Святителю приходилось нередко вступать в дела гражданские. Вскоре после его вступления на престол начались нестроения и в Церкви. Из Рима прибыл в Литву ученик лжемитрополита Исидора и вступил в управление западнорусской церковью. В Москве был созван собор, где было постановлено — не признавать его митрополитом. Сам Новгородский пастырь не был в Москве на сем соборе. Но митрополит Московский прислал ему соборное определение и увещевал его крепко стоять за православие, укреплять в истинной вере свою паству, а заблудших убеждать и обращать к истине.

Часто святителю приходилось усовещевать своих сограждан. В 1460 году в Новгород прибыл великий князь Московский Василий с двумя своими сыновьями, Юрием и Андреем. На сей раз он прибыл в Новгород с миром, ибо желал поклониться Новгородским чудотворцам и собрать подать с жителей. Несколько лет тому назад он же приходил под Новгород с сильным войском и наказал Новгородцев за их приязнь к его врагам. Некоторые жители, помня сие, составили дерзкий замысел умертвить князя. Когда святитель узнал о таком безумном намерении, он немедленно явился в собрание заговорщиков.

— Безумцы, — сказал им святитель, — что вы замыслили? Если вы и убьёте великого князя, то чего вы добьетесь? Только одно несчастие и бедствие навлечёте на Новгород. Его старший сын Иоанн, сведав о вашем злодействе, немедленно явится с сильным войском и опустошит страну.

Сие увещание сильно подействовало на заговорщиков; они сами ясно поняли свое положение.

Новгородцы с честью приняли великого князя. Святитель также оказывал ему свое уважение. Великий князь часто беседовал с блаженным архипастырем и исполнял все его советы. Он полюбил его, как своего отца и слушал его во всем. Особенно он уважал святителя за его добродетельную жизнь. Во время пребывания в Новгороде великого князя произошло дивное исцеление княжеского постельничего у раки мощей святого Варлаама Хутынского. Этот молодой человек из рода бояр Рязанских внезапно сильно занемог. Силы его быстро истощались. Наконец он, казалось, совсем умер. Когда его поднесли к раке мощей святого Варлаама, он вдруг ожил и стал совершенно здоровым. Сие удивительное чудо произошло на глазах самого великого князя, его бояр и других лиц. Прибывшие в Новгород признали, что сей город пользуется особенным покровительством свыше. Святитель Иона тут же повелел записать сие чудо на память потомкам и возложил сие дело на прибывшего со Святой горы Пахомия Логофета. Спустя некоторое время, князь отправился обратно в Москву. Прощаясь со святым пастырем, великий князь приглашал его на совещание в Москву.

Вскоре святителю пришлось отправиться туда. Князь разгневался снова на жителей Новгорода. Некоторые вельможи старались усилить нерасположение князя к Новгородцам. Святой Иона, желая утолить гнев его, не смотря на свои годы, отправился в Москву, пренебрегая всеми трудностями далёкого пути. Приближаясь к сему городу, он вспомнил великого защитника Русской земли — преподобного Сергия Радонежского, и дал обет по возвращении построить храм во имя сего славного подвижника и дивного угодника Божия. За 5 верст от Москвы святителя встретили бояре и несколько игуменов. Когда же святитель прибыл в город, митрополит Московский принял его с любовью. На княжеском дворе уже давно ждали святого архиепископа. Здесь его встретили бояре. На лестнице в великокняжий терем его взяли под руки дети Василия Васильевича. Сам князь был весьма рад видеть пред собою мудрого владыку. Он принял дань и подарки, которые святитель привёз с собою из своего города. Во всё время пребывания святителя в Москве, великий князь оказывал ему полное уважение. Он часто призывал его к себе, беседовал с ним о разных делах гражданских и церковных. Однажды он призвал к себе святителя Новгородского и митрополита Московского и высказал свое недовольство на Новгородцев. Он жаловался на них святому Ионе за то, что они готовы стать на сторону врагов Русской земли — литовцев, оказывая мало уважения ему — великому князю, и даже сказал, что намеревается идти с войском на мятежных Новгородцев, чтобы раз навсегда положить предел их смутам и своевольствам. Святитель Иона, как истинный пастырь, стал горячо заступаться за своих духовных чад; говорил князю, что ему многое передают неправильно, стараясь возбудить его гнев. Он просил Василия не обращать внимание на речи завистливых клеветников, не увлекаться гневом, но помиловать Новгородцев.

