Главной задачей Особых отделов согласно постановлению ГКО от 17 июля 1941 года стала «решительная борьба со шпионажем и предательством в частях Красной Армии и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе».

Появившаяся на следующий день Директива НКВД СССР № 169 разъясняла, что «смысл преобразования органов третьего управления в Особые отделы с подчинением их НКВД заключается в том, чтобы повести беспощадную борьбу с шпионами, вредителями, диверсантами, дезертирами и всякого рода паникерами и дезорганизаторами». Руководство НКВД выражало уверенность, что работники Особых отделов оправдают доверие партии и «самоотверженной работой помогут Рабоче-Крестьянской Красной Армии укрепить дисциплину в ее рядах и разгромить врагов родины» [9] .

19 июля 1941 года начальником Управления Особых отделов НКВД СССР был назначен заместитель наркома внутренних дел СССР Виктор Семенович Абакумов.

Первым заместителем Абакумова был назначен бывший начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) управления НКГБ комиссар 3-го ранга Соломон Рафаилович Мильштейн (служивший в Особом отделе Кавказской Красной Армии в 1920-е годы). Были назначены начальники Особых отделов:

Северного фронта – бывший начальник УНКГБ по Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга Павел Тихонович Куприн;

Северо-Западного фронта – бывший начальник Особого отдела ГУГБ НКВД СССР в 1938–1941 годах, а в июне 1941 года прокурор СССР (по совместительству), генерал-майор Виктор Михайлович Бочков;

Западного фронта – нарком государственной безопасности Белоруссии комиссар 3-го ранга Лаврентий Фомич Цанава;

Юго-Западного фронта – бывший начальник 3-го управления Наркомата обороны комиссар ГБ 3-го ранга Анатолий Николаевич Михеев;

Южного фронта – бывший нарком НКГБ Молдавии комиссар ГБ 3-го ранга Николай Степанович Сазыкин;

Западного фронта – бывший начальник Третьего отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга Александр Михайлович Белянов.

В тот же день приказом № 00941 наркома НКВД СССР Лаврентия Берии для борьбы с дезертирами, шпионами и диверсантами предписывалось сформировать при Особых отделах дивизий и корпусов – стрелковые взводы, при Особых отделах армий – отдельные стрелковые роты, при особых отделах фронтов – отдельные стрелковые батальоны, с укомплектованием этих частей из войск НКВД [10] .

В августе – декабре 1941 года структура НКВД продолжала меняться и усложняться. В августе у начальника Управления особых отделов появились еще два заместителя – дивизионный комиссар Федор Яковлевич Тутушкин и майор госбезопасности Николай Алексеевич Осетров, в октябре 1941 года заместителем начальника УОО стал Лаврентий Фомич Цанава.

Всего в августе 1941 года по штатам Управления особых отделов (вместе со следственной частью, секретариатом, оперативным отделением, административно-хозяйственно-финансовым отделением) числилось 387 человек [11] .

После передачи в январе 1942 года 3-го управления НК ВМФ в состав УОО был организован 9-й отдел. К июню 1942 года структура УОО имела следующий вид:

Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).

Секретариат (Яков Михайлович Броверман).

Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).

Следственная часть (Борис Семенович Павловский):

1-е отделение (по шпионажу);

2-е отделение (антисоветские формирования);

3-е отделение (по руководству следственной работой на периферии).

1-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):

1-е отделение (оперативное управление Генштаба РККА, штабы фронтов и армий);

2-е отделение (все управления и отделы Генштаба, узел связи, управление кадров);

3-е отделение (Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий).

2-й отдел (майор ГБ Александр Алексеевич Авсеевич; обслуживание ВВС, ВДВ и ПВО):

1-е отделение (Штаб ВВС Красной Армии);

2-е отделение (вооружение и тыл ВВС);

3-е отделение (академии ВВС и руководство периферийной работой по частям ВВС);

4-е отделение (ПВО);

5-е отделение (воздушно-десантные войска).

3-й отдел (майор ГБ Вячеслав Павлович Рогов; Главное автобронетанковое управление (ГАБУ), Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии, танковые войска и артиллерия, гвардейские минометные части):

1-е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);