Перепись 1568 года указывает вид занятий и род деятельности примерно трети дворовладельцев. Кроме огородничества жители города занимались рыбной ловлей, ремеслом и торговлей. 55 рыбных ловцов жили в 38 дворах. Ореховские ремесленники обрабатывали дерево, полотно, кожу, войлок, меха. По данным 1568 года, в городе жили плотники, портные, сапожники, колпачники, скорняки и ремесленники других специальностей. В число горожан входили служилые люди — пушкари (заменили прежних пищальников), воротники, толмачи (переводчики), рассыльщики, перевозчики, попы, дьяки, церковные сторожа. Названы также палач, скоморох и пастух.

Купцы среди жителей Орешка специально не отмечены, но о размахе местной торговли свидетельствует таможенная грамота 1563 года. В ней перечислены товары, которые поступали в Орешек и уезд из русских городов, а также из Литвы и «от немец». Привозными были воск, мед, икра, соль, сукно, шелка; местными — скот, а также рыба, масло, сыры, яйца, хлеб, калачи, мясо печеное и прочий «товар съестной».

В грамоте названы торг и пристань рядом с ним, куда причаливали большие и малые суда. Эта площадь обозначена на шведских планах рядом с каналом, следовательно, он был вполне доступен речным судам. Судоходный фарватер проходил по правому протоку Невы (там же, где он пролегает и ныне). Именно с этой стороны Невы и расположен проход для судов в ров вокруг цитадели.

Грамота 1563 года сообщает также, что кроме торга амбары и лавки были по дворам «и в тех амбарах и лавках люди товар свой — соль кладут и хлеб ссыпают на продажу».

О торговом Орешке знали и в Швеции. В 1574 году король Иоанн III предписывал своему полководцу Герману Флемингу предпринять морской поход вверх по Неве вплоть до Нотебурга исжечь «два купеческих города для того, чтобы русские не могли иметь там зимнего лагеря». Под «купеческими городами» несомненно подразумевались расположенные на материке городские посады.

Торгово-промысловая деятельность ореховцев год от года расширялась, а сам Орешек в середине XVI века претендовал на роль крупнейшего русского порта. Он находился на скрещении сложившихся и регулярно действовавших морских и сухопутных путей, связывавших Россию с Балтийским морем и западной Финляндией. Однако начавшаяся в 1568 году опричнина и участившиеся вражеские набеги непоправимо подорвали экономику города и его округи. В Обыскных книгах 1573 года упоминаются и деревни Ореховского уезда. Сведения о них пестрят пометками: запустела «от свейских немец», «от опричного правежу», «от мору», «от государевых ратных людей и татар». Около 1570 года «деревни стояли не паханы и не кошены», «крестьяне обнищали и разбежались безвестно», «волость выжгли, людей побили, а животы немцы поймали». В самом Орешке в 1572 году из 139 тягловых (т. е. обложенных податью) дворов обитаемыми были лишь 19, остальные стояли пустыми. Обезлюдение Орешка и его округи достигло катастрофических размеров. Но еще большие превратности ожидали его впереди.

Воевода Орешка Михаил Глебович Салтыков в 1607 году получил письмо от шведского короля Карла IX, который предлагал перейти под его власть и обещал наградить так щедро, что «будут благодарить шведского короля и он, и его дети, и дети его детей». Год спустя король вновь обращался к воеводе и, намекая на тяжелое положение Москвы, с иронией спрашивал: «Кто не знает, что Россия… своей силой страшна не одной Польше, а всему свету, и что же?» Ничего не добившись дипломатическими диверсиями, враги прибегли к силе. В ноябре 1610 года Карл IX приказал войскам «попытать счастья у Нотебурга».

К концу 1611 года шведы, воспользовавшись тяжелым положением России в связи с иностранной интервенцией, под предлогом «помощи» захватили большую часть Новгородской земли с крепостями Корелой, Ямой, Ивангородом. В Новгороде стоял наемный иноземный корпус под командованием Якова Делагарди — сына Понтуса Делагарди, известного русским по Ливонской войне.

23 февраля 1611 года Делагарди пытался овладеть Орешком, установив батарею на Монашеском острове. По словам автора «Истории шведско-московской войны» Иоганна Видекинда, наступающие, «подведя петарды, взрывают двое передних ворот, но там тотчас опускаются третьи, железные, которые не поддаются действию петард и не дают доступа осаждающим. Поэтому шведы вынуждены отступить, потеряв 20 человек убитыми и нескольких ранеными».

Из этих описаний видно, что главный удар штурмующих был направлен на Воротную башню, наружный вход в которую действительно прикрывали поднятый мост, за ним ворота и, наконец, опускная решетка.

После захвата Ладоги в конце сентября 1611 года шведы подтянули значительные силы и блокировали подступы к Орешку. На этот раз захватчики решили, что ореховскую твердыню можно сломить не штурмом, а голодной блокадой.

Новый командующий осадой будущий фельдмаршал Эверт Горн после 30 ноября предложил осажденным «хорошие условия» капитуляции. От горожан требовали подчиниться королевскому наместнику и принять шведский гарнизон. Но защитники острова — стрельцы — наотрез отказались сдать крепость. Более того, ореховцы, пользуясь потайной гаванью, на ладьях и лодках делали вылазки нападали на шведов. Однако к апрелю 1612 года из-за нехватки продовольствия положение стало критическим. Наступил голод, стали свирепствовать болезни. Как писал Видекинд, из 1300 защитников осталось едва ли больше сотни, и 12 мая крепость была сдана.