Вормсский конкордат (1122) не положил конец проблемам, связанным с папским престолом. В Риме были могущественные семейства, стремившиеся завладеть им для достижения собственных целей, и вскоре на престол святого Петра опять появилось два претендента. Если бы не решительное вмешательство Бернара Клервоского в пользу Иннокентия II, Европа оказалась бы разделенной. Оставив Рим в руках своего противника, Иннокентий нашел убежище во Франции, которая встала на его сторону. Англия и Германия, традиционные враги Франции, проявляли нерешительность. Но Бернар убедил обоих монархов выступить в пользу Иннокентия. В конечном счете при поддержке императорских войск Иннокентий вернулся в Рим.

Но после смерти императора отношения Иннокентия с его преемником испортились. В Италии распространялись республиканские идеи, и папа поддерживал их в принадлежащих империи городах на севере, а император то же самое делал в Риме. Несколько городов, находившихся в подчинении империи, восстали и провозгласили себя республиками. В Риме произошло то же самое, его жители провозгласили республику, избрали сенат и заявили, что будут подчиняться только духовной, но не мирской власти папы. Следующие несколько пап лишь изредка подолгу оставались в городе. Противоборство между папством и империей еще усугубилось при следующем императоре Фридрихе Барбароссе (1152-1190), когда одновременно избирались разные папы. Но он не сумел навязать свою политику в Италии, где непокорные города объединились в Ломбардскую лигу и нанесли ему поражение. После многих лет борьбы Барбаросса заключил мирное соглашение с папой, которым в то время был Александр III. Его соперник, Каликст III, сложил свои полномочия в 1178 году. Александр благосклонно отнесся к нему и даже назначил его на высокий пост в церковной иерархии.

Фридрих укрепил позиции, женив своего сына Генриха на наследнице престола Сицилийского королевства – традиционного союзника пап. Потом Фридрих утонул во время Третьего крестового похода, и на престол взошел его сын Генрих VI, ставший одновременно германским императором и королем Сицилии. Вскоре выяснилось, что Генрих стремится к установлению контроля над папским престолом, и папа Целестин III отлучил его от церкви. Открытое столкновение казалось неизбежным, но тут почти одновременно умерли император и папа.

Империя еще не успела оправиться от неожиданной смерти Генриха VI, и кардиналы воспользовались этим, избрав папу без внешнего давления. Их выбор пал на тридцатисемилетнего Лотарио де Конти ди Сеньи, который под именем Иннокентия III стал самым могущественным папой за всю историю христианства.

Вдова Генриха опасалась, что ее малолетний сын Фридрих станет жертвой кого-либо из претендентов на власть в Германии и поместила ребенка под покровительство папы, объявив Сицилийское королевство вассальным владением папского престола. Таким образом была ликвидирована угроза, которую это королевство представляло для папства при Генрихе VI.

Императорская корона Генриха не была наследственной. Император избирался знатью. Юный Фридрих был, разумеется, слишком молодым, чтобы стать императором, тем более что эту корону удержать было нелегко. Сторонники Генриха VI и династии Гогенштауфенов избрали императором брата Генриха Филиппа. Но соперничающая партия выдвинула Оттона IV, которого затем поддержал Иннокентий III. Избрание Филиппа было, несомненно, совершено по всем правилам. Но Иннокентий заявил, что он запятнан кровью преступлений своего брата и что папа в любом случае имеет право определять законного императора. Как духовная, так и мирская власть, говорил он, установлены Богом. Они подобны луне и солнцу. Но как луна получает свет от солнца, так и император должен получать власть от папы. На этом основании законным императором Иннокентий объявил Отгона, и началась гражданская война, продолжавшаяся десять лет и закончившаяся лишь с убийством Филиппа.

Человек, осужденный судом испанской инквизиции. В силу незначительности вины его приговорили не к смерти, а к позорному ношению "самбенито".

Став полновластным хозяином империи, Оттон IV порвал с папой, который ранее его поддерживал. В очередной раз основной причиной разлада стали попытки императора укрепить свою власть в Италии и сопротивление этому со стороны папы. Приверженцы Отгона поощряли действия сторонников республики в Риме, а сам он готовился к вторжению в Сицилийское королевство, принадлежавшее, во всяком случае номинально, папскому престолу, так как молодой Фридрих был вассалом Иннокентия.

В ответ Иннокентий отлучил Отгона от церкви, объявил его низложенным, а законным императором назвал молодого Фридриха. При поддержке папы Фридрих перешел через Альпы, появился в Германии и вырвал императорскую корону из рук своего дяди. Победа была одержана в результате весьма странных действий как Фридриха, так и Иннокентия. Поддержав Фридриха, Иннокентий способствовал восстановлению династии Гогенштауфенов – традиционных противников папского престола. Со своей стороны, новый император Фридрих II получил корону на основании заявления папы о его власти над императорами и королями. Таким образом, Иннокентий признал Фридриха, а новый император молчаливо признал за папой право определять законного правителя. Германия была не единственной страной, в дела которой вмешивался Иннокентий III. По сути в Европе вряд ли был какой-то монарх, который не испытывал бы давления с его стороны.

Во Франции он вмешался в семейную жизнь короля Филиппа Августа. Король овдовел и женился на датской принцессе, но затем отказался от нее и взял третью жену. Иннокентий призвал короля вернуться к законной жене, и когда Филипп отказался, наложил интердикт на всю страну, запретив совершать таинства. Филипп созвал знать и епископов в надежде, что они поддержат его. Но они приняли сторону папы, и Филипп был вынужден оставить третью жену и вернуться ко второй. Низложенная королева вскоре умерла от психического расстройства. Восстановленная же в правах королева остаток жизни провела в жалобах, что ее мнимое восстановление по сути вылилось в нескончаемую пытку. Как бы там ни было, папа одержал верх над одним из самых могущественных монархов того времени.