Канун присоединения к России в истории российско-туркменских отношений характеризуется сложной политической обстановкой: усилением агрессивных действий Ирана и Хивы против южных и северных туркмен. Так, под Серахсом (1855 г.), под Кара-Кала (1858 г.), в Мерве (1861 г.) туркменам пришлось трижды выдерживать натиск соседних государств. С 1855 г. началась пятнадцатилетняя война между северными туркменами и хивинскими ханами. И хотя в этих сражениях объединенные силы туркменских племен успешно противодействовали войскам Ирана и Хивы, политическая обстановка диктовала необходимость решения судьбы туркмен иным образом. Наиболее дальновидные представители туркменских родов видели спасение в могуществе великой России [72] .

С конца 50-х гг. XIX в. в правительственных кругах России вновь начались обсуждения планов по присоединению туркменских земель. Первоначально был поставлен вопрос о сооружении крепости и торговой фактории не в Красноводске, а значительно южнее, при устьях Атрека и Гургена. В представлении министра иностранных дел А. М. Горчакова Александру II от 8 августа 1858 г. было выражено опасение позициями других государств в оценке такого шага России как нарушение международного права. Горчаков предвидел, что главным препятствием к этому могло стать то, что Англия не будет «равнодушной зрительницей подобного предприятия» [73] .

Министр Горчаков и российский посланник в Тегеране Н. А. Аничков, придерживаясь данного в 1837 г. Николаем I обещания признать границей Ирана р. Атрек, полагали, что любая крепость или торговая фактория могут быть заложены только к северу от Атрека. Кавказский наместник А. И. Барятинский напротив поддерживал идею занятия двух пунктов при устьях Атрека и Гургена, предложенную недавно образовавшимся Закаспийским торговым товариществом [74] . Он предлагал воспользоваться неоднократными просьбами атреко-гургенских туркмен о принятии в подданство России и «достигнуть предположенной цели, вовсе не давая нашему предприятию военного характера» с тем, чтобы не встревожить Иран и не возбудить с его стороны протесты и жалобы. Увлеченный своими планами, Барятинский даже предложил командующему Каспийской флотилией заблаговременно осуществить приготовления на случай занятия юго-восточного берега Каспийского моря [75] .

Несовпадение мнений в выборе места для укрепления было обсуждено на особом совещании Комитета министров 2 и 9 января 1859 г. под председателем императора. Но прежде, чем основать крепость, было решено провести точную рекогносцировку прибрежной полосы Туркмении. В отношении принятия туркмен в подданство России, Комитет министров постановил, что «не только подданство, но и официально объявленное покровительство над туркменами было бы для нашего правительства неудобно». Иначе Россия возложила бы на себя ответственность за любые действия туркмен и оказалась бы в затруднительном положении [76] .

В соответствии с решением Комитета министров летом 1859 г. для изучения местности была отправлена экспедиция под командованием полковника В. В. Дандевиля и капитана 2-го ранга Ивашинцева. Однако это лишь осложнило отношения русских и туркмен. Дандевилем была предпринята акция, целью которой стало «склонить туркмен силой, а не увещеваниями» и держать их под «постоянным страхом наказания за малейшую дерзость» [77] .

Наместник Кавказа князь А. И. Барятинский, узнав, что экспедиция была задумана для устрашения туркмен, выразил опасение, что это может восстановить их против России, чем непременно воспользуются Иран и британские агенты для ухудшения ее положения в Азии. Такая несогласованность позиций, была вызвана тем, что оренбургские власти, поручившие организацию экспедиции Дандевилю, проявили безразличие к российско-туркменским связям, внесли разлад, нарушили их мирный характер в тот момент, когда «персидские власти и английские агенты, замечая возрастающее влияние отряда на туркмен» и видя расположенность большей части этого народа к России, «употребляют всевозможные интриги против станции» [78] .

Государь, ознакомившись с результатами экспедиции, приказал «предполагаемое устройство укрепления с факторией на восточном берегу Каспийского моря на время отложить, ибо достижения сего имелось в виду миролюбивыми сношениями с туркменами» [79] .

В 60-х гг. XIX в., когда Россия приступила к практической реализации планов присоединения всей Средней Азии, вопрос об основании укрепленного форта русской армии (УФРА) на побережье Красноводского залива стал вновь актуальным. В начале 1865 г. особым решением Комитета министров были установлены предварительные сроки его занятия – начало весны 1866 г. [80] Несмотря на устный договор 1837 г. о признании границей Ирана р. Атрек, персидские власти предъявляли притязания на владение всеми туркменскими землями и восточным побережьем Каспийского моря. В связи с этим российский посланник предложил, не вступая с правительством Ирана в переговоры по туркменскому вопросу, занять Красноводск, «дабы после представить свершившимся фактом» [81] . Однако, в связи с предстоящими военными действиями против Бухарского эмирата Александр II в августе 1865 г. приказал отложить на время занятие Красноводского залива. В то же время было дано указание соответствующим министерствам и ведомствам принять меры к развитию торговли и промыслов с тем, чтобы всемерно поощрять дружественные отношения с туркменами.

К концу 1868 г. значительная часть обширных среднеазиатских территорий была включена в состав Российской империи. Сначала были завоеваны территории Сыр-Дарьинской, Ново-Кокандской линий и части Кокандского ханства [82] , из которых 12 февраля 1865 г. была образована Туркестанская область [83] , подчинявшаяся оренбургскому генерал-губернатору. Весной – летом 1866 г. к Туркестанской области были присоединены занятые русскими войсками города Ташкент, Ходжент и Зачирчикский край.

После обсуждения вопроса в «Особом комитете» о дальнейшем устройстве края был разработан проект учреждения двух областей Сырдарьинской с центром в г. Ташкенте, Семиреченской с центром в г. Верном и составления из них Туркестанского генерал-губернаторства с подчинением его в порядке высшего административного управления военному министерству. Проект был утвержден 11 апреля 1867 г. императором Александром II [84] .

После присоединения всей территории Кокандского ханства и установления над Бухарским ханством российского протектората, оба ханства превратились в гарантированный рынок сбыта российских товаров и источник сырья для российской промышленности. Отношения между Бухарой и Петербургом определились двумя договорами: от 11 мая 1868 г. и от 28 сентября 1873 г. Все дальнейшие соглашения между двумя государствами заключались только по отдельным вопросам ведомственного характера, но по существу опирались на эти договоры.