Вскоре после этого при поддержке архиепископа он отправился в Рим просить у Иннокентия III разрешения основать новый орден с собственным уставом. Папа ответил отказом, так как его беспокоило увеличение числа разных монастырских уставов. Но он призвал Доминика продолжить работу и принять один из уже существующих уставов. По возвращении в Тулузу Доминик и его последователи приняли устав святого Августина. Затем они переделали его в соответствии со своими потребностями. Они приняли также принцип нищенствования, следуя, возможно, примеру ранних францисканцев и наверняка для опровержения утверждений альбигойцев, что ортодоксальные христиане ведут слишком мирской образ жизни.

С самого начала Орден братьев-проповедников (таково было официальное название доминиканцев) уделял большое внимание учебе. В этом вопросе Доминик отличался от святого Франциска, не желавшего, чтобы у его монахов была даже Псалтирь, и с подозрением относившегося к учебе. Доминиканцы считали, что для успешной борьбы с ересью у них должны быть глубокие знания, поэтому их новобранцы проходили основательную подготовку. Вскоре они дали церкви ряд выдающихся богословов, хотя и францисканцы, вступившие на богословское поле позднее, не намного от них отстали.

Оба эти нищенствующие ордена распространились на большей части Европы. Вскоре появились другие подобные им движения. Кроме того, существовавшие ранее ордена начали следовать их примеру. В целом дальнейшая история Ордена братьев-проповедников была гораздо менее бурной, чем у францисканцев.

Доминиканцы с самого начала рассматривали нищенствование как аргумент, подкреплявший и облегчавший их борьбу с ересью. Основной целью они ставили проповедь и обучение, и бедность была одним из средств достижения этой цели. Поэтому, когда сложились новые обстоятельства, в которых казалось разумным владеть собственностью, орден без особого труда перестроился и отказался от идеала нищенской жизни. Кроме того, поскольку это согласовывалось с их изначальной целью, они вскоре начали закрепляться в университетах, появлявшихся в то время.

Двумя основными центрами развития богословия были Парижский и Оксфордский университеты. Доминиканцы основали монастыри в обоих городах и вскоре начали преподавать в университетах. Через некоторое время благодаря деятельности таких доминиканцев, как Альберт Великий и Фома Аквинский, орден приобрел высокий престиж в кругах ученых людей.

Доминиканцы пытались также обращать мусульман и иудеев. На раннем этапе наиболее известным проповедником, работавшим среди мусульман, был Вильгельм Триполийский. Среди иудеев в Испании аналогичную роль играл Викентий Ферье. Но в обоих случаях успех в значительной степени объяснялся применением силы – со стороны крестоносцев в отношении мусульман в Триполи и со стороны испанских христиан в отношении иудеев в Испании.

Францисканцы тоже начали закрепляться в университетах. В 1236 году профессор Парижского университета Александр Галесский стал францисканцем, и "меньшие братья" получили своего первого "профессора" университета. Вскоре францисканские преподаватели появились во всех крупных университетах Западной Европы.

По примеру Франциска его последователи проповедовали не только христианам. Сам Франциск всегда уделял этому внимание и в 1219 году самолично отправился в Египет. Францисканец Иоанн Монтекорвинский посетил Персию, Эфиопию и Индию, а в 1294 году после четырехлетнего путешествия прибыл в Камбалук (ныне Пекин). За несколько лет он обратил в веру тысячи людей. Папа сделал его архиепископом Камбалука и отправил ему еще семь францисканцев в качестве епископов. Но до пункта назначения добрались только трое из них. Поскольку Франциск проявлял большой интерес к проповеди христианства мусульманам, орден продолжал эту работу, и за годы ее проведения тысячи францисканцев принесли свою жизнь в жертву.

Несмотря на успехи, достигнутые на раннем этапе (или, возможно, вследствие их), история ордена, созданного святым Франциском, была бурной. Франциска всегда беспокоило, что его монахи станут богатыми и будут вести спокойную жизнь. Поэтому он предписывал нищенское существование не только отдельным монахам, но и ордену в целом. Это повеление он подтвердил в завещании и запретил своим последователям вносить какие-либо изменения в составленный им "Устав".

Вскоре после смерти Франциска орден раскололся. Ригористы настаивали на неукоснительном соблюдении наставлений основателя. Умеренные говорили, что изменившиеся обстоятельства требуют не такого буквального толкования "Устава" и что орден должен принимать собственность, которая ему передается для выполнения миссии. В 1230 году Григорий IX заявил, что завещание Франциска не связывает орден и что он может обратиться в Рим для пересмотра пункта, касающегося нищеты. В 1245 году орден начал владеть собственностью, хотя формально она принадлежала Римской курии, а францисканцы имели право лишь пользоваться ею. В конечном счете отказались и от этой видимости, и орден стал собственником обширных владений.

Постепенно ригористов все больше отвращала церковная иерархия. Все происходившее они считали предательством святого Франциска. Вскоре начали говорить об исполнении пророчеств Иоахима Флорского, жившего до Франциска. Иоахим предложил делить человеческую историю на три последовательных этапа: эру Отца, эру Сына и эру Святого Духа. Первая эра, от Адама до Иисуса, продолжалась в течение жизни сорока двух поколений. Поскольку Бог любит порядок и симметрию, говорил Иоахим, эра Сына должна продолжаться в течение жизни того же числа поколений. Из расчета тридцати лет на поколение, Иоахим пришел к выводу, что в 1260 году закончится эра Сына и начнется эра Духа. Поскольку монахи более духовны по сравнению с остальными верующими, именно они в эпоху Сына выступают глашатаями эры Духа.

1260 год приближался, и неудивительно, что многие убежденные францисканцы, враждебно настроенные к церковной иерархии, приняли концепцию Иоахима. По их мнению, разворачивавшийся конфликт был последней схваткой перед наступлением новой эры, когда их усилия получат достойную оценку. Папу же и других иерархов церкви они считали в лучшем случае верующими второго сорта, необходимость в которых отпадет.

Эти францисканцы, называвшие себя "духовниками", начали проповедовать теории Иоахима Флорского. Одним из их сторонников стал генерал ордена Иоанн Пармский, и какое-то время казалось, что францисканцы пойдут по пути вальденсов и порвут связи с иерархически организованной церковью. Но следующий генерал святой Бонавентура сумел соединить глубокую духовность с повиновением иерархии, и "духовники" утратили авторитет. Те же идеи в XIV веке проповедовали "фратичелли" (в переводе с итальянского – "малые братья"), которые подвергались безжалостным преследованиям и в конце концов были искоренены.