Это произошло, когда Несторий заявил, что Марию следует называть не theotokos, то есть Богородицей, a christotokos, то есть Христородицей. Протестантам трудно понять, что по сути имелось в виду, ибо мы отвергаем представление о Марии как о "Богоматери", и на первый взгляд кажется, что речь шла именно об этом. Но на самом деле расхождения касались не столько Марии, сколько Иисуса. Вопрос заключался не в почитании Марии, а в понимании рождения Иисуса. Заявив, что Мария родила Христа, но не Бога, Несторий тем самым утверждал, что, говоря о воплощенном Господе, можно и должно проводить различие между Его человечностью и Божественностью и что одни Его свойства относятся к человеческому началу, а другие к божественному. Такая точка зрения выражала типично антиохийскую позицию, в которой, дабы сохранить полностью человеческую природу Иисуса, проводилось четкое различие между ней и Его Божественностью. Несторий и антиохийцы опасались, что если эти две природы сближать слишком тесно, Божественность поглотит человеческое начало, и уже нельзя будет говорить о человеке Иисусе в подлинном смысле слова.

Объясняя свою позицию, Несторий заявил, что в Иисусе соединились "две природы и две личности", божественная и человеческая. Человеческая природа и человеческая личность рождены Марией, а божественная – нет. Что он под этим подразумевал, не совсем ясно, так как термины "личность" и "природа" могут иметь разные значения. Но его противники сразу же увидели опасность "разделения" Спасителя на два существа, связанные не неразрывным единством, а чем-то вроде договора. Вскоре к выводу об опасности теорий Нестория пришли и многие другие.

Как и следовало ожидать, центром противоборства Несторию стала Александрия, епископ которой Кирилл был гораздо более способным политиком и богословом, нежели Несторий. Кирилл заручился поддержкой Запада, для которого учение о двух личностях в Христе было абсолютно неприемлемым, а также императоров Валентиниана III и Феодосия II, который в июне 431 года собрал Вселенский собор в Ефесе.

Основные сторонники Нестория Иоанн Антиохийский и его приверженцы задержались в пути. Прождав их две недели, собор начал работу, несмотря на протесты императорского легата и нескольких десятков епископов. Приступив к рассмотрению дела Нестория, собор, не дав ему выступить в свою защиту, объявил его еретиком и лишил патриаршего престола.

Иоанн Антиохийский со своими сторонниками прибыл несколько дней спустя и созвал собственный собор с гораздо меньшим числом участников, который объявил еретиком Кирилла и восстановил Нестория. В ответ собор под руководством Кирилла подтвердил осуждение Нестория, распространив его на Иоанна Антиохийского и на всех участников его собора. В конце концов вмешался Феодосии II, арестовавший Кирилла и Иоанна и объявивший решения обоих соборов недействительными. Затем последовали переговоры, закончившиеся выработкой компромиссной "формулы согласия", которую Кирилл и Иоанн приняли в 433 году. Было также решено, что постановление собора под руководством Кирилла в отношении Нестория остается в силе. Что касается самого Нестория, остаток жизни он провел в изгнании, сначала в монастыре в Антиохии, а затем, когда стал неугодным для своих антиохийских друзей, отступившихся от него, в отдаленном городе Петра.

Таким образом, второй эпизод в христологической полемике закончился победой Александрии и перемирием, которое, впрочем, продолжалось недолго. В 444 году, когда Кирилла в Александрии сменил Диоскор, сложились предпосылки для третьего и даже еще более ожесточенного столкновения, так как Диоскор был убежденным сторонником наиболее крайних александрийских взглядов и достаточно беспринципным интриганом.

Буря разразилась по поводу учений константинопольского монаха Евтихия, который, не вдаваясь в богословские тонкости, утверждал, что Спаситель был "единосущным Отцу", но не "единосущным нам". Он также как будто бы имел в виду, что у Христа "до соединения было две природы, а после соединения – одна". Смысл этого не вполне ясен. Как бы там ни было, патриарх Константинопольский Флавиан, придерживавшийся антиохийских богословских взглядов, счел учение Евтихия близким к докетизму и осудил его. Благодаря ряду ловких маневров Диоскору удалось перевести эти разногласия на уровень конфликта, затрагивающего всю церковь, и в 449 году император Феодосии II созвал собор в Ефесе.

Когда его участники собрались, стало ясно, что Диоскор предпринял все необходимые меры, чтобы его исход был заранее предрешен. Император поручил Диоскору председательствовать на нем и дал право подбирать выступающих. Собор занял крайне александрийские позиции. Когда легаты папы Льва попытались зачитать письмо, написанное Львом по рассматриваемому вопросу, им не разрешили этого сделать. С Флавианом обошлись так грубо, что через несколько дней он умер. Учение о существовании у Христа "двух природ" было объявлено еретическим. Осуждению, хотя и в более мягкой форме, подверглись и сторонники антиохийских взглядов. Более того, было принято постановление, согласно которому несогласные с этими решениями лишались права на рукоположение.

В Риме Лев пришел в негодование и назвал собор "разбойничьей сходкой". Но его протесты были безрезультатными. Феодосии II, получивший, по-видимому, из Александрии большие запасы золота, считал дело закрытым.

Затем случилось непредвиденное. Во время прогулки лошадь Феодосия споткнулась, и император сломал шею. На смену ему пришли сестра Пульхерия и ее муж Марциан. В свое время Пульхерия была согласна с западной точкой зрения о необходимости осуждения Нестория. Но она не разделяла крайне александрийских взглядов и считала, что решения, принятые в Ефесе в 449 году, оставляют желать много лучшего. Поэтому по настоянию Льва она созвала новый собор, который состоялся в Халкидоне в 451 году и получил название IV Вселенского собора.

Собор осудил Диоскора и Евтихия, но простил всех других участников "разбойничьей сходки" в Ефесе два года назад. Письмо Льва было наконец зачитано, и многие заявили, что оно выражает их собственные взгляды. В нем подтверждалась выдвинутая Тертуллианом несколько веков назад формулировка о существовании в Христе "двух природ в одной личности". Наконец, собор принял заявление, представлявшее собой не символ, а "Определение веры", то есть уточнение истинного учения церкви. Внимательное чтение "Определения" показывает, что в нем отвергаются крайности как александрийцев, так и антиохийцев, в частности учение Евтихия, и подтверждаются решения трех предшествующих великих соборов (Никейского в 325 году, Константинопольского в 381 году и Ефесского в 431 году):