В конце концов Гровс был вынужден признать, что в Лос-Аламосе правила науки взяли верх над военным режимом секретности. «Хотя я контролировал положение в целом, — свидетельствовал он, — я не мог добиться своего по многим вопросам. Поэтому, говоря, что доктор Оппенгеймер не всегда уважал четкое соблюдение режима секретности, я считаю справедливым утверждение, что он вел себя не хуже многих других ведущих научных сотрудников».

В мае 1943 года Оппенгеймер провел заседание, на котором было решено каждый вторник устраивать большой вечерний коллоквиум. Он убедил Теллера взять на себя организацию этих собраний. Когда Гровс выразил «озабоченность» по поводу слишком широкой повестки дня, Оппи твердо ответил, что «полностью предан» этой идее. Он сделал лишь одну уступку — ограничил присутствие одними учеными. Роберт категорически настаивал и на обмене информацией с коллегами, работающими на других объектах Манхэттенского проекта. Например, в июне он настоял на приезде в Лос-Аламос работавшего в чикагском метлабе Ферми. Оппенгеймер заявил Гровсу, что ввиду «величайшей важности» визита он слагает с себя всю ответственность за его возможный срыв. Гровс уступил.

В конце лета 1943 года Оппенгеймер объяснил свои взгляды на безопасность офицеру, отвечавшему за секретность Манхэттенского проекта, следующим образом: «Мой взгляд на всю эту мороку, разумеется, состоит в том, что [основная] информация, которой мы оперируем, вероятно, известна правительствам всех стран, озаботившихся ее поиском. А информация о том, чем мы конкретно занимаемся, возможно, никому не принесет пользы, потому что она чертовски сложна». Опасность, убеждал он, заключается не в том, что техническая информация о бомбе может просочиться в чужую страну. Подлинной тайной является «накал наших усилий» и степень «связанных с ними международных инвестиций». Если бы другие страны заметили, какие ресурсы Америка бросила на создание бомбы, они попытались бы скопировать проект у себя. Но даже такие сведения, как считал Оппенгеймер, «не повлияли бы на Россию», хотя могли оказать «большой эффект на Германию — в этом я убежден… не меньше всех остальных».

В то время как внимание Оппенгеймера отвлекали своими требованиями офицеры службы безопасности, его юные протеже со своей стороны жаловались на неуклюжее армейское руководство проектом и потерю драгоценного времени. К началу работы лаборатории в Лос-Аламосе в марте 1943 года с момента открытия деления ядра атома урана прошло уже четыре года, и большинство физиков, занятых в проекте, предполагали, что их немецкие конкуренты опережают их по меньшей мере на пару лет. Ученых, отчаянно сознающих безотлагательность проекта, бесили армейские правила соблюдения секретности и все, что вызывало заминки. Летом Фил Моррисон написал «дорогому Опье» письмо из метлаба, сообщая, что «порыв, характерный для работы в прошлую зиму, почти улетучился. Отношения между нашими людьми и поставщиками невероятно скверные… результат неприемлем и несовместим с быстрым прогрессом». Десяток младших научных сотрудников чикагской лаборатории потеряли терпение и написали коллективное письмо президенту Рузвельту, указывая на то, что, по их «трезвому суждению, проект запаздывает. Армейское руководство действует по шаблону…» Требовалось ускорение. А военные не советуются с «теми немногими учеными, кто имеет компетенцию в новой сфере. Такое поведение ставит жизнь нашей страны под угрозу».

Через три недели, 21 августа 1943 года, Ханс Бете и Эдвард Теллер написали Оппенгеймеру о своем собственном недовольстве ходом проекта. «Недавние сообщения прессы и секретной службы говорят о приметах того, что у немцев в промежутке с ноября по январь, возможно, появится новое мощное оружие». Новым оружием, предупреждали они, вероятно, являются «трубные сплавы» — такое кодовое название атомной бомбе присвоили в Великобритании. «Возможные последствия, если сведения подтвердятся, можно легко себе вообразить». За этим следовала жалоба на частные компании, отвечающие за производство оружейного урана и тормозящие ход проекта. Предлагаемое решение: «выделить достаточные средства на дополнительную программу напрямую тем ученым, кто имеет наибольший опыт решения задачи на ее разных этапах».

Оппенгеймер поделился своими собственными сомнениями. Его тоже беспокоило отставание от немцев, он работал все интенсивнее и призвал своих людей следовать его примеру.

Должность директора по науке давала Оппенгеймеру практически безраздельную власть в стенах Лос-Аламоса. Хотя он якобы делил полномочия с начальником военного гарнизона, подчинялся только генералу Гровсу. Первый начальник гарнизона, подполковник Джон М. Хармон, часто вступал в ссоры с учеными и в апреле 1943 года был смещен с должности, прослужив на ней всего четыре месяца. Его сменщик, подполковник Уитни Эшбридж, смекнул, что главная задача — сократить трения до минимума и не злить ученых. По иронии судьбы Эшбридж был выпускником школы-ранчо для мальчиков Лос-Аламос, он прослужил на своем посту до осени 1944 года, когда переутомление и тяжелая работа вызвали у него легкий сердечный приступ. Его сменил полковник Джеральд Р. Тайлер. Таким образом Оппенгеймер пересидел трех полковников.

Секретность постоянно доставляла головную боль. В один прекрасный день служба безопасности выставила пост военной полиции прямо перед домом Оппенгеймеров на Ванной улице. Полицейские проверяли пропуска на входе в дом у всех, в том числе у Китти. Супруга Оппенгеймера нередко забывала пропуск перед уходом и устраивала сцены, когда ее не пускали в собственный дом. Правда, в целом она не жаловалась на присутствие военных, потому что не упускала возможности использовать их в качестве нянек Питера. Когда сержант, командовавший полицейскими, сообразил, что происходит, он перевел пост в другое место.

На основании договоренности с генералом Гровсом Оппенгеймер имел право сформировать комитет по вопросам внутренней безопасности в составе трех человек. Он назначил членами комитета своих помощников Дэвида Хокинса и Джона Мэнли, а также химика Джо Кеннеди. Члены комитета отвечали за соблюдение мер безопасности внутри лаборатории («зоне Т»), которая была отгорожена от остальной территории еще одним забором из колючей проволоки и куда военная полиция и солдаты не имели разрешения входить. Комитет внутренней безопасности занимался такими прозаическими вещами, как проверка, запирают ли сотрудники свои шкафы для бумаг перед уходом из кабинета. Если кого-то ловили на том, что он до утра оставлял на столе секретный документ, провинившийся дежурил в лаборатории следующую ночь, стараясь сам кого-нибудь застукать. Однажды Сербер наблюдал спор между Хокинсом и Эмилио Сегре. «Эмилио, ты не убрал прошлым вечером секретный документ, — говорил Хокинс, — так что выходишь сегодня вечером дежурить». «В этом документе полно ошибок, — огрызнулся Сегре. — Он бы только ввел противника в заблуждение».

Оппенгеймер вел постоянную борьбу с аппаратом безопасности Лос-Аламоса, защищая от него своих коллег. У него с Сербером было много разговоров о «спасении» различных сотрудников от увольнения. «Будь их воля, — говорил Сербер об отделе безопасности, — у нас бы не осталось ни одного человека». И действительно: в октябре 1943 года дознаватели отдела безопасности порекомендовали убрать из Лос-Аламоса самого Роберта Сербера и его жену Шарлотту. С типичным пафосом ФБР заявило, что Серберы «насквозь пропитались коммунистической идеологией, и все их знакомые являются известными радикалами».