В 1883 г. на письмо одного из племянников, где тот просит у него темы для сочинений, преосв. Феофан отвечает ему следующими словами: «Вы просите тем – их легче решать, чем задавать. Я той мысли, что всего лучше писать о том, что падет на сердце: ибо там настоящий источник речи.– Если со вне нужен толчок, то вот он: нас съедает протестанщина, – пашковство, штунда, толстовщина и подобное – все оттуда. Так берите разные пункты мудрований сих,– и бейте их без милости.– Писали вы о том, что есть истина, и нашли, что она есть только в учении Христовом. Идите далее и решайте, где учение Христово. Решайте так: в слове Божием, понимаемом по учению, устно оставленному Апостолами, и хранимому св. Православною Церковью, – с дополнениями из Предания и того, чего нет в Писании Божием… – Этим положите камень – в основу борьбы с протестантами. Затем можете колотить их очень успешно во всем.– Читайте больше св. отцов и их изучайте, – особенно первых веков (3–4-й). Там дух Апостольский. Ведь и у нас много суемудрецов, которых тоже нужно бить. Если не упустите заняться ими: то они сами направят вас на то, чем надо заняться и что написать» (Из письма к племяннику И. А. Крутикову).

Со временем жизнь святителя Феофана сделалась сокровенною для людей, а ведомою одному Богу. Даже на прогулку, для пользования свежим воздухом, преосв. Феофан в годы полного затвора выходил на балкон при своем флигеле так, чтобы никто не мог его увидеть.

О жизни святителя в полном затворе можно передать небольшие сведения – частично по некоторым его собственным замечаниям, частично по свидетельству близких лиц, наконец, по тому, что открылось в его кельях после его кончины. В церквушке во имя Богоявления Господня, устроенной в келье, он совершал богослужения или вычитывал, что нужно в положенные часы. Там-то он, в первые десять лет полного затвора каждый воскресный и праздничный день, а в последующие годы ежедневно, совершал и Божественную Литургию, также один, «в сослужении ангелов», по выражению одного инока. В алтаре церковке, на стене, по кончине святителя, нашли подвешенный мешочек, весь наполненный записочками с именами лиц, просивших святителя поминать их в своих молитвах.

Рядом с келейною церковью преосв. Феофана находился его рабочий кабинет. Здесь он занимался изучением святоотеческой литературы, которую суммировал в своих вдохновенных творениях и письмах.

Перед праздниками Рождества Христова и Пасхи, получив пенсию, он почти всю ее рассылал по почте разным бедным и родным, оставляя себе лишь немногое на необходимые потребности. А другим рассылал он безвозмездно книжки свои, также соответственно потребности. Святитель сам первый был строгим исполнителем правила, которое предлагал другим к исполнению, а именно: «Не говори требующему помощи: приди завтра; сделай для него сейчас, что можешь. И просить себя долго не заставляй, это похоже на торг». И он спешил с помощью вещественною или духовною ко всякому нуждающемуся. Письма преосв. Феофана часто представляли собой целые трактаты ученого или популярного характера. В пособие своему замечательному уму и памяти, преосв. Феофан обладал обширною келейною библиотекой, которую постоянно увеличивал, выписывая русские и иностранные книги.

Среди книг разного содержания были: «История России» Соловьева, «Всемирная история Шлоссера», сочинения Гегеля, Фихте, Якоби, Ульрици, энциклопедический словарь, богословская энциклопедия на французском языке в 150 томах и много других. Ибо, как говорил святитель, «и книги с человеческими мудростями могут питать дух. Это те, которые в природе и в истории указывают нам следы премудрости, благости, правды и многопопечительного о нас промышления Божия… Бог открывает Себя в природе и истории так же, как и в Слове Своем. И они суть книги Божии для тех, кто умеет читать» («Душеп. Чтение», 1894 г., № 4).

Но, как само собою понятно, у преосв. Феофана, как человека истинно духовного, более всего было книг духовного содержания: издания Библии, Симфонии, толкования на Библию, творения св. отцов и учителей Церкви вселенской (св. Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Исаака Сирина, аскетические писания, полное издание Миня); и русской (св. Нила Сорского, Димитрия Ростовского, Тихона Задонского и др.); богослужебные книги – Четьи-Минеи, прологи и т. д., почти все духовные журналы, и прочие.

Кроме писания, преосв. Феофан в своем затворе занимался еще разного рода рукоделиями. «Нельзя все духовным заниматься – писал он,– надо какое-либо нехлопотливое рукоделие иметь. Только браться за него надо, когда душа утомлена, и ни читать, ни думать, ни Богу молиться не способна». «Есть ли у вас какое рукоделие? Если нет, изобретите. Без рукоделия плохо. Читать и молиться (разумею молитву, во вне выраженную) нельзя непрестанно. А праздно сидеть, мысли блуждать начнут, так и надо в помощь себе рукоделие изобрести» (Письма, 1-й вып.).

Так среди молитвенных подвигов, в церковке и келье совершаемых, среди разного рода умственных занятий и рукоделий у святителя-затворника подлинно не проходило ни минуты без дела. А затем уже немного времени оставалось на удовлетворение телесных нужд сна и бодрствования. Такой подвижник духа, каким был святитель Феофан, не нежил своего тела продолжительным сном, роскошными и многими яствами и пр., напротив, он умерщвлял его всячески, по заповеди св. отцев-подвижников, которую сам же, в русском переводе, предложил ревнующим о спасении: «Должно нам смирять и истощать свое тело воздержанием, а не поблажать ему сластями, чтоб удостоиться царства небесного» (Письма о Хр. жизни).

Незатейливым был порядок обыденной жизни святителя-затворника. По окончании литургии, святитель легким стуком давал знать келейнику о времени утреннего чая. После чая владыка занимался умственными работами, плодами которых были его многочисленные писания и письма. В час дня был у него обед, за которым в последние годы святитель в скоромные дни вкушал только по одному яйцу и по стакану молока. В четыре часа по полудни подаваем был чай; а ужина совсем не было. В постные дни, конечно, еще более усиливалось телесное воздержание святителя-подвижника, которого питали и укрепляли только духовные занятия и молитвенные подвиги.