По мере ограничения власти императора и окружавшей его дворцовой аристократии набиравшей силы военной знатью летописцы все шире освещают процесс обострения борьбы за власть, за ленные владения между феодалами, более скупо освещая сведения, связанные с покорением эдзосцев на севере о-ва Хонсю. Но, бесспорно, борьба эдзосцев против японских притеснителей не прекращалась. Земли эдзосцев располагались на север от линии выстроенных, заграждений, начинавшейся от замка Тага в направлении к Акита [Синъя, 1974, с. 32].

Развернувшаяся междоусобная война между феодалами все сильнее втягивала в этот процесс и северные районы о-ва Хонсю. Япония приближала свои границы к о-ву Эдзо.

Часть айнов была истреблена в кровопролитных войнах, другая переселена в южные провинции, откуда взамен было переселено на север большое количество японских крестьянских семей. Убедившись в невозможности при помощи военных экспедиций удерживать захваченные территории, правительство перешло к вооружению этих и проживавших здесь ранее поселенцев, которые постепенно превратились в служилое дворянство — самураев. Эти поселенцы жили в тесном контакте с айнами и, несомненно, в какой-то мере смешивались с ними. К концу XII в. айны были оттеснены на крайний север Хонсю.

Сёгунат Камакура (XII–XIV вв.) назначил аристократическую фамилию Андо управлять далекими от центра землями эдзосцев на севере о-ва Хонсю.

Ей же был подчинен расположенный здесь порт Тосаноминато, который служил центром товарообмена с аборигенами. На этом наживалась фамилия Андо, крупный доход получал и сегунат. Таким образом, товарообмен на неэквивалентной основе, давая барыши местной администрации, усиливал недовольство эдзосцев, которых к тому же все далее на север вытесняли мелкие японские вассалы северных княжеств, нередко превращая покоренных эдзосцев в своих крепостных.

По мере продвижения японских поселений к северу много айнов переселилось на Хоккайдо, другие были ассимилированы японцами, но даже в XVIII в. на севере Хонсю сохранялось некоторое количество еще не вполне ассимилированных айнов. С XVI в. параллельно с массовым вытеснением айнов с Хонсю началось и проникновение японцев на Хоккайдо.

В результате контакта с японцами среди айнов все шире распространялось богарное земледелие и пользование железными орудиями, но своей металлургии у них так и не появилось. С другой стороны, этот контакт привел к полному вытеснению айнской керамики лакированной деревянной и металлической покупной японской посудой. Это был длительный процесс, начавшийся еще на финальной фазе культуры сацумон и продолжавшийся до XVIII в.

Когда японцы стали постепенно проникать на южное побережье о-ва Эдзо, то прежде всего они возводили укрепления. В начале XVI в. таких укреплений (татэ) на о-ве Эдзо было 12. Это Синоритатэ, Хако-датэ (оба были построены на современной территории г. Хакодатэ), Мобэцу (современный г. Камиисо), Накано (современный г. Киконай) и др.

Но появление татэ таило в себе неизбежность возникновения восстаний аборигенов, т. е. каждая татэ для них являла собой базу для дальнейшего подчинения айнов, вытеснения их с охотничьих угодий и рыболовных участков — источников их жизни. К тому же японцы нагло обманывали их во время товарообмена, а также заражали аборигенов ранее им неизвестными болезнями, такими, как оспа, туберкулез и венерические.

Тем временем на о-ве Хонсю развертывались события, которые сыграли важную роль в истории о-ва Эдзо. Нарастание богатств фамилии Андо вызывало зависть у фамилии Намбу, которая начала вытеснять Андо с занимаемых ими позиций на севере о-ва Хонсю. В 1442 г. владения Андо Морисуэ были почти вплотную прижаты к Сангарскому проливу князем Намбу. Не имея сил возвратить свои владения и не видя перспективы продолжать борьбу против наступавших сил Намбу, Андо Морисуэ переправился на. о-в Эдзо, где обосновался на самой южной оконечности, не теряя надежды вновь возвратиться на о-в Хонсю. Он и его ближайшие родственники предпринимали попытки выступить против Намбу на севере о-ва Хонсю, но всякий раз терпели неудачи, поражения.

Но к этому времени обострилась годами накалявшаяся ненависть айнов к японцам. Нужна была хотя бы маленькая искра, чтобы воспламенился пожар восстания. Ею стало убийство подростка-айна в 1456 г. Мальчик пришел к одному из кузнецов, проживавшему в районе Хакодатэ, и заказал ему сделать маленький нож. То ли нож не понравился заказчику, то ли мастер запросил за него непомерно высокую цену, но во время выяснения отношений японец-мастер заколол мальчика-айна.

Разгневанные аборигены стали расправляться с японцами. В процессе борьбы в 1457 г. выдвинулся родо-племенной вождь Косямаин, который возглавил освободительное движение аборигенов. Нанося внезапные удары, айны захватили 10 из 12 японских укреплений. Продолжали держаться лишь укрепления Мобэцу (ныне Камиисо) и Ханадзава (ныне г. Каминокуни).

Оказавшись в кризисной ситуации, знатный самурай Такэда Нобухиро, находившийся в татэ Ханадзава, владельцем которого был Какидзаки Суэсигэ, решил выступить против восставших айнов, по проиграл битву. Убегая от преследователей, Такэда Нобухиро скрылся за деревом и удачно сразил стрелами Косямаина и его сына, а мечом сумел убить несколько других преследователей. Неожиданная смерть вождя в момент, когда победа над японцами была совсем близка, внесла переполох в ряды восставших, и аборигены разбежались.