Важным свидетельством являются и показания германского консула Вальтера Бартельса, который в действительности был легальным резидентом германской разведки. 10 июня 1921 года в Берлине он сообщил следователю Николаю Соколову: «Между королём Испании и императором Вильгельмом происходили через специальных курьеров совершенно секретные переговоры, имевшие в виду спасение русского Царя и Его Семьи. В результате этих переговоров через графа Мирбаха последовало требование к Ленину об освобождении Государя Императора и Его Семьи. Ему, Бартельсу, положительно известно, что Лениным было собрано специальное заседание „комиссаров“, в котором большинство примкнуло к точке зрения Ленина о возможности освобождения Государя Императора и Его Семьи. Такому решению большинства воспротивилась другая партия во главе со Свердловым», которая «тайно отправила своих людей в Екатеринбург, и там произошло убийство Царя и Его Семьи».

О том, что Ленин не контролировал ситуацию в Екатеринбурге, свидетельствует планомерное истребление на Урале его родственников Ардашевых, проводившееся местным ЧК под руководством Якова Юровского. Таким образом, убийства родственников Ленина проводились теми же людьми, что участвовали в убийстве царской семьи, и они были людьми Свердлова. Если, уничтожая родственников Ленина, они делали это в тайне, они могли точно так же скрывать от него подготовку убийства царской семьи.

Слухи о предстоящем вывозе государя активно распространялись и среди городской верхушки. Так, водитель ЧК А.И.Руденков, который возил в Ипатьевский дом высокопоставленных чекистов, за два дня до убийства царской семьи вместе со своей сестрой Л.Ф.Лоскутовой видел, как из ворот дома вышел бронированный автомобиль. Руденков пояснил сестре, что на этом броневике вывозят «у императора вещи, а потом увезут и самого императора». При этом Руденков выразил предположение, что государя «отправят в Германию, так как большевики за него взяли у немецкого короля много денег, и король взял его себе на поруки». Екатеринбургский парикмахер Ф.И.Иванов сообщил следствию, что за день-два до убийства царской семьи он стриг комиссара станции Екатеринбург Гуляева. В ходе беседы тот сказал: «Сегодня отправляем Николая».

История принятия решения об убийстве царской семьи до сих пор не до конца выяснена. Было ясно, что возвращение к монархии в России вряд ли возможно, особенно в среднесрочной перспективе. Но столь жестокого убийства никто в России не ждал. Ранее большевики планировали провести открытый судебный процесс над Николаем Вторым – чтобы подвести символическую черту под эпохой царизма в России. За проведение такого процесса, в частности, выступал Троцкий. Ленин, в свою очередь, опасался, что Романовы все ещё любимы в народе, а потому суд может принести совсем не те плоды, которых большевикам хотелось бы. Ленин посчитал, что в условиях Гражданской войны будет целесообразнее втайне убить всю семью и хранить молчание об этом как можно дольше. По другой версии, Ленин продвигал идею всенародного суда, который окончится смертным приговором. Вождь планировал сделать процесс максимально публичным в пропагандистских целях. Обвинителем должен был выступить сам Лев Троцкий, на тот момент самый популярный и авторитетный из политбюро.

Однако отцы революции не учли одного: к столице Урала быстро продвигались чехословацкие корпуса белогвардейцев. К началу июля 1918-го стало ясно, что город вот-вот возьмут. Уральский облисполком закидывал центр телеграммами только с одним вопросом: «Что делать с царём?»

На местах не хотели самостоятельно решать судьбу столь значимой фигуры. В Москве тоже никто не брал на себя ответственность, опасаясь народной мести.

Ночью 17 июля 1918 года из Екатеринбурга почему-то через председателя Петроградского совета Григория Зиновьева на имя Ленина и Свердлова была послана телеграмма, в которой сообщалось: «Условленного с Филипповым [Голощёкиным] суда по военным обстоятельствам не терпит отлагательства. Ждать не можем. Если ваши мнения противоположны, сейчас же вне всякой очереди сообщить. Голощёкин, Сафаров. Снеситесь по этому поводу сами с Екатеринбургом. Зиновьев».

Из воспоминаний революционера Павла Быкова: «Товарищ Свердлов решил вопрос без формального народного суда, предложив расстрелять Романова в Екатеринбурге, потому что знал, как говорил Ленин, что не только сотни и тысячи передовых рабочих, но и массы сочтут это решение за окончательное. Так оно и было».

Официального приказа об убийстве, по сути, не поступило. Из представленных СК архивов следует, что центр даже раздумывал, как «отмыться»: мол, это самодеятельность на Урале. Но свидетельства очевидцев сходятся: на самом деле политбюро было в курсе.

Согласно официальной советской историографии, решение было принято исполкомом Уралоблсовета, и центральное советское руководство узнало об этом уже после случившегося. В 90-е годы появилась версия, что решение было принято Центром, а местные власти взяли ответственность на себя, чтобы создать московскому руководству политическое алиби. Первая версия, о самовольном решении Уралоблсовета, представляется более обоснованной, чем вторая. Установлено, что большевистское руководство действительно обсуждало судьбу Николая II и планировало суд над ним в Москве, однако речь об убийстве остальных членов семьи официально не велась. Вместе с этим партийные организации Урала, опасавшиеся возможности освобождения Николая II, выступали за его немедленный расстрел, а также за «уничтожение всего семейства и родственников бывшего царя». На этом же настаивал прибывший 4 июля 1918 года в Москву уральский военный комиссар Ф.И.Голощёкин. Не получив на это санкции, по возвращении на Урал, вечером 14 июля, Голощёкин и остальные члены исполкома Уралсовета приняли решение о невозможности дожидаться суда над бывшим императором, о чём сообщили в Москву. Ответ центрального руководства на эту телеграмму в архивах не обнаружен.

Казнь Романовых засекретили. И придумали повод: царская семья от слуг прознала о наступлении белых и разработала план побега. Последним пристанищем стал дом купца Ипатьева в Екатеринбурге. За пару недель до гибели здесь сменилась охрана: новым комендантом назначили Якова Юровского. Именно он вместе с Петром Ермаковым, Михаилом Медведевым (Кудриным) и Петром Медведевым обсуждали, кого и как казнить. Сначала думали только про Романовых – но один вспомнил, как кто-то из прислуги передавал узникам письма из внешнего мира. В итоге решили убить всех семерых членов семьи и четырёх слуг: врача Евгения Боткина, повара Ивана Харитонова, лакея Алексея Труппа и горничную Анну Демидову. Лишь одиннадцатилетнего поварёнка Лёню Седнева пощадили. Накануне казни тот, по воспоминаниям царицы Александры Фёдоровны, «неожиданно исчез». Как стало известно из новых материалов, надзиратели вывезли его якобы к дяде. А на самом деле отдали в детдом.

И, оказывается, палачи долго выбирали способ убийства Романовых. Например, предлагали закидать бомбами – «так надёжнее». Но начальник охраны возразил: сверху приказали сделать всё по-тихому. По этой же причине отмели и другой вариант – расстрелять, пока все в доме спят. Надзиратели боялись, что соседи услышат выстрелы.

Из воспоминаний Виктора Нетребина, участника казни: «В Дом особого назначения приехали ещё два товарища для помощи внутреннему караулу. Мы все снова собрались для окончательного обсуждения предварительной подготовки ликвидации Романовых. Тут же выяснилось, что казнь нужно проводить этой ночью при помощи расстрела из наганов в нижнем, полуподвальном этаже».