Когда через месяц капитан Морхауз встретил «Мэри Селест» в океане, она шла под всеми парусами по ветру, но такими зигзагами, что Морхауз заподозрил неладное. Он приказал группе моряков подняться на борт «Мэри Селест» и выяснить, в чем дело. Оказалось, что судно, на котором шли из Нью-Йорка капитан Бриггс, его жена, дочь и восемь человек экипажа, сейчас было совершенно пусто. Единственная спасательная шлюпка тоже исчезла, и, судя по всему, она была спущена на воду, а не сорвана ветром [Из других источников следует, что шлюпка оставалась на корабле].

Различные авторы по-разному описывают обстановку на покинутом судне, но единодушно отмечают, что в основном на борту «Мэри Селест» все было в полном порядке и судно почти не пострадало от непогоды, хотя несколько парусов были слегка порваны. Некоторые утверждают, что на «Мэри Селест» как раз собирались накрывать на стол, другие считают, что еда еще только варилась на плите, а третьи убеждены, что вся посуда была уже тщательно вымыта и расставлена по полкам. Согласно некоторым сообщениям, на столе оставались хлеб, масло, бекон, яйца, а также чашки с недопитым (и еще теплым) кофе или чаем. На швейной машине якобы стояла бутылочка с машинным маслом, что явно свидетельствовало о том, что море было спокойным, а на стене все еще тикали часы.

Личные вещи капитана были в целости и сохранности, а на его постели лежали игрушки, словно там только что играл ребенок. Груз, состоящий из 1700 баррелей спиртных напитков, оставался нетронутым. В трюме было на три с половиной фута воды. Судовые документы, кроме вахтенного журнала, все до одного исчезли, как исчезли и навигационные приборы.

На степе висела (или лежала под койкой капитана) сабля со следами крови (или ржавчины). Из одних источников следует, что пятна крови (или вина) были на деревянных предметах и парусах, тогда как в других источниках вообще нет никакого упоминания о крови. На борту судна оставался шестимесячный запас пищи и воды.

Последняя запись в вахтенном журнале была сделана 24 ноября, когда судно находилось в 100 милях к западу от Азорских островов. А одиннадцать дней спустя его обнаружили в 500 милях к востоку от них.

Капитан Морхауз привел «Мэри Селест» в Гибралтар, где после длительного судебного разбирательства получил небольшое вознаграждение за спасение судна.

Суд так и не смог выяснить, куда исчез экипаж. По этому поводу возникали самые невероятные версии, которые обрастали все новыми и новыми подробностями. Капитана Морхауза и его людей обвиняли в том, что они пираты и что они захватили «Мэри Селест», уничтожив весь экипаж, в надежде получить премию за якобы спасенное судно. Ходили слухи, что еще в Нью-Йорке Морхаузу удалось каким-то образом устроить на «Мэри Селест» своих матросов; те быстро завладели судном, убили людей, выбросили их за борт и в условленном заранее месте стали ждать, когда подойдет «Деи Гратиа».

По другой версии, команда «Мэри Селест» учинила набег на бочки со спиртным, хранившиеся в трюме. Уильям А. Ричард, который был в то время министром финансов Соединенных Штатов, написал открытое письмо, которое появилось на первой странице «Нью-Йорк таймс» 23 марта 1873 года:

«Обстоятельства дела вызывают весьма мрачные опасения, что капитан судна, его жена, ребенок и, возможно, старший помощник были убиты озверевшими от выпивки матросами, которые, по-видимому, получили доступ к бочкам со спиртными напитками, составлявшим значительную часть груза.

Судя по всему, судно было покинуто экипажем в период между 25 ноября и 5 декабря; экипаж либо погиб в море, либо, что более вероятно, был подобран судном, направлявшимся в один из портов Северной или Южной Америки либо Вест-Индии».

Наиболее простое объяснение случившемуся видели в том, что судно попало в шторм и, когда членам экипажа показалось, будто оно тонет, они погрузились в шлюпку и, очевидно, все до одного погибли.

Важную роль в этой трагедии отводят носовому люку, который, как выяснилось, был открыт; крышку же люка, согласно одной из версий, сорвали пары спирта. Клубами, по виду напоминавшими дым, пары поднимались из трюма, и капитан Бриггс решил, что на судне пожар и оно вот-вот взорвется. Экипаж перебрался в спасательную шлюпку, закрепив фалинь на корме судна, но он почему-то развязался, и «Мэри Селест» ушла без шлюпки и экипажа.

Писатели широко использовали этот случай в качестве сюжета для своих произведений, и одним из первых был молодой и тогда еще мало кому известный Артур Конан Дойль, который опубликовал в январском номере журнала «Корнхилл мэгезип» за 1884 год рассказ в виде статьи анонимного автора, называвшийся «Сообщение Дж. Хебекука Джефсона». Рассказу Конан Дойля, появившемуся через одиннадцать лет после истории с «Мэри Селест», поверили сразу и безоговорочно, потому что многое в нем было очень близко к истине или выводилось из соответствующих истине фактов и заявлений. Свое воображаемое судно он назвал «Мария Селеста» [ «Святая Мария», или «Святая дева». — Ред. ], и большинство авторов в дальнейшем называли его прототип именно этим именем. Многое из того, что рассказывают сейчас о «Мэри Селест», на самом деле почерпнуто из повествования Конан Дойля о «Марии Селесте».

Со времен Конан Дойля предлагаемые решения этой загадки стали еще более изощренными. Была высказана мысль, что испорченная пища вызвала у экипажа галлюцинации и люди стали кидаться в море, чтобы спастись от ужасных видений. По другой версии, всех отравил кок, который выбросил тела умерших за борт и сам прыгнул вслед за ними.

В качестве еще одной догадки фигурировало предположение о баратрии, то есть умышленном совершении действий, рассчитанных на обман судовладельцев. Возможно, Морхауз по заранее достигнутой договоренности высадил матросов с «Мэри Селест» в каком-нибудь укромном уголке Атлантики, привел «Мэри Селест» в порт как судно, покинутое экипажем, получил за это деньги и разделил их между членами обоих экипажей.