Воевать им пришлось с первых часов войны, рассчитывая только на себя. Если их коллеги из других подразделений НКВД смогли получить указания от начальства – что делать в «особых условиях», то военные контрразведчики действовали автономно. Сложно сказать, знали ли они о принятой 22 июня 1941 года директиве 3-го управления НКО СССР № 34794. В ней главной задачей чекистов в действующей армии и военных контрразведчиков Дальневосточного фронта (ДВФ) определялось выявление агентуры немецких разведорганов и антисоветских элементов в РККА. Предписывалось «форсировать работу по созданию резидентур и обеспечению их запасными резидентами», не допускать разглашения военнослужащими военной тайны, причем особое внимание следовало обращать на работников штабов и узлов связи [3] . Может, им ее все же смогли сообщить.

А вот о другом руководящем документе 3-го управления НКО СССР – Директиве № 35523 от 27 июня 1941 года «О работе органов 3-го управления НКО в военное время», скорее всего, нет. В первые сутки войны отсутствовала связь Ставки со штабами отдельных армий [4] .

В этом документе были определены основные функции военной контрразведки:

«1) агентурно-оперативная работа:

а) в частях Красной Армии;

б) в тылах, обеспечивающих действующие на фронте части;

в) среди гражданского окружения;

2) борьба с дезертирством (сотрудники особых отделов входили в состав заградительных отрядов РККА, которые, вопреки распространенному мнению, не имели прямого отношения к органам госбезопасности. – Примеч. авт.);

3) работа на территории противника» (первоначально в районе до 100 км от линии фронта, в контакте с органами Разведывательного управления НКО СССР. – Примеч. авт.) [5] .

Военные контрразведчики должны были находиться как в штабах, обеспечивая режим секретности, так и в первых эшелонах при командных пунктах. Тогда же военные контрразведчики получили право вести следственные действия в отношении военнослужащих и связанных с ними гражданских лиц, при этом санкцию на аресты среднего командного состава они должны были получать от Военного совета армии или фронта, а старшего и высшего начальствующего состава – от наркома обороны.

Началась организация контрразведывательных отделений 3-х отделов военных округов, армий и фронтов; их структура предусматривала наличие трех отделений – по борьбе со шпионажем, националистическими и антисоветскими организациями и антисоветчиками-одиночками.

Военными чекистами были взяты под контроль военные сообщения, доставка военного снаряжения, вооружений и боеприпасов в действующую армию, для чего на железных дорогах были учреждены 3-и отделения, деятельность которых переплеталась (и, видимо, в чем-то дублировала) с органами госбезопасности на транспорте.

В начале июля 1941 года начальник 3-го управления НКО Анатолий Николаевич Михеев приказом наркома обороны Семена Константиновича Тимошенко получил право самостоятельно назначать на должности в структуре особых отделов вплоть до заместителей начальников окружных и фронтовых 3-х отделов [6] .

Приказом НКО СССР и НКВМФ СССР от 13 июля 1941 года [7] было введено «Положение о военной цензуре воинской почтовой корреспонденции», в котором определены структура, права и обязанности подразделений военной цензуры, методика и техника обработки корреспонденции, а также приведен перечень сведений, являющихся основанием для конфискации отправлений, и в соответствие с которыми сформированы при военно-почтовых сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, военно-почтовых отделениях и военно-почтовых станциях отделения военной цензуры, на укомплектование которых направлены 900 контролеров, переданные 4-м отделом НКГБ СССР (из них для 3-го управления НКО СССР – 650 контролеров и для 3-го управления НКВМФ СССР – 250 контролеров).

В системе трех управлений НКО и НК ВМФ были созданы отделения военной цензуры, находившиеся при штабах частей действующей армии и в тылу при военно-сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, отделениях и станциях ВМФ (размещались в служебных помещениях Наркомата связи).

Уже в августе 1941 года военная цензура была передана в ведение 2-го спецотдела НКВД СССР (оперативной техники, во главе со старшим майором ГБ Евгением Петровичем Лапшиным), оперативное руководство продолжали осуществлять армейские, фронтовые и окружные Особые отделы.

Совместным приказом НКО и НКВМФ 15 июля 1941 года 3-и отделы были организованы при Ставках главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Уже через два дня сменилось подчинение армейских органов военной контрразведки, вернувшихся в систему госбезопасности.

Постановлением Государственного Комитета Обороны СССР № 187/сс от 17 июля 1941 года, подписанным Иосифом Сталиным, органы 3-го управления НКО СССР были реорганизованы в Особые отделы, а само Управление НКО получило наименование «Управление Особых отделов с передачей в НКВД СССР» [8] .