Так Байбаков впервые был понижен в должности. Его место занял И. И. Кузьмин — один из скромных, ничем не примечательных подчиненных Хрущева в аппарате ЦК, где он возглавлял отдел машиностроения.

В Госплане РСФСР Байбаков в течение года пытался устанавливать контакты с совнархозами и занимался комплектацией своего аппарата. Между тем реформа начала давать первые плоды, и они Байбакова не радовали. Раздробленность управления промышленностью нарушила привычные хозяйственные связи и единую техническую политику. Местные интересы стали превалировать над общегосударственными.

Специалисты Госплана докладывали в ЦК о положении дел на местах, считая это положение весьма тревожным. Так, в июне 1957 года начальник отдела топливной промышленности А. Ф. Засядько представил записку об итогах своей командировки в Донбасс. В записке был специальный раздел «О борьбе с местничеством». В нем отмечалось, что в угоду местным интересам совнархозы не выполняют свои обязательства по государственному плану поставок оборудования и материалов для других совнархозов. В некоторых совнархозах снимают с производства необходимую стране продукцию без передачи ее на освоение другим совнархозам. К примеру, Новосибирский совнархоз без ведома Госплана РСФСР уменьшил на своих предприятиях производство дефицитного литейного оборудования.

В более развернутой записке «О фактах местничества и других недостатках в работе совнархозов», направленной в Совмин РСФСР, подчиненные Байбакова уже без экивоков критиковали народившуюся практику. Сообщали, что в некоторых совнархозах организуются «карликовые» и параллельно действующие предприятия, что между совнархозами нет тесной деловой связи, что тут и там внутри административных экономических районов создаются некие подобия замкнутого хозяйства.

Терпение Хрущева было уже на исходе. Оно лопнуло, когда Байбаков создал в Госплане РСФСР отраслевые (читай «запрещенные») отделы планирования.

Что карьера его летит под откос, Байбаков понял в конце первой недели февраля 1958 года. В те дни в Большом Кремлевском дворце проходило совещание руководителей совнархозов и Госпланов союзных республик. Обсуждались итоги первого года работы «по-новому». С докладом выступил председатель Госплана СССР И. И. Кузьмин. Оценив работу совнархозов положительно, он пустил несколько критических стрел в сторону Байбакова. Плановый комитет РСФСР, сказал Кузьмин, упорно продолжает придерживаться отраслевого принципа планирования, что не соответствует проводимой реформе.

Байбаков вспоминает:

«Находясь в одном из первых рядов зала, я наткнулся на пристальный взгляд Хрущева, сидящего в президиуме.

— Товарищ Байбаков, вы собираетесь выступать?

— Да, я готов.

— Ну тогда я вам предоставляю слово.

Едва я начал свое выступление, Хрущев, вдруг побагровев, обрушился на меня за неправильные, как он выразился, действия Госплана РСФСР, тормозящие работу совнархозов, и прежде всего за непродуманную структуру Госплана РСФСР.

Я возразил:

— Структура Госплана правильная, и она одобрена.

— Кто создал такую структуру? — прервал он меня.

— Я предложил, а Совет министров федерации эту структуру утвердил. Далее мы передали материалы в комиссию Оргбюро ЦК, которую возглавляет Анастас Иванович Микоян, и она также одобрила структуру Госплана.

Мои объяснения по существу принятой структуры были прерваны вопросом к Микояну:

— Ты, Анастас, почему утвердил такую структуру? Ты же знал, что мы боремся против ведомственности.

— Я считаю структуру правильной — твердо ответил Микоян. — Нельзя терять отрасль вообще, по крайней мере, в вопросах планирования».

В зале возникло странное возбуждение. По выражению многих лиц было видно, что все с интересом ждут, чем же закончится перепалка между высокопоставленными руководителями, но тут Хрущев снова обратился к Байбакову:

— Кто же окончательно утвердил?

— Никита Сергеевич, вы и утвердили как председатель Оргбюро ЦК, — ответил Байбаков, ободренный поддержкой Микояна.

— Так что ж, я, что ли, виноват? — спросил Хрущев под смех в зале.

— Нет, Никита Сергеевич, ни вы, ни я, ни Анастас Иванович не виноваты. Структура правильная. Но одно дело — отраслевое планирование, другое — управление. Я не предлагаю вам отраслевое управление, хотя, как вам известно, и был против ликвидации министерств.

Вот так, давая объяснения по существу работы совнархозов и деятельности Госплана РСФСР, Байбаков простоял на трибуне не менее сорока минут, хотя по регламенту отводилось пятнадцать. Стенограмма сохранила содержание и тональность публичной «дискуссии» председателя Госплана РСФСР с первым секретарем ЦК КПСС: