В начале 1945 года И. В. Курчатов написал Берии и прямую жалобу на Молотова, выражая недовольство некомпетентностью последнего и нераспорядительностью в осуществлении общего руководства советским атомным проектом.

Байбаков был убежден, что только в 1945 году, с приходом Берии к руководству атомным проектом, дело получило тот «русский размах», с каким призывал вести его Сталин: «Берия был мастер не только нажимать, торопить и подстегивать людей, но и обеспечивать успех дела. Оперативнее, чем он, едва ли какой другой организатор смог бы снабжать ученых всем необходимым, доставать требуемое из-под земли — в прямом и переносном смысле. Он умел быть внимательным к мнению ученых, вплоть до веротерпимости. Так, когда Л. В. Альтшулера — как неблагонадежного из соображений его приверженности генетике — служба безопасности решила отстранить от работы на атомном объекте, академик Ю. Б. Харитон позвонил лично Берии и сказал, что это нужный и ценный работник. “Он вам очень нужен?” — спросил Берия. “Да, очень”, — был ответ. И Берия спокойно подвел итог: “Ну, ладно…” Не раз, когда после аварий или каких-либо неувязок на объекте службой безопасности учинялось следствие (не диверсия ли тут?), Берия внимал заступническим доводам И. В. Курчатова, “виновные” освобождались от подозрения».

Байбаков ставил Берии в заслугу и предельный режим секретности работ по атомному проекту. А именно то, что при «железном занавесе», да еще за множеством стен и рядов колючей проволоки, работы были абсолютно недоступны ни для одной иностранной разведки. И когда 29 августа 1949 года грянул взрыв первой советской атомной бомбы, для американцев это оказалось ошеломляющей неожиданностью. Быстро иссякли воинственные амбиции Трумэна, прекратился атомный шантаж.

Не впадая в другую крайность, Байбаков, однако, помнил, что, при всех своих организаторских способностях, Берия оставался человеком жестоким и властолюбивым, переоценивающим собственные силы, нетерпимым к заслугам соперников. Но это, считал Байбаков, была уже другая борьба — борьба за сталинское властное наследство.

В ряду бериевских злодейств, ничем не оправданных, Байбаков числил расправу над председателем Госплана СССР Н. А. Вознесенским.

В 1953 году Берия снял с работы начальника Главгаза Ю. И. Боксермана, одного из приближенных к Байбакову сотрудников. Тот провинился тем, что накануне был несколько часов на беседе в горкоме партии у Хрущева, которого Берия, как возможного претендента на еще более высокий пост, ненавидел. Берия направил Боксермана на строительство завода по сжижению газа, оборудование для которого, по его мнению, было «вредительски» закуплено в США при участии Боксермана, и обещал сослать виновных в лагерь, но не успел, так как сам вскоре был арестован.

Рвался ли Берия к высшей власти в стране после смерти Сталина? Байбаков был уверен, что да. Свое истинное лицо, свое подлинное отношение к Сталину Берия, считает Байбаков, проявил уже на следующий день после смерти Сталина, на похоронах, не стесняясь поносить его, пока еще шепотком. В доказательство тому Байбаков приводит свидетельство дочери Сталина Светланы Аллилуевой:

«Дом в Кунцево пережил после смерти отца странные события. На второй день после смерти его хозяина — еще не было похорон, — по распоряжению Берии созвали всю прислугу и охрану, весь штат обслуживающих дачу и объявили им, что вещи должны быть немедленно вывезены отсюда (неизвестно куда), и все должны покинуть это помещение.

Спорить с Берией было никому невозможно. Совершенно растерянные, ничего не понимающие люди собрали вещи, книги, посуду, мебель, грузили со слезами все это на грузовики, — все куда-то увозилось, на какие-то склады… подобных складов у МГБ — КГБ было немало в свое время. Людей, прослуживших здесь по десять-пятнадцать лет не за страх, а за совесть, вышвыривали на улицу. Их разогнали всех, кого куда: многих офицеров из охраны послали в другие города. Двое застрелились в те дни. Люди не понимали ничего, не понимали — в чем их вина? Почему на них так ополчились? Но в пределах сферы МГБ, сотрудниками которого они все состояли по должности (таков был, увы, порядок, одобренный самим отцом), они должны были беспрекословно выполнять любое распоряжение начальства».

Байбаков полагал, что уже в тот день началась посмертная борьба со Сталиным, одним из зачинщиков которой выступил Берия.

О том же, как неожиданно Берия повел себя после смерти Сталина, Байбаков узнал из статьи Александра Фролова «113 дней из жизни верного ученика и ближайшего соратника, или Неизвестная перестройка», опубликованной в газете «Советская Россия» 11 апреля 1992 года. Вот что в ней говорилось.

Став первым из четырех заместителей председателя Совета министров СССР Маленкова и возглавив одновременно новое, объединенное с органами госбезопасности Министерство внутренних дел, Берия три с половиной месяца буквально фонтанировал различными инициативами. «Зачем тебе МВД?» — спрашивал Берию Микоян, на что тот отвечал: «Надо восстановить законность, нельзя терпеть такое положение в стране. У нас много арестованных, их надо освободить и зря людей не посылать в лагеря». 24 марта он направляет в Президиум ЦК КПСС записку об амнистии, а уже 27 марта издается соответствующий указ Президиума Верховного Совета СССР. Из 2,5 миллионов заключенных были освобождены 1,2 миллиона.

Затем наступил черед политзаключенных. Четвертого апреля в газетах было опубликовано «Сообщение МВД СССР». В нем говорилось, что МВД провело тщательную проверку всех материалов предварительного следствия и других данных по делу группы врачей, обвинявшихся во вредительстве, шпионаже и террористических действиях в отношении активных деятелей Советского государства. Выдвинутые против них обвинения являются ложными. Работники следственной части бывшего КГБ использовали недопустимые и строжайше запрещенные советскими законами приемы ведения следствия. Берия обвинил в этом Сталина.

В стремлении дискредитировать Сталина, развенчать культ его личности Берию обвинили несколько членов Президиума ЦК КПСС. Каганович, например, рассказал, как еще во время похорон, стоя на трибуне Мавзолея, Берия оскорблял Сталина, понося его самыми неприличными словами. И все это преподносилось под видом того, что нужно жить теперь по-новому. Берия враждебно относился к заявлениям о том, что Сталин — великий продолжатель дела Маркса — Энгельса — Ленина.

Для своих инициатив, говорилось в статье, Берия безошибочно выбирал проблемы кардинальной важности и потому просто не мог пройти мимо межнациональных отношений. Он предлагал шире выдвигать национальные кадры, заменяя ими присланных из центра русских, принять меры к возвращению эмигрантов, не форсировать коллективизацию и выселение хуторов, добиваться взаимопонимания с местной интеллигенцией. Не меньше внимания Берия уделял и международным делам. По свидетельству Микояна, он резко критиковал работы Совета экономической взаимопомощи, экономическую и военную политику стран народной демократии.