы среди населения, сидевшего на берегу реки от Ходжа-Куля до крепости Тук, и ушло через Бурли (местность на правом берегу Аму-Дарьи, в районе Туйе-Муюна). Предводитель хивинцев Араб-хан отправился в погоню и отнял у калмаков пленных и добычу. По словам Абу-л-Гази, это был первый набег калмаков на Хорезм.

По данным русских архивных документов, в августе 1604 г. «все колмацкие тайши и улусные люди пошли воевати с Казацкой ордой». Однако военные действия калмаков против казахов, связанные, видимо, с приходом новых групп кочевников с востока и усилением калмаков, были не совсем удачными: они встретили мощный отпор объединенных сил казахов и ногаев (мангытов). Хотя подробности военных столкновений нам неизвестны, тем не менее сохранились достоверные известия о том, что казахи «разорили и повоевали калмаков и жен их и детей и животы поймали, а их с юртов разогнали». Теснимые, таким образом, с запада и юга, калмаки вынуждены были откочевать на север и вступить в сношения с русским правительством, чтобы обеспечить тыл.

Достижение соглашения с Москвой развязало им руки в борьбе с казахами. Новый поход калмаков на «Казацскую орду», где «промеж себя люди секутца», был удачен; казахи, раздираемые междоусобной распрей, оказались легкой добычей. Более того, в те же годы (а именно в 1616 г.) «Казачья Большая орда» оказалась в подчинении у калмакских предводителей. Последние, однако, довольствовались лишь политическим влиянием, не имея реальной власти над большинством племен казахского жуза, и казахи Семиречья, сохраняя автономность в управлении, не прекращали борьбы за свои кочевья.

Отметим, что из двух казахских ханов — Ишима и Турсуна — только Ишим-хан вел постоянные войны с калмаками. Этот факт отчасти объясняется, во-первых, тем обстоятельством, что Ишим-хан, издавна связанный с моголами и владевший Туркестаном и Семиречьем, постоянно действовал в сопредельных с калмаками районах, а во-вторых, значительной удаленностью местопребывания Турсун-Мухаммад-хана (г. Ташкент) от основных кочевий калмаков. Кроме того, по сообщению источников, калмакские тайши побаивались Турсун-хана, «потому что им Турсун-царь силен, да и потому, что меж ими войны и наперед тово не бывало».

Нажив себе кровных врагов в лице казахов, ногаев (мангытов) и теснимые с востока монголами и китайцами, калмаки очутились в 20-х годах XVII в. в очень тяжелом политическом положении, выход из которого они пытались найти в мирных переговорах с казахами. По словам приехавшего из улусов калмаков толмача П. Семенова, в 1620 г. тайши отправили послов к казахскому хану Ишиму для переговоров о мире. Однако Ишим-хан, разгневанный нападением некоторых калмакских тайш на казахов, последовавшим во время ведения переговоров, убил послов и, двинув большое войско, перебил много калмаков, в том числе двух тайш.

Войны Ишим-хана с калмаками продолжались с переменным успехом и в последующие годы. Особенно тяжело пришлось калмакам в самом начале 20-х годов XVII в., когда они сражались сразу на несколько фронтов. В эти годы бухарский хан Имамкули, возмущенный грабежами и убийствами бухарских купцов калмаками, после предъявления ультиматума, который, однако, не прекратил бесчинства, двинул свое войско на калмаков. Между тем война на несколько фронтов не мешала калмакам одерживать победы в мелких стычках, захватывать в полон казахов и переправлять их затем в Тюмень для обмена на калмаков, оказавшихся в русском плену.

Затем наступило временное затишье. По свидетельству посла тобольского воеводы Я. Буголакова, зимой 1624 г. к дэрбэтскому тайше Далаю приходили от Турсун-хана и Ишим-хана «послы о миру». В «Ногайских делах» за 1625 г. имеется сообщение о том, что калмаки помирились с казахами, а «с юргенцами и бухарцами мира у них нет, но и войны также нет». Но мир был непрочен. В 1627 г., по сообщению Махмуда ибн Вали, состоялся поход казахов под главенством Ишим-хана на кочевья калмаков. Ойратские тайши потерпели поражение и в следующем, 1628 году, и часть калмаков вынуждена была откочевать подальше от владений казахов.