— Великий государь, не позволяй гневу овладевать твоим сердцем, не внимай клеветникам и завистникам, не карай многих невинных из-за горсти виновных, но отечески вразуми жителей нашего города и окажи им свою любовь и милость. Если же ты, не внимая мольбам нашим, строго станешь взыскивать с жителей Новгорода, то опасайся, чтобы и между твоими чадами не возникло разделение. Нет, князь, не подвигнись по клевете на твою отчину, но милостиво воззри на твой народ. Не возлагай на него новых даней и повинностей. Знай, что уже дни твои приближаются к концу. Сын твой Иоанн воссядет на престоле великокняжеском после тебя. Вместе со своей паствой я буду возносить о нем молитвы Господу, да избавит его всесильная десница Божия от насилия безбожных татар, да возвысит его над всеми врагами и укрепит его державу, если он будет соблюдать заповеди Господни и с кротостью будет управлять своей землей.

Слова сии сильно обрадовали великого князя, заветной мечтой которого было освобождение от ига татарского. Зная, что предсказания святого архиепископа в точности сбываются, Василий обещал святителю Ионе отложить всякий гнев на Новгородцев и даровать им мир. Он дал в сем слово архиепископу пред митрополитом. По окончании сей беседы, Новгородский архипастырь прослезился. Недоумевая о сем, великий князь и митрополит спросили святителя о причине его слёз.

— Кто может, — ответствовал им святой, — унизить и смирить такой сильный и многолюдной город, как наш? Только сами граждане своими усобицами. Лишь о том молю Господа, чтобы не было сего во дни мои.

Так святой Иона ясно предвидел будущее падение Новгорода. Зная сие, он испросил у Василия и его сына Иоанна право суда для любимой Отней обители. Князья охотно исполнили просьбу святителя. Они дали ему грамоту с великокняжеской своей печатью.

Великий князь так твердо верил словам Новгородского владыки, что тогда же написал духовную. Назначив в ней уделы своим сыновьям и супруге, великий князь определил в ней собирать дань для татар только до тех пор, пока они еще имеют власть над Русской землёй. «Но наступит время, — говорил здесь Василий, — когда власть их рухнет, и Господь избавит Русских князей от их ига — тогда князья уже не должны более вносить великому князю дани для уплаты Ордынскому хану».

После сего святитель Новгородский отправился к своей пастве. Князь и бояре с честью провожали уважаемого архипастыря. С не меньшей любовью встретили граждане Новгородские своего владыку, который так горячо ходатайствовал за них перед великим князем. Прибыв в свою епархию, святитель немедленно исполнил данное им обещание — построил первый в Новгороде храм в честь преподобного отца нашего Сергия Радонежского. Он со всяким благолепием украсил новый храм, снабдил его богослужебными книгами и иконами и часто посещал его. Святой Иона много заботился о духовном просвещении своей паствы; сам отличаясь большой начитанностью и глубоким знанием Божественного Писания, он желал, чтобы и духовные его чада могли поучаться и иметь для назидательного чтения описание знаменитых подвижников Новгородской области. Для сего, по согласию с митрополитом всероссийским святым Ионою, Новгородский архипастырь поручил прибывшему со Святой горы ученому иноку Пахомию Логофету пересмотреть и написать некоторые жития святых. Кроме того до нас дошло несколько богослужебных книг, писанных по благословению архиепископа Ионы.