В своей статье «В едином строю защитников Отчизны» (Коммунист. 1980. № 7) Косыгин рассказал, как шло перебазирование советской промышленности на Восток:

«…Предприятия, подлежавшие эвакуации из прифронтовой полосы, продолжали выпуск продукции до возможного последнего момента. Демонтаж оборудования и погрузка его в вагоны часто велись под артиллерийским обстрелом и бомбежками врага. Большие трудности были связаны с демонтажом и транспортировкой крупногабаритного оборудования, требующего огромного количества вагонов и паровозов.

Одновременно надо было перевезти на восток миллионы людей, уезжавших со своими предприятиями, разместить их на новых местах, помочь устроиться. На узловых станциях железных дорог работали эвакуационные пункты. Они принимали и отправляли эшелоны с людьми, организовывали их питание и медицинское обслуживание. Цепь эвакопунктов протянулась на тысячи километров — от прифронтовых железнодорожных станций юга и запада страны до Восточной Сибири, Казахстана, Средней Азии».

В Государственном архиве РФ хранится «Отчет об эвакуации оборудования с ленинградских заводов с 1 по 15.VIII.1942 г.». На нем рукой Косыгина приписано: «Товарищу Вознесенскому Н. А. Товарищу Микояну А. И. Товарищу Молотову В. М. За эти две недели ленинградцы отправили еще 496 вагонов с оборудованием — 929 токарных станков, 239 револьверных, 100 шлифовальных…» (ГА РФ. Ф. 5446, Он. 59. Д. 1. Л. 42).

Детей из Ленинграда отправляли отдельными эшелонами. В одном из них случилось ЧП:

«Москва, зампредсовнаркома Косыгину.

Начальник детского эшелона товарищ Капитонов сообщил, что в Рязани питание детского эшелона сорвано тчк Работники по эвакуации Рязани организовали обыск эшелона пытались отобрать продукты тчк Прошу принять меры Предисполкома Ленгорсовета Попков».

«Ленинград горисполком Попкову

Капитонов присвоил себе продукты предназначенные для детей зпт оказался проходимцем тчк Привлекается ответственности тчк Обратите внимание подбор начальников эшелонов. Зампредсовнаркома Косыгин» (ГА РФ. Ф. 5446. Оп. 59. Д. 1. Л. 41–42).

Когда при Совнаркоме создается Комитет продовольственного и вещевого снабжения Красной армии, Косыгина назначают зампредом. Одновременно он является уполномоченным Государственного комитета обороны по Ленинграду. Ему поручают организовать строительство трубопровода по дну Ладожского озера, по которому пойдет топливо и для города, и для оборонявших его частей Красной армии. Командировки в Ленинград станут постоянными. Жена и дочь будут провожать его до аэродрома. По воспоминаниям Людмилы, отец улетал на «Дугласе», а с ним рядом сидел пулеметчик.

Приходилось Косыгину заниматься и вот чем. 21 августа 1941 года он, Молотов, Маленков и Жданов, находясь в Ленинграде, отправили Сталину шифротелеграмму:

«Сообщаем, что нами принято решение о немедленном выселении из пригородов Ленинграда немецкого и финского населения в количестве 96 тысяч человек. Предлагаем выселение произвести в Казахстан — 15 000 человек, в Красноярский край — 24 000 человек, в Новосибирскую область — 24 000, Алтайский край — 12 000 и Омскую область — 21 000 человек. Организацию переселения возложить на НКВД. Просим утвердить это предложение».

С июня 1942 года Косыгин отвечает за обеспечение Красной армии инженерными и саперными средствами. С августа того же года он еще и уполномоченный ЦК ВКП(б) и СНК СССР по обеспечению заготовок местных видов топлива. А в июле 1943-го Косыгин вступает в должность председателя СНК РСФСР, одновременно оставаясь зампредом Совнаркома Союза.

К тому времени Косыгин выработал свой стиль руководства, включавший в себя и определенные этические нормы. Как рассказывал Анатолий Болдырев, помощник Косыгина, председателю Совнаркома России однажды стало известно, что некоторые из его заместителей не гнушаются принимать «сувениры», «опытные образцы» от представителей краев и областей, наркоматов. На прямой вопрос управляющий делами Совмина РСФСР ответил, что конкретных фактов у него нет, но о подношениях он слышал. «И надо же такому случиться! — продолжает Болдырев. — Буквально через несколько дней на столе Алексея Николаевича вместо привычного письменного прибора и стакана с карандашами появились изящная шкатулка, отделанная серебром, и красивый чернильный прибор.

— Откуда это?! — Он был по-настоящему рассержен. — Прикажите немедленно убрать и выясните, кто автор этой провокации.

Я узнал, что шкатулку и прибор доставил представитель одной из кавказских автономных республик якобы по заказу Косыгина.

— Какая гадость! — заметил Алексей Николаевич. — Я с этим товарищем разберусь сам, а вы через десять минут пригласите ко мне всех заместителей.

Шкатулку и прибор убрали, на столе появились обычные карандаши в стакане и небольшая чернильница. В кабинете собрались заместители. Косыгин в самой резкой форме рассказал о случившемся и о слухах по поводу “сувениров” и “опытных образцов”.

— Я предупреждаю, — сказал он, — если кто-нибудь позарится на такие подарки, я немедленно поставлю вопрос о снятии виновного с занимаемого поста».

В марте 1946 года на пленуме ЦК Косыгина избрали кандидатом в члены Политбюро ЦК ВКП(б), а 19 марта 1946 года сессия Верховного Совета утвердила его заместителем председателя Совета министров СССР (Сталина). Далее что ни год, то новые назначения: председатель Бюро по торговле и легкой промышленности при Совете министров СССР (февраль 1947 года — июль 1948 года); министр финансов СССР (февраль — декабрь 1948 года); министр легкой и пищевой промышленности СССР (декабрь 1948 года — март 1953 года); председатель Бюро по торговле при Совете министров СССР (февраль 1949 года — март 1953 года).