В 1905 году Шапошников был назначен исполняющим должность начальника учебной команды, которая готовила унтер-офицеров.

«Метод воспитания моего бывшего полуротного командира штабс-капитана Бауера я перенёс в учебную команду, сдерживая ротных в наложении взысканий за проступки унтер-офицеров. Я убеждал будущих унтер-офицеров, что отправление их под арест несовместимо со званием начальника, и склонен был ходатайствовать об отчислении трудновоспитуемых в роту, чем о наказании арестом на гауптвахте».

На одном из собраний Борис Михайлович был избран заведующим офицерской библиотекой. По его предложению офицеры батальона решили увеличить ежемесячный взнос на библиотеку с одного рубля 50 копеек до двух рублей 50 копеек. «У офицера был каждый рубль на счету, но… мне удалось провести это повышение». Это, конечно, показатель высокого нравственного уровня русского офицерства и желания самообразования.

В офицерскую библиотеку купили роман Куприна «Поединок», который вызвал самую живейшую дискуссию. «Многие в романе увидели если не себя, то своих знакомых. …Во всяком случае, кое на кого роман «Поединок» произвел отрезвляющее действие, и не только на офицеров, но и на их жён».

Наряду с монархическими газетами «Русский инвалид» и «Новое время», на столах читальни появились «Русское слово» и «Новости», а также местные газеты «Русский Туркестан» и «Самарканд».

Манифест Николая Второго 17 октября 1905 года вызвал в Ташкенте волну митингов и даже стрельбу у городской думы. В офицерской среде происходили жаркие споры, однако долг службы брал верх и службу несли исправно. Солдаты оставались в повиновении, только стали больше задавать вопросов о политических событиях. Из отрицательных последствий можно назвать участившуюся кражу оружия из арсеналов, за которое платили большие деньги. При этом было улучшено обеспечение солдат постельными принадлежностями, стали выдавать чай и сахар.

Стремясь повысить своё воинское мастерство, Б.М. Шапошников начал готовиться к поступлению в Академию Генерального штаба. «Придя с утренних занятий и пообедав, я ложился спать и спал часов до 7 вечера, а потом до 5 часов утра готовился к экзаменам. Поспав с 5 до 8 утра, шёл на утренние занятия. … Пришлось превратиться в затворника».

В августе 1907 года молодой офицер Шапошников прибыл в Петербург на экзамены. Выдержав испытания со средним баллом 9,82, он поступил в Академию Генерального штаба. Начинался новый этап жизни.

Николаевская Академия Генерального штаба [19] была основана в 1832 году по проекту генерал-адъютанта барона Жомини [20] «для образования офицеров к службе Генерального штаба» и «для вящего распространения знаний в армии». В системе военного образования России она заняла центральное место. Обучение в Академии Генерального штаба приравнивалось к особому отличию и считалось почётным.

Многие выпускники академии стали прославленными военачальниками и крупными учёными. Среди них: Д.А. Милютин, Ф.Ф. Радецкий, Н.М. Пржевальский, М.Д. Скобелев, А.Е. Снесарев, А.Н. Куропаткин, Р.И. Кондратенко, великий князь Николай Николаевич (младший), М.И. Драгомиров, А.А. Свечин [21] .

В годы обучения Шапошникова в Академии её начальником был генерал Д.Г. Щербачёв [22] . В своих воспоминаниях Дмитрий Михайлович оставил о нём следующий отзыв: «Авторитета в академии Щербачёв не имел. Попал на пост начальника академии и в свиту Николая II за активное участие в подавлении революции 1905 года. На экзаменах он почти всегда молчал, не задавал вопросов, а на защите дипломных тем присоединялся то к одному, то к другому оппоненту, а то и к обоим вместе. Со слушателями Щербачёв не общался, был больше администратором, чем настоящим учёным начальником академии». Получалось, что слушатель-офицер, предоставленный самому себе, рассчитывал лишь на собственные силы. В чём были свои плюсы и минусы.

Академия Генерального штаба помещалась на Суворовском проспекте. Перед зданием был разбит сквер с памятником павшим в боях офицерам. Рядом была Суворовская церковь, перенесенная из села Кончанского и Суворовский музей с мозаикой его воинских походов.

Учебный день начинался рано. Три раза в неделю занятия по верховой езде. Лекции и групповые занятия с 9 до 16 часов, с перерывом на обед.

На первом курсе читали лекции по тактике пехоты, конницы, артиллерии, полевой фортификации, устройству вооружённых сил, геодезии, русской истории, а также по истории русского и мирового военного искусства.

Лекции по тактике пехоты читал профессор Николай Александрович Данилов [23] , «глубоко знавший свой предмет, умевший возбудить у слушателей самый живой интерес к нему». В русской армии он имел прозвище Данилов-рыжий, чтобы отличать его от сослуживцев – Данилова-чёрного и Данилова-белого. Н.А. Данилов был автором многочисленных трудов по военной истории и теории. Его перу принадлежали: «Исторический очерк развития военного управления в России», «Роль пехоты в современном бою», «Влияние великой мировой войны на экономическое положение России», а также «Смешанная операция в Рижском заливе в июне – августе 1916», изданная уже в советское время.